Linux下常用的研发工具和环境

Ubuntu+Zotero:打造Linux科研文献高效阅读工作流 本文详细介绍了在Ubuntu系统上安装、配置Zotero文献管理软件,并利用核心插件打造高效科研文献工作流的完整方案。针对Linux用户常见的翻译与PDF管理痛点,重点讲解了zotero-pdf-translate划词翻译插件和ZotFile插件的安装与配置,实现了一站式的文献收集、翻译、阅读、整理与引用,助力科研人员在开源环境下提升文献阅读与管理效率。 阅读详情

      一、常用的编辑器:Vim、Emacs、gedit等;

  

      二、UML:

  目前最著名的UML工具有Rational Rose和Borland Together,但是以上两个都是商业版本。而StarUML确是款不错的开源UML工具。但以上三种UML工具都只能在Windows环境下运行。Linux下,目前常用的UML工具为UMbrello。

 

  三、集成开发环境:

  当前Linux上,已有两款优秀的集成开发环境KDevelop和Eclipse。Eclipse是目前最著名的一款开源集成开发环境。KDevelop目的是为KDE提供一个易用的集成开发环境(官网:www.kdevelop.org).

 

  四、源代码分析/查看/浏览工具:

  在当前的Linux环境中,最常用的两种源码分析工具为KScope和Source Navigator。

  其中Source Navigator功能最强,在代码导航方面甚至超过了Windows最著名的Source Insight,但由于长久没人维护的原因,常常无法再教训的Linux发行版上安装。而KScope则是Linux环境下较新的一个源代码分析工具,虽KScope对代码间的调用关系支持的仍然不够好,但已足以应付大多数工程。偶每次都忍不住向依然使用着Vim进行开发的朋友们和同事们推荐这一工具。经典不是我们因循守旧的理由,效率才是我们选择一款工具的最基本原则。

  KScope作为 CScope的前端,(官网:http://kscope.sourceforge)。需要说明的是,KScope是基于KDE桌面环境的工具,在安装KScope前,应保证你的Linux上已经安装了KDE和Qt的开发包,另外,KScope对CScope、Ctags和dot存在依赖关系,为了能够更好的发挥Kscope的功能,需要安装以上三个开发包。

  Source Insight适用于大型和要求严格的程序开发项目,它是一个革新的面向项目研发的程序编辑器和代码浏览器,协助一些全球最成功和最复杂的软件引用程序的研发。(官网:www.sourceinsight.com)

 

  五、差异比较(文本文件、文件夹、源代码等)

  当前可用的代码差异比较工具很多,在Windows下著名的代码差异比较工具有商业版的Beyond Compare和开源的winMerge,在Linux下著名的代码差异比较工具有kdiff3和Vimdiff。其中Beyond Compare和kdiff3最受研发人员的欢迎,Vimdiff较适合于文件间的快速比较。

  六、Qt工具:

  为了开发的方便,在Qt中,提供了Qt Designer、Qt Assistant、Qt Linguist和qmake等工具,分别针对不同的用途。其中Qt Designer是利用Qt组件设计或构建GUI的工具;Qt Assistant是个帮助文献性质的工具;Qt Linguist是为应用程序的本地化提供的图形界面工具;qmake是一个能够帮助简化跨平台的研发项目的编译过程的工具。

 

linux环境下常用的文件同步工具 rsync(remote synchronize)是Liunx/Unix下老牌远程数据同步工具。它可通过LAN/WAN快速同步多台主机间的文件和目录,并适当利用rsync算法(差分编码)以减少数据的传输。rsync算法并不是每一次都整份传输,而是只传输两个文件的不同部分,因此其传输速度相当快。除此之外,rsync可拷贝、显示目录属性,以及拷贝文件,并可选择性的压缩以及递归拷贝。 阅读详情

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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