【亲测免费】 FASTA36 项目使用教程

FASTA36 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

fasta36/
├── bin/
├── conf/
├── data/
├── doc/
├── make/
├── misc/
├── psisearch2/
├── scripts/
├── seq/
├── sql/
├── src/
├── test/
├── .gitignore
├── COPYRIGHT
├── COPYRIGHT.sse2
├── FASTA_LIST
├── LICENSE
├── README
├── README.md

目录介绍

• bin/: 存放编译后的可执行文件。
• conf/: 配置文件目录。
• data/: 数据文件目录。
• doc/: 文档目录，包含项目的详细说明文档。
• make/: 构建脚本目录。
• misc/: 杂项文件目录。
• psisearch2/: PSI-Search 相关文件目录。
• scripts/: 脚本文件目录，包含一些辅助脚本。
• seq/: 序列文件目录。
• sql/: SQL 相关文件目录。
• src/: 源代码目录。
• test/: 测试文件目录。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• COPYRIGHT: 版权信息文件。
• COPYRIGHT.sse2: SSE2 相关版权信息文件。
• FASTA_LIST: FASTA 列表文件。
• LICENSE: 许可证文件。
• README: 项目说明文件。
• README.md: Markdown 格式的项目说明文件。

2. 项目启动文件介绍

在 bin/ 目录下，存放了编译后的可执行文件。主要的启动文件包括：

• fasta36: 用于蛋白质和DNA序列的本地相似性搜索。
• ssearch36: 用于Smith-Waterman算法的优化搜索。
• ggsearch36: 用于全局Needleman-Wunsch算法的优化搜索。
• glsearch36: 用于全局(查询)/局部(库)搜索的优化搜索。

这些文件是项目的核心启动文件，用户可以通过命令行直接调用这些文件来执行相应的序列比对任务。

3. 项目配置文件介绍

在 conf/ 目录下，存放了项目的配置文件。主要的配置文件包括：

• config.ini: 项目的主要配置文件，包含了程序运行时的各种参数设置，如数据库路径、输出格式等。
• database.conf: 数据库配置文件，指定了项目使用的数据库路径和相关参数。

用户可以根据自己的需求修改这些配置文件，以适应不同的使用场景。

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通过以上内容，您可以快速了解并开始使用 FASTA36 项目。