Mimic-III 数据库挖掘尝试——连续性肾脏替代治疗(CRRT)

本文介绍了作者使用Mimic-III数据库进行连续性肾脏替代治疗(CRRT)数据分析的过程,包括从本地电脑搭建系统、编写SQL查询到创建自动化数据提取工具,以及展示CRRT与病人存活率的关系。作者分享了开发的系统《打勾就能选到你要的Mimic数据》,并公开了系统的开源地址。

Mimic-III 数据库挖掘探索——连续性肾脏替代治疗(CRRT)

前言

上个月建库成功,至今一个月过去了。

因为没有服务器,在本地电脑反复建了几次,linux系统/windows系统一应俱全[苦涩]。原始库和衍生库都建好了,数据基本备齐。

库建好了之后,又开始捡起之前的sql句子,开始库里面内容的探索。。。100多G的数据,不知道算不算大。。。

记得,六七年前跟随咨询团队去良品进行零售数据分析时用过了SAS的SQL句子,现在都1202年了,SAS也都出免费版了,良品也都上市了。而我还在苦逼的码代码,进行大数据挖掘。。。一边吃着良品的零食[苦涩]。从零售数据到医疗数据,也算是回归本业了,没想到那时学的一招半式还能派上用场。

数据分析的大概步骤

处理mimic库数据的过程大概步骤是:

  1. 根据你的想法,挑选对应的病人(ICU病人)集合;
  2. 根据你的想法,确定你要分析的X(自变量,指标)~Y(因变量,结局);
  3. 手动写SQL句子,获取对应病人集合的一个个Y数据;
  4. 对X~Y进行相应的分析。

打勾就能导出数据的系统搭建

前面的第一二点,就是立题啦,就是你睡不着的时候突然冒出来的想法。

第三点:重复性的查询数据,比如:要获取病人的性别

-- get the basic info of patients
drop table if exists crrt
### 下载和安装 MIMIC-III 数据库的步骤 要下载和安装 MIMIC-III 数据库,可以按照以下步骤进行操作: 1. **访问 MIMIC-III 数据库下载页面** 首先,访问 [MIMIC-III 数据库的官方网站](https://mimic.physionet.org/),并点击进入数据库下载页面。在页面的右上角,使用你申请成功的账号登录。 2. **下载 MIMIC-III 数据集** 登录后,向下滚动页面至底部,找到 `MIMIC-III Clinical Database v1.4` 的下载选项。点击 "Download the ZIP file" 按钮,开始下载数据集的压缩文件。 3. **下载 MIMIC-III 数据库安装脚本** 在下载完数据集后,需要获取用于安装和处理数据库的脚本。这些脚本可以从 GitHub 上的 MIMIC-III 项目页面获取。访问 [MIMIC-III GitHub 页面](https://github.com/MIT-LCP/mimic-code),并克隆仓库或下载所需的脚本文件。 4. **安装 MIMIC-III 数据库** 下载完数据集和安装脚本后,可以使用 SQL 工具(如 PostgreSQL)导入数据MIMIC-III 数据集包含多个表和文件,需要按照脚本的说明逐步导入。确保在导入过程中正确设置数据库架构和数据表结构。 5. **验证数据完整性** 数据导入完成后,建议运行一些测试查询以验证数据是否正确导入。例如,可以通过查询 `PATIENTS` 表来检查是否有患者记录,或者通过查询 `ICD9_CODE` 表来确认诊断代码是否完整。 ### 示例代码:验证 MIMIC-III 数据库的查询 以下是一个简单的 SQL 查询示例,用于验证 MIMIC-III 数据库是否正确导入: ```sql -- 查询 PATIENTS 表中的前 5 条记录 SELECT * FROM PATIENTS LIMIT 5; -- 查询 ICD9_CODE 表中的前 5 条记录 SELECT * FROM ICD9_CODE LIMIT 5; ``` ### 注意事项 - 在下载和安装过程中,确保网络连接稳定,以免中断下载。 - 如果遇到权限问题,确保你使用的账号具有足够的权限来访问和下载数据- 安装过程中,建议参考 MIMIC-III 官方文档和 GitHub 仓库中的说明,以确保正确配置数据库环境。 ###
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