fastp 项目教程

fastp 项目教程

1. 项目目录结构及介绍

fastp 是一个用于 FASTQ 文件预处理的工具，其目录结构如下：

fastp/
├── github/workflows/
├── src/
├── testdata/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── Makefile
└── README.md

目录结构介绍

• github/workflows/：包含 GitHub Actions 的工作流配置文件。
• src/：包含 fastp 的主要源代码文件。
• testdata/：包含用于测试的数据文件。
• .gitignore：指定 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE：项目的开源许可证文件。
• Makefile：用于编译和安装 fastp 的 Makefile 文件。
• README.md：项目的介绍和使用说明文件。

2. 项目启动文件介绍

fastp 的启动文件是 src/fastp.cpp，该文件包含了 fastp 的主要逻辑和功能实现。通过编译 src/fastp.cpp 文件，可以生成可执行文件 fastp。

启动文件介绍

• src/fastp.cpp：fastp 的主程序文件，包含了命令行参数解析、数据处理逻辑等。

3. 项目的配置文件介绍

fastp 项目本身没有传统的配置文件，其配置主要通过命令行参数进行。用户可以通过命令行参数指定输入文件、输出文件、过滤条件等。

常用命令行参数

• -i：指定输入的 FASTQ 文件。
• -o：指定输出的 FASTQ 文件。
• -h：指定输出的 HTML 报告文件。
• -j：指定输出的 JSON 报告文件。
• --stdout：将过滤后的数据输出到标准输出。
• --stdin：从标准输入读取数据。

示例

fastp -i input.fq -o output.fq -h report.html -j report.json

以上命令将从 input.fq 文件读取数据，进行预处理后输出到 output.fq 文件，并生成 HTML 和 JSON 格式的报告文件。

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通过以上教程，您可以了解 fastp 项目的目录结构、启动文件以及如何通过命令行参数进行配置和使用。