【亲测免费】 BEELINE 项目使用教程

BEELINE 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

BEELINE 项目的目录结构如下：

Beeline/
├── Algorithms/
├── BLEval/
├── BLPlot/
├── BLRun/
├── config-files/
├── docs/
├── inputs/
├── meta-scripts/
├── .gitignore
├── BLEvaluator.py
├── BLPlotter-Curated.py
├── BLPlotter-Synthetic.py
├── BLPlotter.py
├── BLRunner.py
├── LICENSE
├── README.md
├── generateExpInputs.py
├── initialize.sh
├── requirements.txt
└── setupAnacondaVENV.sh

目录介绍：

• Algorithms/: 包含用于基因调控网络推断的算法。
• BLEval/: 包含评估推断结果的脚本。
• BLPlot/: 包含用于绘制结果的脚本。
• BLRun/: 包含运行推断算法的脚本。
• config-files/: 包含项目的配置文件。
• docs/: 包含项目的文档。
• inputs/: 包含输入数据集。
• meta-scripts/: 包含元脚本，用于自动化任务。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• BLEvaluator.py: 评估推断结果的 Python 脚本。
• BLPlotter-Curated.py: 用于绘制已验证数据的 Python 脚本。
• BLPlotter-Synthetic.py: 用于绘制合成数据的 Python 脚本。
• BLPlotter.py: 通用的绘图脚本。
• BLRunner.py: 运行推断算法的 Python 脚本。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的说明文件。
• generateExpInputs.py: 生成实验输入数据的 Python 脚本。
• initialize.sh: 初始化项目的 Shell 脚本。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setupAnacondaVENV.sh: 设置 Anaconda 虚拟环境的 Shell 脚本。

2. 项目的启动文件介绍

BLRunner.py

BLRunner.py 是 BEELINE 项目的主要启动文件，用于运行基因调控网络推断算法。

使用方法：

python BLRunner.py --config config-files/config.yaml

参数说明：

• --config: 指定配置文件的路径。

BLEvaluator.py

BLEvaluator.py 用于评估推断结果，计算 ROC 和 PR 曲线下面积。

使用方法：

python BLEvaluator.py --config config-files/config.yaml --auc

参数说明：

• --config: 指定配置文件的路径。
• --auc: 计算 ROC 和 PR 曲线下面积。

3. 项目的配置文件介绍

config-files/config.yaml

config.yaml 是 BEELINE 项目的主要配置文件，包含了运行推断算法所需的所有配置参数。

配置文件示例：

dataset: inputs/example/GSD/
algorithms:
  - name: Algorithm1
    params:
      param1: value1
      param2: value2
  - name: Algorithm2
    params:
      param1: value1
      param2: value2
output: outputs/

配置项说明：

• dataset: 指定输入数据集的路径。
• algorithms: 指定要运行的算法及其参数。
• output: 指定输出结果的路径。

通过以上配置文件，用户可以自定义数据集、选择算法并设置参数，从而灵活地运行 BEELINE 项目。