STAR RNA-seq 对齐器安装与使用教程

STAR RNA-seq 对齐器安装与使用教程

【免费下载链接】STAR RNA-seq aligner 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STAR

1. 项目目录结构及介绍

STAR（Spliced Transcripts Alignment to a Reference）是一个用于RNA-seq数据对齐的开源工具。以下是STAR项目的目录结构及其介绍：

STAR/
├── bin/
│   ├── Linux_x86_64/
│   └── MacOSX_x86_64/
├── doc/
│   ├── STARmanual.pdf
│   └── ...
├── extras/
│   └── ...
├── source/
│   ├── Makefile
│   └── ...
├── CHANGES.md
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── RELEASEnotes.md
└── _config.yml

目录结构说明：

• bin/：包含预编译的可执行文件，分为Linux和Mac OS X两个子目录。
• doc/：包含项目的文档，如用户手册（STARmanual.pdf）。
• extras/：包含一些额外的文件和脚本。
• source/：包含所有源文件，用于编译生成可执行文件。
• CHANGES.md：记录所有版本的详细变更信息。
• CODE_OF_CONDUCT.md：项目的行为准则。
• CONTRIBUTING.md：贡献指南。
• LICENSE：项目的开源许可证（MIT许可证）。
• README.md：项目的介绍和基本使用说明。
• RELEASEnotes.md：最新主要版本的详细信息。
• _config.yml：项目的配置文件（如果适用）。

2. 项目的启动文件介绍

STAR项目的启动文件是位于bin/目录下的可执行文件。根据操作系统的不同，启动文件位于不同的子目录中：

• Linux: bin/Linux_x86_64/STAR
• Mac OS X: bin/MacOSX_x86_64/STAR

启动文件说明：

• STAR: 这是STAR对齐器的主可执行文件，用于执行RNA-seq数据的对齐任务。

启动示例：

# 在Linux系统上启动STAR
./bin/Linux_x86_64/STAR

# 在Mac OS X系统上启动STAR
./bin/MacOSX_x86_64/STAR

3. 项目的配置文件介绍

STAR项目的主要配置文件是_config.yml，尽管它可能不是传统意义上的配置文件，但它包含了项目的元数据和配置信息。

配置文件说明：

• _config.yml: 包含项目的元数据，如版本信息、作者信息等。

配置文件示例：

# _config.yml 示例内容
version: 2.7.11b
author: Alex Dobin
email: dobin@cshl.edu
license: MIT

配置文件使用：

虽然_config.yml主要用于元数据管理，但在某些情况下，它可能包含一些配置选项，具体使用方法可以参考项目的文档。

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通过以上步骤，您可以了解STAR项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息，并能够开始使用STAR进行RNA-seq数据的对齐任务。

【免费下载链接】STAR RNA-seq aligner 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STAR