plinder：开源蛋白质-配体相互作用数据集与评估资源

plinder：开源蛋白质-配体相互作用数据集与评估资源

plinder Protein Ligand INteraction Dataset and Evaluation Resource 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pl/plinder

项目介绍

在生物信息学和药物设计领域，蛋白质与配体之间的相互作用研究对于理解生物过程、疾病机制以及新药开发至关重要。PLINDER（Protein Ligand INteractions Dataset and Evaluation Resource），一种全面的、注释详尽的、高质量的数据集和评估资源，应运而生，旨在为蛋白质-配体对接算法的训练与评估提供强大的支持。

PLINDER 由超过 400,000 个蛋白质-配体相互作用（PLI）系统组成，涵盖超过 11,000 个 SCOP 域和超过 50,000 个独特的小分子。每个系统都有超过 750 个注释，包括蛋白质和配体的性质、质量、匹配的分子系列等。PLINDER 还包括自动化校验管道以保持与蛋白质数据银行（PDB）的同步，提供了 14 种 PLI 指标和超过 20 亿个相似度评分。

项目技术分析

PLINDER 的核心在于其高质量的数据集，该数据集通过以下技术特点实现：

• 全面性：数据集涵盖了广泛的蛋白质-配体系统，提供了丰富的样本供算法训练和评估。
• 自动化校验：通过自动化校验管道，PLINDER 可以实时更新，保持数据的最新性和准确性。
• 详细注释：每个系统都有详尽的注释，包括蛋白质和配体的各种属性，有助于深入理解相互作用。
• 质量评估：提供多种评价指标，帮助用户全面评估对接算法的性能。

PLINDER 的技术架构包括 plinder.data 和 plinder.core 两个包。plinder.data 负责生成数据集版本，而 plinder.core 则提供了与数据集交互的便捷接口。

项目技术应用场景

PLINDER 的应用场景广泛，主要包括：

• 算法训练：为蛋白质-配体对接算法提供丰富的训练数据。
• 性能评估：通过内置的评价指标和测试集，对对接算法进行性能评估。
• 药物设计：辅助药物设计师理解蛋白质与配体的相互作用，从而设计更有效的药物。
• 学术研究：为学术研究人员提供研究蛋白质-配体相互作用的可靠数据源。

项目特点

PLINDER 的以下特点使其在蛋白质-配体相互作用研究中脱颖而出：

• 高质量数据：详尽的注释和自动化校验确保数据质量。
• 灵活性：支持根据不同的学习任务调整数据集的划分。
• 广泛适用性：不仅适用于传统的对接算法，还适用于同时预测蛋白质结构和生成新配体结构的算法。
• 社区驱动：由多个机构和研究团队共同维护，确保持续更新和改进。

PLINDER 作为一个开源项目，已经在生物信息学领域引起了广泛关注，并有望成为蛋白质-配体相互作用研究的标准数据集。其最新的数据版本和迭代将继续推动该领域的研究进展，为科学界提供宝贵的资源。

总结

PLINDER 的出现为蛋白质-配体相互作用研究提供了强大的数据支持。通过其全面、高质量的数据集和评估资源，研究人员可以更好地训练和评估对接算法，加速药物设计和生物信息学的研究进程。无论您是算法开发者、药物设计师还是学术研究人员，PLINDER 都是您不可或缺的工具之一。立即开始使用 PLINDER，开启您的蛋白质-配体相互作用研究之旅。

plinder Protein Ligand INteraction Dataset and Evaluation Resource 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pl/plinder