binding-ddg-predictor 项目使用教程

binding-ddg-predictor 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

binding-ddg-predictor/
├── LICENSE
├── README.md
├── scripts/
│   └── predict.py
├── data/
│   ├── example_wt.pdb
│   └── example_mut.pdb
├── requirements.txt
└── setup.py

• LICENSE: 项目的开源许可证文件，采用Apache-2.0许可证。
• README.md: 项目的介绍文件，包含项目的基本信息、安装方法和使用说明。
• scripts/: 包含项目的主要脚本文件，如predict.py，用于预测蛋白质结构的ddG值。
• data/: 包含示例数据文件，如example_wt.pdb和example_mut.pdb，用于演示如何使用项目。
• requirements.txt: 列出了项目依赖的Python包及其版本。
• setup.py: 用于安装项目的Python脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是scripts/predict.py。该文件用于预测蛋白质结构的ddG值。可以通过以下命令运行：

python scripts/predict.py <path-to-wild-type-pdb> <path-to-mutant-pdb>

例如：

python scripts/predict.py data/example_wt.pdb data/example_mut.pdb

3. 项目的配置文件介绍

项目没有显式的配置文件，但可以通过命令行参数传递输入文件路径。例如：

python scripts/predict.py data/example_wt.pdb data/example_mut.pdb

其中，data/example_wt.pdb和data/example_mut.pdb分别是野生型和突变型蛋白质结构的PDB文件路径。