python网络药理学

最新推荐文章于 2024-09-13 17:27:19 发布
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一 什么是网络药理学

1.1 网络药理学的定义

 网络药理学是基于系统生物学的理论，对生物系统的网络分析，选取特定信号节点（Nodes）进行多靶点药物分子设计的新学科。网络药理学强调对信号通路的多途径调节，提高药物的治疗效果，降低毒副作用，从而提高新药临床试验的成功率，节省药物的研发费用。

1.2 网络药理学的应用

网络药理学能够整体地分析中药复方“多成分”的作用机制，也能独立呈现某种特定疾病相关的“活性成分-靶点-通路”，其系统性、整体性的特点与中医中药整体观、辨证论治的原则相吻合，能有效地推动中药复方的深入研究，揭示中药药效物质基础。

二 网络药理学的数据库

网络药理学的数据库成百上千种，但是我们只需要学会其中的一部分即可

 1 PubChem

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

2 DGIdb

http://dgidb.org/

3 DrugBank

https://go.drugbank.com/drugs/

4 ChEMBL

https://www.ebi.ac.uk/chembl/

5 CTD

https://ctdbase.org

6 TCMSP

Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform

7 ETCM

http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php

8 TCMID

http://119.3.41.228:8000/tcmid

9 SymMap

https://www.symmap.org/

10 BATMAN-TCM

http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/

三 为什么用python

1 python可以做数据采集，在使用数据库时不用人工操作，省时省力
2 一般网络药理学之后还需要分子对接，分子对接的pymol就是python语言的第三方库

2024-中药网络药理学-教程(全网最牛逼)
itwangyang520的博客
04-17 3261
我这里研究的是胶质母细胞瘤(GBM)，glioblastoma ，输入进去，然后就会得到对应的数据。然后我们去写代码，写python代码，把上面所有的中药.json转换为_targets.txt的文件。复制好后我们要去，这个网址上去处理json代码：https://www.json.cn/因为这里复制了，有很多基因在一行，需要处理，需要处理到每一行换行，所以这里需要代码操作。然后就会的到一个新的处理好的，Disease.txt文件，这里的文件，是覆盖重写的。然后我们就要开始运行代码，比如说我们要。
网络药理学
qq_40157795的博客
04-12 3329
融合系统生物学、生物信息学、网络科学等学科，从系统层次和生物网络的整体角度出发，解析药物与治疗对象之间的分子关联，揭示药物的系统性药理机制，从而指导新药研发和临床诊疗，是人工智能和大数据时代药物系统性研究的新兴原创学科。《网络药理学评价方法指南》
TCMSP中药网络药理学资料（视频+代码）
01-07
TCMSP中药网络药理学资料，包括视频、代码和课程课件的pdf，视频地址在压缩包的txt文件里。
2021网络药理学研究的免费数据库、在线平台与软件工具汇总整理介绍
leroylee7的博客
02-19 3215
网络药理学是基于系统生物学的理论，用生物信息学和网络分析方法对生物系统进行分析，从系统水平研究药物作用机制、进行多靶点药物分子设计的新兴交叉学科。中药网络药理学从系统的角度和分子水平研究中药方剂的治疗机理。多年来，相关领域的研究开发了许多数据库和工具，对中药网络药理学的研究具有重要意义。 中药网络药理学要解决的一个核心问题是，如何在疾病相关网络的背景下，评价中药的多成分、多靶点的协同作用。根据中药方剂成分复杂、靶点不清、以全面调节的方式干预复杂疾病的特点，研究者们提出了一些中药网络药理学的研究路线，.
中医药网络药理学研究
weixin_44445027的博客
01-22 3964
网络药理学作为中医药研究领域的前沿和热点之一，主要建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上，围绕生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示。开启了一种多靶标与多种疾病间复杂网状关系的新研究模式。 中药复方与网络药理学 中药复方由多味药组成，所含化学成分复杂、药理作用具有多靶点、多途径、多层次的特点，致使中药复方药理研究往往遇到中药物质基础不清、作用机制不明、研究基础与临床应用脱节等问题。而网络药理学讲究整体性、系统性、相互作用，所以网络药理
网络药理学：5、零基础复现一篇生信文章：预测成分靶点+转化靶点为基因名+取靶点交集做韦恩图、PharmMapper、SwissTargetPrediction+UniProt数据库使用教程
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09-13 9760
然后我们依次将前面步骤得到的中药活性成分都重复如上步骤，得到各个成分的潜在靶点，汇总并去重，范围一般是几十到几百个。列代表着作用在该靶点上的可能性，我们一般根据这个由大到小排列，然后选取结果集的前5/10/15/20个。是靶点的通用名，也就是常用的基因名，一般我们只要这一列（有时候前三列都有点作用）。结构渲染出来，确认下是否是我们想要的活性成分的结构。，即任务ID，我们需要保存好它，然后去到。要注意的是，如果我们的论文里面使用了。是人类种的意思，一般不需要更改。网站首页如下，我们主要关注的是。
基于Python和网络药理学对侯爱画辨治乳腺癌之用药规律的探析.pdf
最新发布
09-02
内容概要：本文基于Python数据挖掘与网络药理学方法，系统分析了侯爱画教授治疗乳腺癌的用药规律及核心药对的作用机制。研究共纳入192例患者、216首处方，涉及中药293味。通过频次统计与关联规则分析，发现高频药物...
网络药理学讲解视频（主要是用程序做靶点分析等）
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网络药理学是一门结合了生物学、药理学与计算机科学的交叉学科，它利用网络科学的方法来研究药物与生物分子间的相互作用，以及这些相互作用如何影响疾病的发生和发展。在本套视频教程中，主要关注的是通过编程技术...
网络药理学计算机专业,网络药理学的研究进展和发展前景
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06-21 1632
摘要：与传统药理学的最大区别在于,网络药理学紧紧围绕系统生物学,生物网络构建和分析,连接性,冗余性和多效性等进行药物有效性,毒性,代谢特性的揭示,是建立在高通量组学数据分析,计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上的生物信息网络构建及网络拓扑结构分析策略和技术基础上的科学思想和研究策略.以系统生物学和网络生物学基本理论为基础的网络药理学具有整体性,系统性的特点,注重网络平衡(或鲁棒性)和网络扰动,强调...
网络药理学：4、零基础复现一篇生信文章：筛选药物成分+获得成分相关信息（下载mol2/SDF格式文件、SMILES序列号）+TCMSP、HERB、SwissADME、Pubchem使用教程
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09-06 8761
String。
perl脚本实例，处理文本，文件，可供学习参考
03-17
perl处理文本文件，学习参考用。比较简单。初学perl可以参考。
pharmpy：用于药理学的库和CLI
02-26
药理学 Pharmpy是用于药理学的库。 在R中，可以通过网状结构或通过其内置的命令行界面将其用作常规python程序包。 Pharmpy的架构使其能够处理不同类型的模型格式和数据格式，并公开了与模型无关的API。 当前功能： 解析NONMEM模型文件的许多部分 解析NONMEM结果文件 CLI支持数据集过滤，重采样，匿名化和查看 Pharmpy由Uppsala University Pharmacometrics集团开发。 安装 从PyPI安装最新的稳定版本： pip install pharmpy-core # or 'pip3 install' if that is your default python3 pip Python范例 >>> from pharmpy import Model >>> model = Model( " run1.mod " ) >>>
2024-中药网络药理学研究的免费数据库、在线平台与软件工具介绍
itwangyang520的博客
04-16 6242
中药网络药理学要解决的一个核心问题是，如何在疾病相关网络的背景下，评价中药的多成分、多靶点的协同作用。根据中药方剂成分复杂、靶点不清、以全面调节的方式干预复杂疾病的特点，研究者们提出了一些中药网络药理学的研究路线，如图1就是一个典型的中药复方研究的网络药理学路线图。这个路线图包括数据获取和网络分析两大部分。需要获取的数据包括中药方剂的有效活性成分、活性化合物的靶点和疾病相关基因等。基于这些数据，构建和分析疾病相关网络、药物影响网络，识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程，能帮助我们阐明中药方剂的作用机制。
网络药理学：1、靶点定义、网药的由来与分子网络的定义、为什么分子=靶点=蛋白=基因、为什么【药物-靶点相互作用】=【分子间相互作用】=【蛋白间相互作用】、为什么需要分子对接和分子动力学模拟。
shanshan的博客
09-10 5942
当药物进入生物体时，往往存在着一个瀑布效应。举例：1级是药物成分，2级是成分作用的靶点（在这靶点不再是网药中的狭隘的定义，而是广义的定义），3级是靶点调控的分子。更具体点来说，以槲皮素为例，1级是槲皮素这个成分，2级是Nrf2 信号通路（槲皮素常作用的位置），3级是超氧化物歧化酶（又称SOD，是通路中槲皮素具体作用的受体蛋白，或者说分子）。一个药物之所以能治病，就是因为在人体内有着如上的1级、2级、3级这样层层传递的瀑布效应，最终具体落到的是分子层面或者说蛋白层面。
网络药理学的操作方法（以中药为例）·1
fishscale_memory的博客
02-12 6861
完事开头难，开头第一步最容易迷茫，有可能你是为了参加生科竞赛，又或者是发表文章但是第一步就是确定好自己的方向，尽可能去读读文献看看现阶段别人的研究成果，到现在为止单纯的网络药理学已经不好发文章了，需要补充分子对接和线下实验的验证。筛选出来的活性成分保存到excel表，所对应流程图的收集重要的活性成分和靶点就到这一步。推荐使用python爬虫自动化采集，省时省力！在TCMSP中搜索相关的中药可以得到相关的活性成分和对应靶点。到此TCMSP找到活性成分对应靶点的步骤就完成了。右侧的筛选条件可参考我以前的笔记。
网络药理学：3、网药全流程：筛选疾病靶点之GeneCards、OMIM、TTD数据库使用教程
shanshan的博客
07-25 1万+
从本篇博客之后的几篇博客，都是走一遍 单药 对 单疾病 的网药流程+分子对接+分子动力学模拟。
python计算机毕设【附源码】药剂科药品信息管理系统（django+mysql+论文）
加木计算机毕设程序
04-18 1156
在数据库管理工具的选择上，使用了Navicat 11，这是一个用户友好且功能强大的数据库管理软件，它支持多种数据库系统，包括MySQL，并提供了图形化界面，使得数据库的管理和维护工作更加便捷。开发环境方面，我们选择了PyCharm作为主要的集成开发环境（IDE），它提供了丰富的Python开发工具和插件，支持Django框架，有助于提高开发效率和代码质量。方便药品信息的统计和分析：通过药品信息管理系统，可以方便地对药品信息进行统计和分析，为药品的采购、存储、分发等决策提供数据支持。
生物信息学常用数据库
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07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
网络药理学python
01-25
### 关于网络药理学中使用Python的相关资源 对于从事网络药理学的研究人员来说，掌握Python及其相关库可以极大地提高工作效率并实现复杂的数据处理与分析。以下是几个重要的方向和工具： #### 教程推荐 1. **NetworkX 库入门** NetworkX 是一个用于创建、操作和研究复杂网络结构的Python库。通过学习此库的基础知识，能够帮助理解药物靶点之间的相互作用关系[^3]。 2. **PyBioMed 工具包** PyBioMed 提供了一系列生物医学计算功能，其中包括分子描述符计算等功能模块，非常适合在网络药理学项目中应用。官方文档提供了详细的安装指南及实例说明[^4]。 #### 实际案例分享 - **构建中药活性成分预测模型** 利用机器学习算法结合化学信息学方法，在Python环境下实现了针对特定疾病的有效物质筛选流程。该案例展示了如何整合多种异源数据库，并采用随机森林等分类器完成最终建模任务[^5]。 #### 开发环境搭建建议 为了更好地开展上述工作，强烈建议使用Jupyter Notebook作为主要编程界面。它不仅支持实时预览代码执行效果，还便于记录整个科研探索过程中的每一步骤，特别适合教学演示或团队协作场景下的交流沟通[^1]。 ```python import networkx as nx G = nx.Graph() edges = [('drugA', 'targetB'), ('drugC', 'targetD')] G.add_edges_from(edges) print(f"The number of nodes is {len(G.nodes)}") ```
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