Rstudio-server无法安装，但可以安装Rstudio & 安装bioconductor遇到问题：“installation path not writeable, unable to up”

最新推荐文章于 2025-03-29 08:49:50 发布

原创最新推荐文章于 2025-03-29 08:49:50 发布 · 1.1w 阅读

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本文详细介绍了如何在Linux环境下安装Rstudio，并解决在安装Bioconductor过程中遇到的权限问题，确保生物信息学软件包能够成功更新。

# 安装Rstudio

下载Rstudio后将安装包放到home文件夹中，然后点击直接进行安装。在终端里直接输入rstudio运行。

# 安装bioconductor

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

遇到以下问题：

>biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), R 3.5.3 (2019-03-11).
installation path not writeable, unable to update packages: cluster, MASS, nlme, survival

解决方案：打开终端

sudo R
update.packages()
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

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在Ubuntu上配置的RStudio Server上安装github上的R包疯狂报错

watermel__的博客

11-13

2086

因为要使用cisTopic R包，故需要在服务器上配置的RStudio Server上下载该包(github)。 https://github.com/aertslab/cisTopic devtools::install_github("aertslab/cisTopic") library(cisTopic) 一开始报错：Could not resolve host: api.github.com 解决方法： 1 去该网址https://websites.ipaddress.com/输入域名，得到域名

关于RStudio3.2.2 安装包失败

BD的笔记

10-13

1万+

Warning in install.packages : InternetOpenUrl failed: '无法与服务器建立连接' Warning in install.packages : InternetOpenUrl failed: '无法与服务器建立连接' Warning in install.packages : unable to access index for rep

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R安装CMplot遇到报错：Installation paths not writeable, unable to update packages和sh: gcc: command not found

a1996q的博客

11-23

2714

在安装CMplot时，遇到两个报错Installation paths not writeable, unable to update packages和sh: gcc: command not found，分别截图如下：第一个报错：第二个报错：我之前安装过一个r语言旧版本，之后又安装了一个新的版本，符合我这种情况，我的方法可能可以解决这个报错问题，其他情况报错可能不行。使用下面的命令： installed.packages()[, c(“Package”, “LibPath”)] 发现我有两个

Installation path not writeable in R

linkequa的博客

11-18

8409

当你安装R包时，出现了这个错误，Installation path not writeable, unable to update packages。很有可能是因为你R包安装的位置存在两个。可以使用 installed.packages()[, c(“Package”, “LibPath”)] 来查看所有的R包位置。同时使用 Sys.chmod(“file”,‘777’) 其中file是你R包安装的位置，然后这个包就能正常使用了 Reference https://zhuanlan.zhihu.com/p

报错：path not writeable、 package ‘XXX’ is not available

zengwanqin的博客

03-17

7591

**Installation path not writeable, unable to update packages:xxx,xxx,xxx Warning message: package ‘scuttle’ is not available (for R version 4.0.2)** ## 首先第一个报错：Installation path not writeable, unable to update packages:xxx,xxx,xxx 原因：安装的R包的位置有多个解决方法：Sys.

解决RStudio server中在浏览器中无法装包的问题

cw632386583的博客

02-14

1042

先写个开头 =。=

R中package not avalible问题

Christina

05-07

1035

我们在加载之前安装的R包时，有时会出现加载失败的情况。常规做法是remove.packages("")，然后重新安装，但是有时候会出现安装失败的情况，如下： 1. 针对not writable的问题，可能是安装包路径问题。可以用.libPaths()查看以下当前安装路径有哪些，针对指定安装路径，如本例子中'lib = D:/Program Files/R-3.6.1/library' is ...

csdn c知道下载程序包‘BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5’时出了问题 Installation paths not writeable, unable to update packages path: C:/Program Files/R/R-4.4.3/library

04-13

好的，我现在需要解决用户在安装R语言BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5包时遇到的权限问题。用户提到安装路径C:/Program Files/R/R-4.4.3/library不可写，这通常是因为在Windows系统下，普通用户没有权限写入...

'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ Bioconductor version 3.21 (BiocManager 1.30.25), R 4.5.0 (2025-04-11 ucrt) Installation paths not writeable, unable to update packages path: C:/Program Files/R/R-4.5.0/library packages: lattice, mgcv

04-27

好的，我现在需要解决用户关于R语言中由于权限问题导致无法更新包的问题，特别是涉及R 4.5.0版本、BiocManager和CRAN仓库的情况。首先，我要回忆一下常见的R包安装权限问题通常是由哪些原因引起的。用户提到更新包...

> BiocManager::install("gwasvcf") 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ Bioconductor version 3.22 (BiocManager 1.30.26), R 4.5.1 (2025-06-13 ucrt) Installing package(s) 'gwasvcf' Installation paths not writeable, unable to update packages path: C:/Program Files/R/R-4.5.1/library packages: boot, Matrix 警告信息: package ‘gwasvcf’ is not available for Bioconductor version '3.22' A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages 上面这串代码是什么意思，如何解决

最新发布

11-04

'Installation paths not writeable'：表示R的安装目录没有写入权限，通常发生在系统级安装的R程序（如Windows的Program Files目录或Linux的/usr/lib目录）且当前用户没有管理员权限时。 2. 'package ‘gwasvcf’ ...

rstudio-server安装问题解决笔记

艾@七的专栏

07-06

1万+

1、目标及问题在linux上安装R语言，并安装rstudio-server，使用web UI进行R的代码编写。源码编译安装的时候问题不大，能够进入rcmd中，进行相关操作，但是 rstudio-server安装时问题就比较多了，结果就是rstudio-server启动不起来，web界面打不开。 2、R的源码编译安装这个比较简单，从R的官方网站上下载R的linux版本，地址：http:/

Ubuntu 20.04安装R和Rstudio--记录安装过程和踩过的坑

linuxonly801的博客

01-10

7389

在ubuntu下面安装R和Rstudio非常简单，但是安装R包太困难了。折腾了大半个月了，终于找到了一些方法，自己记录一下。

conda装的R不能在Rstudio里装R包

weixin_47195452的博客

03-29

587

，能够自动帮助我们解决很多软件安装问题。但是最近遇到一个比较吊诡的问题，在Rstudio中调用conda所安装的R时，常常在装包时候找不到。非常的智能，能够帮助你解决各种依赖关系和版本冲突。conda可以说是生信人自己的App商店(

RStudio无法加载需要的包

apple_63539188的博客

11-03

2565

RStudio无法加载包，且出现致命错误 R encounted a fatal error.

记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug，以及“GenomicFeatures”包

ACGTexplorer的博客

01-09

6608

平常遇到问题，经常会在CADN中找到解决方法，今天也把自己解决问题的方法的记录一下。安装代码如下： if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install(“ChIPpeakAnno”) BiocManager::install(“ChIPseeker”) 遇到的问题： #installation path not writable R, unabl

求助DESeq2安装问题

2301_76497647的博客

02-13

1860

求助DESeq2安装问题

[Rpackage]R无法安装包的终极解决方法，附详细步骤