LiftOn：基于同源映射的基因组注释工具

LiftOn：基于同源映射的基因组注释工具

LiftOn 🚀 LiftOn: Accurate annotation mapping for GFF/GTF across assemblies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/li/LiftOn

项目介绍

LiftOn 是一个基于同源映射的基因组注释工具，利用DNA-DNA对齐（来自Liftoff工具，感谢Alaina Shumate博士的工作）和蛋白质-DNA对齐（来自miniprot工具，感谢Heng Li博士的工作），精确地在同一物种或不同物种的基因组组装之间映射注释。LiftOn 通过两步蛋白质最大化算法，优化了T2T-CHM13基因组组装的蛋白质编码基因注释。

项目技术分析

LiftOn 集成了两种不同的对齐策略：DNA-DNA对齐和蛋白质-DNA对齐。DNA-DNA对齐通过Liftoff算法实现，适用于基因组的整体结构映射；而蛋白质-DNA对齐则利用了miniprot算法，对蛋白质编码基因的边界和结构进行更精确的标注。两种策略的结合，使得LiftOn在注释基因时，尤其是对于蛋白质编码基因，具有更高的准确性和可靠性。

项目采用Python语言开发，便于在多种平台上部署和使用。LiftOn的安装过程简洁，支持通过PyPi进行一键安装，自动处理依赖关系，极大地方便了用户。

项目技术应用场景

LiftOn 的设计初衷是为了应对快速增长的高质量基因组组装，而基因组注释工作相对滞后的现状。以下是几个典型的应用场景：

1. 新基因组注释：对于新测序和组装的基因组，LiftOn可以提供一种高效的注释方法，帮助研究人员快速获得基因注释结果。
2. 比较基因组学：LiftOn工具可以用于比较不同基因组之间的基因内容，对于理解物种间的进化关系和功能基因组学研究具有重要价值。
3. T2T-CHM13注释使用：对于使用T2T-CHM13基因组注释的研究人员，LiftOn提供了预生成的注释文件，可以直接使用，提高了研究效率。

项目特点

LiftOn 具有以下显著特点：

• 融合两种对齐策略：结合DNA和蛋白质两种对齐方式，提高了注释的全面性和准确性。
• 改进远缘物种映射：对于亲缘关系较远的物种，传统的DNA-based lift-over工具表现不佳，LiftOn利用蛋白质信息，优化了这一过程。
• 易于安装和使用：LiftOn遵循Python开发标准，易于安装，用户可以通过简单的命令行操作运行工具。

LiftOn作为开源项目，遵循GPLv3协议，保证了其自由和开放性，有助于促进基因组注释技术的发展和应用。对于有志于基因组研究和注释的科研人员和生物信息学家来说，LiftOn是一个不可或缺的工具。

LiftOn 🚀 LiftOn: Accurate annotation mapping for GFF/GTF across assemblies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/li/LiftOn