BiomedGPT 项目使用教程

BiomedGPT 项目使用教程

BiomedGPT BiomedGPT: A Unified and Generalist Biomedical Generative Pre-trained Transformer for Vision, Language, and Multimodal Tasks 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BiomedGPT

1. 项目目录结构及介绍

BiomedGPT 项目的目录结构如下：

BiomedGPT/
├── checkpoints/
├── datasets/
│   ├── pretraining/
│   ├── finetuning/
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── preprocess/
│   │   ├── pretraining/
│   │   └── finetuning/
│   ├── pretrain/
│   ├── vqa/
│   └── ...
├── utils/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── checkpoints.md
├── datasets.md
├── evaluate.py
├── requirements.txt
├── train.py
└── trainer.py

目录介绍：

• checkpoints/: 存放预训练和微调的模型检查点文件。
• datasets/: 存放用于预训练和微调的数据集。
  • pretraining/: 预训练数据集。
  • finetuning/: 微调数据集。
• scripts/: 包含预处理、预训练、微调和推理的脚本。
  • preprocess/: 数据预处理脚本。
    • pretraining/: 预训练数据预处理脚本。
    • finetuning/: 微调数据预处理脚本。
  • pretrain/: 预训练脚本。
  • vqa/: 视觉问答任务脚本。
• utils/: 包含项目中使用的各种实用工具和辅助函数。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• checkpoints.md: 检查点文件说明。
• datasets.md: 数据集说明。
• evaluate.py: 评估脚本。
• requirements.txt: 项目依赖包列表。
• train.py: 训练脚本。
• trainer.py: 训练器脚本。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件主要是 train.py 和 evaluate.py。

train.py

train.py 是用于训练模型的主脚本。它负责加载数据、配置模型、执行训练过程并保存训练结果。

evaluate.py

evaluate.py 是用于评估模型性能的脚本。它加载预训练或微调后的模型，并根据指定的数据集进行评估。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要是 requirements.txt 和 datasets.md。

requirements.txt

requirements.txt 列出了项目运行所需的 Python 依赖包及其版本。使用以下命令安装依赖包：

pip install -r requirements.txt

datasets.md

datasets.md 文件详细介绍了项目中使用的数据集，包括数据集的来源、格式、预处理步骤等。在准备数据集时，请参考此文件。

通过以上介绍，您应该对 BiomedGPT 项目的目录结构、启动文件和配置文件有了基本的了解。接下来，您可以根据项目的 README.md 文件进一步了解如何使用和配置该项目。

BiomedGPT BiomedGPT: A Unified and Generalist Biomedical Generative Pre-trained Transformer for Vision, Language, and Multimodal Tasks 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BiomedGPT