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genome_denovo
本人从事生物信息分析工作2年，专注于微生物基因组分析领域。
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python和R的方法对比 - 相同功能的命令差异
python和R的命令对比比较执行相同或近似功能下，python和R的命令对比数字操作pythonR功能说明备注输入输出输入输出功能1+231+2[1] 3加法1-2-11-2[1] -1减法2*242*2[1] 4乘法17/82.12517/8[1] 2.125非整除除法(python3中的用法)17//8217%/%8[1] 2整除除法(python3中的用法)21%41(原创 2020-06-03 11:47:14 · 406 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（5），qplot语法总结及绘图练习（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》原创 2018-10-26 09:05:30 · 2146 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（6），第4章 用图形构建图像（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.5 图形属性映射4.5.3 分组几何对象可以大致的氛围个体几何对象和群组几何对象两类，个体几何对象对数据框的每一条数据绘制一个可以区别其他个体的图形对象。群组几何对象用来表示多条观测。默认的，离散型变量的交互作用被设为分组的默认值，如果没能正确分组或者没有俩三星变量，就需要自定义分组结构。即将group映射到一个在不同的组有...原创 2018-10-27 11:27:53 · 608 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（8），第4章 ggplot2构造图像的基本思想及总结练习（4）
讲一下各个小节都主要写了哪些内容，然后总结一下基本的思想原理。根据stat_XXX或geom_XXX的方法绘制几个有代表的图形，前面写过的也可以照搬过来，书上的那几个图也尝试着画一下，另外，4.5.3小节的图，4.5.4小节的图，4.8节的三种形式的条图，这些经常用到的图都作为例子讲出来。4.8节的线图尝试画一下，练习要讲的内容是：训练几个经典的图形：1，一个加点，加误差棒的线图2，条...原创 2018-11-05 21:35:21 · 785 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（9），第5章 工具箱（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.4 展示数据分布用更好的图形组合展示最佳的数据反映效果，直方图设定组距binwidth可显示更多数据变化的细节；不同组别数据可通过直方图进行分面，不同颜色填充，频率分布的线图来区分不同组别。> depth_dist <- ggplot(diamonds, aes(depth)) + xlim(5原创 2018-11-14 22:33:45 · 1149 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（10），第5章 工具箱（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.7 绘制地图绘制中国地图：参考该博客内容：https://www.cnblogs.com/lizhilei-123/p/6734378.html> install.packages('maps')> install.packages('mapdata')&am原创 2018-11-20 07:20:06 · 433 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（11），第5章 工具箱（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.8 揭示不确定性数据中存在不确定性的信息，有四类几何对象可揭示数据中不确定性的信息。具体使用哪个取决于x的值是离散型还是连续型的，以及我们是否要展示区间内的中间值，或是仅仅展示区间，见下表。变量X类型仅展示区间同时展示区间和中间值连续型geom_ribbongeom_smooth(stat=“identit...原创 2019-03-10 18:48:22 · 776 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（13），第6章 标度、坐标轴和图例（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.3 用法每一种图形属性都拥有一个默认都标度，此标度将在我们每次使用这个图形属性时被自动添加到图形中。见表6.1。标度都种类依赖于变量都类型：标度可为连续型（变量为数值时）或离散型（变量为因子、逻辑值、字符时）。要修改默认的标度用到set_default_scale()。表6.1 按图形属性和变量类型排列的各种标度。默认标度...原创 2019-03-14 22:51:56 · 3416 阅读 · 1 评论 -
R：ggplot2（14），第6章 标度、坐标轴和图例（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.4 标度详解6.4.3 颜色标度映射颜色的方法很多，对于连续型值有三种基于渐变的方法，对于离散型值有两种方法。hcl色彩空间由三部分构成，分别是色相（hue）、彩度（chroma）、明度（luminance）。色相（hue）是一个0和360之间的（角度）值，它将一种色彩赋以“颜色”属性：如蓝、红、橙等等。明度（lu...原创 2019-03-20 21:34:32 · 2022 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（12），第5章 工具箱（4）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第5章 工具箱5.10 添加图形注释添加图形注释有两种基本的方式：逐个添加或批量添加。逐个添加的方式适合少量的、图形属性多样化的注解。我们只要为所有想要的图形属性设置好对应的值就可以了。如果我们需要添加多个具有类似属性的注解，将它们放到数据框中并一次添加完成也许更有效。下面的例子中，我们分别用以上两种方式，向经济数据中加入了有关美国总统的信息。&g...原创 2019-03-12 22:51:33 · 410 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（15），第6章 标度、坐标轴和图例（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第6章 标度、坐标轴和图例6.4 标度详解6.4.4 手动离散型标度离散型标度scale_linetype()，scale_size_discrete()和scale_shape()没有选项，这些标度是按一定的顺序将因子的水平映射到一系列取值中。手动型标度创建新的标度：scale_shape_manual()，scale_linetype_manu...原创 2019-03-27 22:47:33 · 1566 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（7），第4章 用图形构建图像（3）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.6 几何对象几何图形对象，简称为geom，它执行着图层的实际渲染，控制着生成的图像类型。表4.2列出了ggplot2里面所有可用的几何对象。表4.2 ggplot2中的几何对象名称描述abline线，由斜率和截距决定area面积图（area plot）bar条形图，以x轴为底的矩形...原创 2018-10-28 15:35:13 · 1387 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（4），第4章 用图形构建图像（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第4章 用图形构建图像4.1 简介qplot()的局限性在于它只能使用一个数据集和一组图形属性映射，解决这个问题的办法就是使用图层。每个图层可以有自己的数据集和图形属性映射，附加的数据元素可通过图层添加到图形中。...原创 2018-10-22 22:29:26 · 648 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（1），第2章 从qplot开始入门（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第1章 简介数据的几何对象包括点、线、条形等，图形属性包括颜色、形状、大小等，可实现统计变换，设定坐标系及分面交互式图形软件包GGobi可通过rggobi软件包与R进行连接。R中图形软件包的列表，http://cran.r-project.org/web/views/Graphics.html。> install.packag原创 2018-10-10 23:08:50 · 4588 阅读 · 0 评论 -
R（08）：第二章：2.7读、写数据文件
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.7 读、写数据文件2.7.1 读纯文本文件读纯文本文件由两个函数，一个是read.table()函数，另一个是scan()函数。1. read.table()函数该函数是读表格形式的文件，如果读到的纯文本文件是对应行列的，该文件的第一行为变量名，第一列为记录序号；则可利用read.table()函数读取数据，用法如下： R_...原创 2018-08-30 21:58:21 · 1657 阅读 · 0 评论 -
R（03）：第二章：2.3 对象和它的模式与属性（1）
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.3 对象和它的模式与属性描述：R是一种基于对象的语言，R的对象包含了若干个元素作为其数据，另外，还可以有一些特殊数据称为属性（attribute），并规定了一些特定的操作（如打印、绘图）。比如，一个向量是一个对象、一个图形也是一个对象。R对象分为单纯（atomic）对象和复合（recursive）对象两种，单纯对象的所有元素都是同一种基本...原创 2018-08-23 21:52:56 · 391 阅读 · 0 评论 -
R（06）：第二章：2.5多维数组和矩阵（2）
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.5 多维数组和矩阵总结：2.5.3 数组的四则运算可以对数组之间进行四则运算（+, -, *, /），这时进行的是数组对应元素的四则运算，参加运算的数组一般应该是相同形状的（即dim属性完全相同），例如： D <- 2*C+A/B; D 数组的加、减法运算和数乘运算满足原矩阵运算的性质，数组即数乘数加减，都是数组及数...原创 2018-08-28 08:50:21 · 1513 阅读 · 0 评论 -
R（01）：第二章：2.2数字、字符与向量（1）
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.1 R软件简介2.1.1 R软件的下载与安装Mac电脑上的R软件的安装： R的下载地址：https://cran.r-project.org/ 进入之后点击：Download R for (Mac) OS X 选择Lastest release中的R-3.5.1.pkg，下载后直接安装即可。2.1.2 初始R软件...原创 2018-08-21 22:42:13 · 455 阅读 · 0 评论 -
R（04）：第二章：2.4因子
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.4 因子统计中的变量有几种重要类别：区间变量、名义变量和有序变量。区间变量取连续的数值，可进行求和、平均值等运算。名义变量和有序变量取离散值，可以用数值代表，可以是字符型值，其具体数值没有加减乘除的意义，不能用来计算，而只能用来分类或计数。名义变量如性别、省份、职业。有序变量如班级、名次。2.4.1 factor()函数离...原创 2018-08-25 17:13:29 · 374 阅读 · 0 评论 -
R（05）：第二章：2.5多维数组和矩阵（1）
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.5 多维数组和矩阵总结2.5.1 生成数组或矩阵数组（array）可以看成是带多个下标的类型相同的元素的集合，常用的是数值型的数组如矩阵，最常见的是二维数组。 数组有一个特征属性叫做维数向量（dim属性），维数向量是一个元素取正整数值的向量，其长度是数组的维数，比如维数向量有两个元素时数组为二维数组（矩阵）。维数向量...原创 2018-08-25 21:46:56 · 690 阅读 · 0 评论 -
R（07）：第二章：2.6列表与数据框
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.6 列表与数据框2.6.1 列表1. 列表的构造列表是一种特别的对象集合，它的元素也由序号（下标）区分，但是各元素的类型可以是任意对象，不同元素不必是同一类型，元素本身允许是其他复杂数据类型，比如，列表的一个元素也允许是列表，例子： > Lst &amp原创 2018-08-29 23:15:03 · 1086 阅读 · 0 评论 -
R（09）：第二章：2.8控制流
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.8 控制流2.8.1 分支语句分支语句包括if / else语句，switch语句。1. if / else 语句if / else 语句的格式为： if(cond) statement_1 if(cond) statement_1 else statement_2 第一句的意义是：如果条件cond成立...原创 2018-09-01 22:01:24 · 389 阅读 · 0 评论 -
R（10）：第二章：2.9编写自己的函数
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.9 编写自己的函数函数定义的格式如下： > name <- function(arg_1, arg_2, ...) expression expression是R语言中的表达式（通常是一组表达式），arg_1, arg_2, … 表示函数的参数；表达式中，放在程序最后的信息是函数的返回值，返回值可以是向量、数组（矩...原创 2018-09-04 21:59:24 · 899 阅读 · 0 评论 -
R（13）：第三章：3.2数据的分布
《统计建模与R软件》薛毅第3章 数据描述性分析3.2 数据的分布3.2.2 直方图、经验分布图与QQ图1. 直方图直方图（histogram），将数据取值的范围分成若干区间（一般是等间隔的），在等间隔的情况下，每个区间长度称为组距。 R语言中，用函数hist()画出样本的直方图： hist(x, breaks=”Sturges”, freq=NULL, pr...原创 2018-09-15 16:18:35 · 1717 阅读 · 0 评论 -
R（12）：第三章：3.1描述统计量
《统计建模与R软件》薛毅第3章 数据描述性分析统计分析分为统计描述和统计推断两个部分，统计描述是通过绘制统计图、编制统计表、计算统计量等方法来表述数据的分布特征。3.1 描述统计量要研究数据的数字特征，即分析数据的集中位置、分散程度和数据分布等。3.1.1 位置的度量用来描述定量资料的集中趋势的统计量常用的有均值、众数、中位数、百分数等。1. 均值在R语言中，可...原创 2018-09-06 22:01:01 · 2176 阅读 · 0 评论 -
R（11）：第二章：2.10 第二章总结
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用总结2.1 R软件简介2.1.1 R软件的下载与安装Mac电脑上的R软件的安装： R的下载地址：https://cran.r-project.org/ 进入之后点击：Download R for (Mac) OS X 选择Lastest release中的R-3.5.1.pkg，下载后直接安装即可。2.2 数字...原创 2018-09-10 21:58:45 · 999 阅读 · 0 评论 -
R（14）：第三章：3.3R语言中的绘图命令
《统计建模与R软件》薛毅第3章 数据描述性分析3.3 R语言中的绘图命令在作图函数中，有两类作图函数，一类是高水平作图函数，另一类是低水平作图函数；高水平作图函数指所有的绘图函数均可产生图形，可以有坐标轴，以及图和坐标轴的说明文字等；低水平作图函数是自身无法生成图形，只能在高水平作图函数产生的图形基础上，增加新的图形。3.3.1 高水平作图函数高水平作图函数有：plot, pairs, ...原创 2018-09-18 22:28:25 · 3083 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（2），第2章 从qplot开始入门（2）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》第2章 从qplot开始入门2.5 几何对象2.5.2 箱线图和扰动点图如果一个数据集中包含了一个分类变量和一个或多个连续变量，那么可以表示连续变量会如何随着分类变量水平的变化而变化。所以箱线图和扰动点图提供了各自的方法来达到这个目的。> library(ggplot2)&a原创 2018-10-13 10:53:55 · 1142 阅读 · 0 评论 -
R：ggplot2（3），第3章 语法突破（1）
《ggplot2：数据分析与图形艺术》原创 2018-10-17 21:45:07 · 706 阅读 · 0 评论 -
R（02）：第二章：2.2数字、字符与向量（2）
《统计建模与R软件》薛毅第2章 R软件的使用2.2 数字、字符与向量2.2.2 产生有规律的序列1. 等差数列a:b表示从a开始，逐项加1（或减1），知道b为止，如x<- 1:30表示向量x=(1, 2, …, 30)，x<- 30:1表示向量x=(30, 39, …, 1)。当原创 2018-08-22 22:22:46 · 576 阅读 · 0 评论