ABC-Enhancer-Gene-Prediction 项目使用教程

ABC-Enhancer-Gene-Prediction 项目使用教程

ABC-Enhancer-Gene-Prediction Cell type specific enhancer-gene predictions using ABC model (Fulco, Nasser et al, Nature Genetics 2019) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ab/ABC-Enhancer-Gene-Prediction

1. 项目目录结构及介绍

本项目目录结构如下：

ABC-Enhancer-Gene-Prediction/
├── .circleci/             # CI/CD 配置文件目录
├── config/                # 配置文件目录
├── docs/                  # 文档目录
├── example_chr/           # 示例染色体数据目录
│   └── chr22/
├── reference/             # 参考数据目录
├── tests/                 # 测试代码目录
├── workflow/              # 工作流目录
├── .gitignore             # Git 忽略文件
├── .readthedocs.yaml      # Read The Docs 配置文件
├── CHANGELOG.md           # 更新日志文件
├── LICENSE                # 许可证文件
├── README.md              # 项目说明文件
└── ...

详细介绍：

• .circleci/：存放持续集成和持续部署的配置文件。
• config/：包含项目所需的配置文件。
• docs/：存放项目文档。
• example_chr/：包含示例染色体数据。
• reference/：包含参考数据，如基因组序列等。
• tests/：包含项目的测试代码。
• workflow/：包含项目的工作流程脚本。
• .gitignore：指定 Git 忽略的文件和目录。
• .readthedocs.yaml：配置 Read The Docs 的项目文档。
• CHANGELOG.md：记录项目的更新历史。
• LICENSE：项目的许可证信息。
• README.md：项目的说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常为 main.py 或者 run.py 等，本项目没有明确的启动文件，而是通过工作流（workflow/ 目录下的脚本）来启动和运行。这些脚本会根据项目的配置文件来执行相应的分析和预测任务。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 config/ 目录下，这些配置文件定义了项目运行时所需的各种参数。以下是一些主要的配置文件及其用途：

• config.json：项目的核心配置文件，可能包含数据路径、分析参数等。
• environment.yaml：定义项目运行环境所需的依赖，如 Python 包等。

用户需要根据自己的需求和环境对配置文件进行相应的修改，以确保项目可以正确运行。

ABC-Enhancer-Gene-Prediction Cell type specific enhancer-gene predictions using ABC model (Fulco, Nasser et al, Nature Genetics 2019) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ab/ABC-Enhancer-Gene-Prediction