NextPolish 使用教程
项目介绍
NextPolish 是一个用于修正由噪声较长的读取生成的基因组中的碱基错误（SNV/Indel）的工具。它可以单独使用短读取数据或长读取数据，或者结合两者使用。NextPolish 包含两个核心模块，并采用逐步方式来修正参考基因组中的错误碱基。
项目快速启动
以下是 NextPolish 的快速启动指南，包含必要的安装和运行步骤。
安装
首先，下载 NextPolish：
wget https://github.com/Nextomics/NextPolish/releases/latest/download/NextPolish.tgz
tar -vxzf NextPolish.tgz && cd NextPolish && make
运行示例
准备短读取文件列表（sgs_fofn）：
ls reads1_R1.fq reads1_R2.fq reads2_R1.fq reads2_R2.fq > sgs.fofn
创建运行配置文件（run.cfg）：
genome=input_genome.fa
echo -e "task = best\ngenome = $genome\nsgs_fofn = sgs.fofn" > run.cfg
运行 NextPolish：
nextPolish run.cfg
应用案例和最佳实践
NextPolish 广泛应用于基因组学研究中，特别是在处理由第三代测序技术（TGS）生成的长读取数据时。一个典型的应用案例是使用 NextPolish 来提高由 HiFi 长读取组装的基因组的共识准确性。
典型生态项目
NextPolish 通常与其他基因组分析工具一起使用，例如用于基因组组装的 NextDenovo 和用于序列比对的 BWA。这些工具共同构成了一个强大的基因组分析生态系统，适用于从原始测序数据到高质量基因组组装的整个流程。
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
