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本人从事生物信息分析工作2年，专注于微生物基因组分析领域。
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R：ggplot2（2），第2章 从qplot开始入门（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第2章 从qplot开始入门2.5 几何对象2.5.2 箱线图和扰动点图如果一个数据集中包含了一个分类变量和一个或多个连续变量，那么可以表示连续变量会如何随着分类变量水平的变化而变化。所以箱线图和扰动点图提供了各自的方法来达到这个目的。> library(ggplot2)&a原创 2018-10-13 10:53:55 · 1142 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（15），第6章 标度、坐标轴和图例（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.4 标度详解6.4.4 手动离散型标度离散型标度scale_linetype()，scale_size_discrete()和scale_shape()没有选项，这些标度是按一定的顺序将因子的水平映射到一系列取值中。手动型标度创建新的标度：scale_shape_manual()，scale_linetype_manu...原创 2019-03-27 22:47:33 · 1566 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（12），第5章 工具箱（4）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.10 添加图形注释添加图形注释有两种基本的方式：逐个添加或批量添加。逐个添加的方式适合少量的、图形属性多样化的注解。我们只要为所有想要的图形属性设置好对应的值就可以了。如果我们需要添加多个具有类似属性的注解，将它们放到数据框中并一次添加完成也许更有效。下面的例子中，我们分别用以上两种方式，向经济数据中加入了有关美国总统的信息。&g...原创 2019-03-12 22:51:33 · 410 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（14），第6章 标度、坐标轴和图例（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.4 标度详解6.4.3 颜色标度映射颜色的方法很多，对于连续型值有三种基于渐变的方法，对于离散型值有两种方法。hcl色彩空间由三部分构成，分别是色相（hue）、彩度（chroma）、明度（luminance）。色相（hue）是一个0和360之间的（角度）值，它将一种色彩赋以“颜色”属性：如蓝、红、橙等等。明度（lu...原创 2019-03-20 21:34:32 · 2022 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（13），第6章 标度、坐标轴和图例（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.3 用法每一种图形属性都拥有一个默认都标度，此标度将在我们每次使用这个图形属性时被自动添加到图形中。见表6.1。标度都种类依赖于变量都类型：标度可为连续型（变量为数值时）或离散型（变量为因子、逻辑值、字符时）。要修改默认的标度用到set_default_scale()。表6.1 按图形属性和变量类型排列的各种标度。默认标度...原创 2019-03-14 22:51:56 · 3416 阅读 · 1 评论 -
R：ggplot2（11），第5章 工具箱（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.8 揭示不确定性数据中存在不确定性的信息，有四类几何对象可揭示数据中不确定性的信息。具体使用哪个取决于x的值是离散型还是连续型的，以及我们是否要展示区间内的中间值，或是仅仅展示区间，见下表。变量X类型仅展示区间同时展示区间和中间值连续型geom_ribbongeom_smooth(stat=“identit...原创 2019-03-10 18:48:22 · 776 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（10），第5章 工具箱（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.7 绘制地图绘制中国地图：参考该博客内容：https://www.cnblogs.com/lizhilei-123/p/6734378.html> install.packages('maps')> install.packages('mapdata')&am原创 2018-11-20 07:20:06 · 433 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（9），第5章 工具箱（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.4 展示数据分布用更好的图形组合展示最佳的数据反映效果，直方图设定组距binwidth可显示更多数据变化的细节；不同组别数据可通过直方图进行分面，不同颜色填充，频率分布的线图来区分不同组别。> depth_dist <- ggplot(diamonds, aes(depth)) + xlim(5原创 2018-11-14 22:33:45 · 1149 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（8），第4章 ggplot2构造图像的基本思想及总结练习（4）
讲一下各个小节都主要写了哪些内容，然后总结一下基本的思想原理。根据stat_XXX或geom_XXX的方法绘制几个有代表的图形，前面写过的也可以照搬过来，书上的那几个图也尝试着画一下，另外，4.5.3小节的图，4.5.4小节的图，4.8节的三种形式的条图，这些经常用到的图都作为例子讲出来。4.8节的线图尝试画一下，练习要讲的内容是：训练几个经典的图形：1，一个加点，加误差棒的线图2，条...原创 2018-11-05 21:35:21 · 785 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（6），第4章 用图形构建图像（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.5 图形属性映射4.5.3 分组几何对象可以大致的氛围个体几何对象和群组几何对象两类，个体几何对象对数据框的每一条数据绘制一个可以区别其他个体的图形对象。群组几何对象用来表示多条观测。默认的，离散型变量的交互作用被设为分组的默认值，如果没能正确分组或者没有俩三星变量，就需要自定义分组结构。即将group映射到一个在不同的组有...原创 2018-10-27 11:27:53 · 608 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（5），qplot语法总结及绘图练习（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》原创 2018-10-26 09:05:30 · 2146 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（7），第4章 用图形构建图像（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.6 几何对象几何图形对象，简称为geom，它执行着图层的实际渲染，控制着生成的图像类型。表4.2列出了ggplot2里面所有可用的几何对象。表4.2 ggplot2中的几何对象名称描述abline线，由斜率和截距决定area面积图（area plot）bar条形图，以x轴为底的矩形...原创 2018-10-28 15:35:13 · 1387 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（4），第4章 用图形构建图像（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.1 简介qplot()的局限性在于它只能使用一个数据集和一组图形属性映射，解决这个问题的办法就是使用图层。每个图层可以有自己的数据集和图形属性映射，附加的数据元素可通过图层添加到图形中。...原创 2018-10-22 22:29:26 · 648 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（1），第2章 从qplot开始入门（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第1章 简介数据的几何对象包括点、线、条形等，图形属性包括颜色、形状、大小等，可实现统计变换，设定坐标系及分面交互式图形软件包GGobi可通过rggobi软件包与R进行连接。R中图形软件包的列表，http://cran.r-project.org/web/views/Graphics.html。> install.packag原创 2018-10-10 23:08:50 · 4588 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（3），第3章 语法突破（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》原创 2018-10-17 21:45:07 · 706 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（16），第8章 精雕细琢（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第8章 精雕细琢8.1 主题主题系统控制者图形中的非数据元素外观，它不会影响几何对象和标度等数据元素。主题的控制包括标题、坐标轴标签、图例标签等文字调整，以及网格线、背景、轴须等颜色搭配。8.1.1 内置主题图形默认等theme_gray()使用淡灰色背景白色网格线，theme_bw()为传统等白色背景和深灰色网格线。两个主题都由危机的参数base...原创 2019-04-20 16:10:33 · 1050 阅读 · 0 评论