physionet软件安装

       这几天帮Doctor安装一个访问麻省理工学院MIT--HIT心电数据库的软件。由于这个软件是MIT以linux下开源软件形式提供的，因此有三种方法来用这个软件：一是在windows下安装cygwin，模拟unix的运行环境，再运行WAVE这个基于XView的linux软件；二是直接在linux系统下安装运行；三是自己在windows下用编程工具做个类似WAVE的软件，对MIT的网络数据库访问读取并识别心电图等数据库文件。

      第一种方法很好做，只要按照提示一步一步来就行了，但是第二种方法搞的时候确实遇到了难题，究其原因还是对linux不够熟悉造成的，一些基本的东西都不会。。。在这里把解决过程写下来，作为一次教训，也惟恐自己这两天学到的linux操作知识忘记，故记之。

       主要内容及安装方法参考www.physio.org，在这里要下载几个包，其中最重要的是WFDB.tar.gz，这里面有

• WFDB library: an API for access to PhysioBank
• WFDB applications: command-line tools for signal processing and automated analysis
• WAVE: software for viewing, annotation, and analysis of signals

• 这三样法宝，另外还要下载XView rpm包，因为WAVE这个软件是基于XView显示心电图的，另外还要用到的gcc，libcurl我的Red Hat9都自带了，所以就不用下了，按照步骤开始./configure，make，问题接踵而至，编译通不过，出现两个错误，信息显示的是wfdbio.c这个文件的第1100行里面有两个identifier未定义（找错方法！开始都不知道往Error信息上面看，晕~~）。于是就到解压后的包里找CURLLOPT_HTTPAUTH和CURAUTH_ANY这两个“identifier”，一看，原来这里是www_init程序里面的，才彻悟原来这个WAVE软件还是连网的，直接从网络数据库获取心电图，因此才用到了libcurl，百度之后才知道libcurl这个东东原来是个客户端url传输库，支持FTP，FTPS，TFTP，HTTP，HTTPS，GOPHER，TELNET，DICT，FILE和LDAP，跨平台，支持Windows，Unix，Linux等，线程安全，支持Ipv6。其间同学又试了一下，把用到这两个idendifier的语句屏蔽，再make，果然可以通过，也产生了wfdbio.o，虽然后面也有test failed，但是最后打开WAVE软件成功了，有界面显示了，但就是没心电图出来，原因还是因为那条语句是HTTP验证要用到的，没有那条语句也就没连上网啊。

     最后经过搜索，在usr/include/curl下找到curl.h这个头文件，发现里面确实没有那两个东东的宏定义，wfdbio.c里面的其他东西都有定义过。然后回到命令行输入curl --version才明白，原来我的red hat9的curl版本居然是7.9.8的，太落后了啊，physionet网站上提供的虽不是最新版本但也是7.14.0和7.15.3的了，晕~~down了7.14.0后，我先看了一下里面的curl.h这个文件，靠，有50多K大，而7.9.8的才20+K，而且里面果然有我所需要的CURLLOPT_HTTPAUTH和CURAUTH_ANY等东西，然后我把有这两个东西相关的语句（其实就是两个define）全部复制过去，再编译wfdb包，这下果然通过了，但结果还是WAVE连不上网，心想要么是改了curl7.9.8后还要make？要么是curl这个软件还有别的东东要升级啊，毕竟7.9.8太落后了，没时间去深究是哪个原因了，着手升级curl了。本想从网上搜一些关于curl的卸载与更新升级的教程，但搜了大半个晚上还是没搜到，只是得知curl这个RPM包在系统里面是与别的几个软件有关联的（用rpm -e命令卸载的时候有提示），那几个软件是php,ssl之类的东东，反正不懂，也不敢强行卸载了。于是就是直接安装下载的新版本的包了，./configure，make，make install一路下来之后本以为安装好了，但是curl --version一看还是7.9.8，晕~~~TNND，不管了，再去编译wfdb包，hoho~~~居然通过了，这说明新版本的curl还是起了作用了的，但就是报了一大堆错，看了一下都是一个错误：error while loading shared libraries:libcurl.so.3，之后网上搜了一下这个问题，把/usr/loacal/lib下的libcurl.so.3与libcurl.so.3.0.0复制到/usr/lib下面（这里面只有libcurl.so.2等等），这里还要说明一下：只复制libcurl.so.3是不行的。最后终于OK了，虽然搞不清楚curl怎么升级，但是现在WAVE终于可以用了。估计Fedore版本的linux不会出现这种问题，因为curl版本比较新。