【亲测免费】 ClusterGVis 项目使用教程

ClusterGVis 项目使用教程

【免费下载链接】ClusterGVis One-step to Cluster and Visualize Gene Expression Matrix 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/ClusterGVis

1. 项目的目录结构及介绍

ClusterGVis/
├── data/
│   └── man/
├── R/
├── inst/
├── man/
├── tests/
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── README.md
└── ClusterGVis.Rproj

目录结构介绍

• data/: 存放项目的数据文件。
• R/: 存放项目的R代码文件。
• inst/: 存放项目的安装文件。
• man/: 存放项目的帮助文档。
• tests/: 存放项目的测试代码。
• DESCRIPTION: 项目的描述文件，包含项目的名称、版本、依赖等信息。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• NAMESPACE: 项目的命名空间文件。
• README.md: 项目的说明文件，通常包含项目的简介、安装方法、使用说明等。
• ClusterGVis.Rproj: 项目的R项目文件，用于在RStudio中打开项目。

2. 项目的启动文件介绍

在 ClusterGVis 项目中，没有明确的“启动文件”，因为这是一个R包项目。通常，R包的启动是通过加载包并调用其中的函数来实现的。例如：

# 安装并加载ClusterGVis包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("junjunlab/ClusterGVis")
library(ClusterGVis)

# 使用ClusterGVis中的函数
result <- clusterGVisFunction(data)

3. 项目的配置文件介绍

DESCRIPTION

DESCRIPTION 文件是R包项目的核心配置文件，包含以下关键信息：

Package: ClusterGVis
Version: 0.0.2
Title: One-step to Cluster and Visualize Gene Expression Matrix
Description: ClusterGVis allows you to create publication-quality figures for time-series gene expression data.
License: MIT + file LICENSE
Encoding: UTF-8
LazyData: true
RoxygenNote: 7.1.1
Depends: R (>= 3.5.0)
Imports: 
    ComplexHeatmap,
    clusterProfiler,
    WGCNA,
    e1071,
    mfuzz

LICENSE

LICENSE 文件定义了项目的许可证类型，通常为MIT许可证。

MIT License

Copyright (c) 2022 Jun Zhang

Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
in the Software without restriction, including without limitation the rights
to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
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The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
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THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
SOFTWARE.

NAMESPACE

NAMESPACE 文件定义了R包的命名空间，通常由Roxygen2自动生成。

exportPattern("^[^\\.]")
import(ComplexHeatmap)
import(clusterProfiler)
import(WGCNA)
import(e1071)
import(mfuzz)

通过以上介绍，您可以更好地理解和使用 ClusterGVis 项目。

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