我在托普的日子-风险金风波(一)

高杂合度基因组组装实战:Hifiasm参数调优与purge_dups过滤效果对比(附猪毛菜案例) 本文深入探讨了高杂合度基因组组装中Hifiasm参数调优与purge_dups过滤的实战效果对比,通过猪毛菜案例详细解析了两种方法的适用场景与优化策略。文章重点分析了purge_dups在contig过滤中的显著效果,为基因组组装提供了关键的技术参考。 阅读详情
  这一次的风波是我在托普见过的最强烈的一次底层程序员与公司的冲突。其实程序员的想象力和遇事处理的能力还是很差的,保护自己利益的意识也非常的差,在受到不公正待遇的时候,除了发牢骚,似乎什么都不会做。
  
  完成军训和企业文化培训之后,我就正式开始在托普工作了。
  
  最开始的时候,由于但是实验室还没有组建起来,没有自己的办公室,只能在研究院3楼的大办公室里面上班。HGH是我的顶头上司,和我同事的还有2位,也是刚进入托普的。那时有一个号称是国家863的项目,据称马上就要谈定,要交到我们项目组来实施。于是要求我们看项目说明书,并写出需求说明书来。那时候,我们3人没有人知道这是个什么项目,也不知道怎么开始写需求说明书。
  
  在费了几番周折以后,终于拿到了项目的意向合同书,于是开始一边研究项目说明书,一边天马行空的想象客户需求。每天的工作就是写文档,不停的写,写不出来就到处抄,一直抄到自己都看不懂自己写的什么东西。
  
  3月就在忙碌的写文档中过去,该到发工资的时间了。
  
  那天早上,我们到公司的时候,发现办公室的人少了,问旁边的人才知道,这些人去遇仙桥的领工资去了,大家正好都没有事情,于是就聊起工资的事情来了。这时候我才知道,托普的工资有风险金一说。所谓风险金:就是托普每月都要从员工的工资中固定扣掉一部分,每个季度按考核成绩返还。比如:你的考核成绩是100分,那么你就可以拿会100% ,如果你的考核成绩是90分,那么,对不起,你就只能拿回90%.风险金的比率我大概记得是30%到40%.
  
  谁都知道,在考核中,不可能有人拿到100分,所以,每个人的工资都会被或多或少的扣掉一部分。不过,既然已经来了,就只能接受这个规则。从这点来说,程序员真是很可怜,我可怜他们,也可怜自己。
  
  由于我们是新员工,很多规则都不懂,当时甚至不知道有风险金一说,面试的时候也没有任何人提起。和我们同一办公室的有两个项目组,其中一个当时正在用pb做内蒙古的一个政府项目,那些人都来了有2,3个月了。下午吃完午饭,大概1:30,就看到负责内蒙古项目的项目经理回来了,很沉默的收拾东西,拎上自己的包,转头就走了。当时我们并没有觉得异常,也没有去在意。
  
  托普在内部有个论坛,平时没事就喜欢去看看。在当时,托普内部员工上网是受限制的,并不是每个人都能上网,所以,内部论坛就成了大家交流的地方。下午当我上去的时候,就看到有人发帖,说这次估计要糟糕了,风险金估计拿不到了。然后又有其他人上来发帖,都是不好的消息,说什么什么人已经回来了,证实本季度的风险金被扣,拿不到了。财务的说要等到下个月才能拿,一时间论坛上议论纷起,不知道是真是假的消息在论坛上开始散布。
  
  我看得无趣,就没有再关注了,反正我还没有到扣钱的时候,还不用担心。于是,继续写文档去了。
  
  晚些时候,早上去领工资的那些人都回来了,一堆一堆的议论纷纷,话题只有一个:风险金这个月肯定是拿不到了。当时有激动的,有要找上级的,更多的,是无可奈何。规则是别人定的,他说给就给,你有什么办法?有本事你就别干了。
  
  一群人的议论大大的影响我写文档的心情,于是,打开IE,上内部论坛看看。不看则以,一看惊人!
【目标检测】IoU(交并比)详解及代码实现 1. IOU概述        IoU的全称为交并比(Intersection over Union),是目标检测中使用的一个概念,IoU计算的是“预测的边框”和“真实的边框”的交叠率-,即它们的交集和并集的比值。最理想情况是完全重叠,即比值为1。 2. IoU计算        IoU等于“预测的边框”和“真实的边框”之间交集和并集的比值。IoU计算如下图,B1为真实 阅读详情

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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foxfly
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