6、跨物种识别人类和小鼠基因可变剪接模式的研究

跨物种识别人类和小鼠基因可变剪接模式的研究

1. 跨物种识别可变剪接模式的策略

采用双向策略并行识别人类和小鼠基因的可变剪接模式，具体步骤如下：
1. 同物种分析阶段
- 从LocusLink数据库获取每个基因的RefSeq序列、对应基因组区域序列和UniGene簇。
- 使用sim4将UniGene簇中的转录本（包括EST和Genbank mRNA序列）与基因组序列进行比对。
- 通过TAP处理基因组比对结果，并聚类成共识剪接模式，与参考基因结构互斥的模式被识别为可变剪接模式。
2. 跨物种分析阶段
- 使用est2genome将一个物种的共识序列与直系同源基因组模板进行比对。
- 进行TAP分析，从“跨物种”转录本比对数据中识别可变剪接模式。此步骤与同物种分析的TAP处理类似，但将筛选低质量比对的同一性百分比要求从92%降至70%。

下面是该策略的流程图：

graph LR
    classDef process fill:#E5F6FF,stroke:#73A6FF,stroke-width:2px;

    A(同物种分析阶段):::process --> B(获取基因数据):::process
    B --> C(转录本与基因组比对):::process
    C --> D(生成共识剪接模式):::process
    D --> E(识别可变剪接模式):::process
    A --> F(跨物种分析阶段):::