ASTRAL 项目推荐
【免费下载链接】ASTRAL Accurate Species TRee ALgorithm 
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ast/ASTRAL
ASTRAL 是一个用于估算未根物种树的工具，基于一组未根基因树。该项目主要使用 Java 编程语言开发。
项目基础介绍
ASTRAL 项目旨在解决多物种共祖先模型下的统计一致性问题，这对于处理不完整谱系分类（ILS）尤其有用。它能找到具有最大数量共享诱导四元树（quartet trees）的物种树，这些四元树遵循预定义的双分裂集约束。ASTRAL 由 Tandy Warnow 和 Siavash Mirarab 原创设计，并在后续版本中集成了许多其他开发者的想法和贡献。
核心功能
- 物种树重建：ASTRAL 通过分析基因树集合来重建物种树。
- 处理不完整谱系分类：该工具在多物种共祖先模型下统计一致，适用于处理 ILS。
- 预定义双分裂集约束：ASTRAL 使用预定义的双分裂集来引导物种树的重建过程。
最近更新的功能
最近更新的功能包括：
- 新的版本实现：在 C 语言中实现的新版本，称为 ASTER，提供了更准确的加权 ASTRAL (wASTRAL) 和可处理复制和丢失的 ASTRAL-Pro2，以及未加权 ASTRAL 算法的改进版本。
- 多线程支持：ASTRAL 的多线程版本 (Astral with user constraints) 可以提供更快的执行速度。
- 用户约束满足：版本中增加了满足用户定义约束的能力。
- 树更新算法：INSTRAL 算法可以用于在现有的 ASTRAL 树上插入新物种。
这些更新提高了 ASTRAL 的准确性和灵活性，使其成为一个更加强大和通用的物种树重建工具。
【免费下载链接】ASTRAL Accurate Species TRee ALgorithm 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ast/ASTRAL
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
