并行版Lammps安装时遇到的问题和解决办法(版本:LAMMPS 64-bit 29Aug2024-MSMPI,Win11)

问题描述:

安装并行版Lammps后,键入mpiexec -np 4 lmp -in in.melt.lmp,输出正常

当修改in.melt.lmp文件中  #dump id all atom 50 dump.melt语句,即删除#号,再次键入mpiexec -np 4 lmp -in in.melt.lmp,生成数据结果时出现以下报错:

第一种:

job aborted:
[ranks] message

[0] application aborted
aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 0

[1-3] terminated

---- error analysis -----

[0] on DESKTOP-4SDLD19
lmp aborted the job. abort code 1

---- error analysis -----

尝试重装软件无效果,修改路径上的空格无效果

第二种:

使用Win11终端打开,依旧键入mpiexec -np 4 lmp -in in.melt.lmp,出现以下错误提示:

无法将“mpiexec”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写,如果包括路径,请确保路径正确,然后再试一次

使用该链接修改无效:【解决】无法将“XXX”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写,如果包括路径,请确保路径正确,然后再试一次_无法将“labelme”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名-优快云博客

问题原因:

最新版Lammps需要安装微软msmpisetup.exe文件,这与mpich2-1.4.1p1-win-x86-64.exe安装软件相冲突。

解决办法:

将mpich2-1.4.1p1-win-x86-64.exe文件卸载,将环境变量中有关这个文件路径的删除,重新键入mpiexec -np 4 lmp -in in.melt.lmp,可以看到输出结果,问题解决。

参考资源链接:[2020LAMMPS分子动力学模拟完全指南](https://wenku.csdn.net/doc/58j8kgg52g?utm_source=wenku_answer2doc_content) 在进行分子动力学模拟安装LAMMPS并配置合适的势能函数是关键步骤之一。如果你遇到了Linux系统上安装LAMMPS的依赖性问题,这里有几个步骤可以帮助你解决: 首先,确保你的系统中安装了编译LAMMPS所需的依赖项。对于大多数Linux发行,这通常包括编译器(如gcc或g++)、make工具以及用于数学计算的库(如BLASLAPACK)。你可以使用系统的包管理器安装这些依赖。例如,在基于Debian的系统中,可以使用以下命令安装所需的依赖项: ``` sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libopenmpi-dev sudo apt-get install openmpi-bin ``` 如果你使用的是其他类型的Linux发行,可以查找相应的包管理器命令。例如,在RedHat/CentOS系统中,你可以使用yum或dnf命令。 在安装完必要的依赖后,你可以从LAMMPS的官方网站下载源代码并按照以下步骤编译: ``` tar.gz xvf lammps-stable.tar.gz cd lammps-stable/src make yes-meam make yes-misc make serial ``` 这里的'make yes-meam'确保了LAMMPS会编译包含MEAM势能函数(Lennard-Jones也是MEAM势能函数的一部分)的版本。在编译完成之后,你可以使用以下命令来运行LAMMPS: ``` mpirun -np 4 lmp -in in.start ``` 这里的'in.start'是你准备好的输入脚本,它定义了模拟的参数设置。请确保该脚本中包含了适当的势能设置,例如: ``` units lj atom_style atomic lattice fcc 0.8442 region box block *** create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff ***.***.***.* velocity all create 1.44 87287 loop geom fix 1 all nve thermo 100 run 1000 ``` 这个示例脚本定义了一个简单的Lennard-Jones势能模拟。'pair_style''pair_coeff'指令用于指定势能类型参数。务必调整这些参数以符合你的具体模拟需求。 安装配置好LAMMPS后,你可以开始进行分子动力学模拟。若需要进一步学习如何使用LAMMPS进行复杂的模拟,建议阅读《2020LAMMPS分子动力学模拟完全指南》。这份指南提供了关于LAMMPS的详细信息使用技巧,是你的理想学习资源。 参考资源链接:[2020LAMMPS分子动力学模拟完全指南](https://wenku.csdn.net/doc/58j8kgg52g?utm_source=wenku_answer2doc_content)
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