7、MABSys：生物系统的建模与分析-优快云博客

MABSys：生物系统的建模与分析

1. 引言

MABSys 软件包是使用 Maple 计算机代数软件设计和开发的，旨在帮助生物学家和生物信息学家分析由常微分方程（ODE）建模的生物系统，这些系统通常具有中等规模（约二十个坐标）。数学模型对于理解生物系统至关重要，它们能够描述模型的定性动态，弥补直觉的不足。而且，MABSys 的设计考虑到了非数学专业用户，其基于代数消除、李对称等算法的使用无需任何数学知识。

MABSys 主要包含三个部分：通过 ODE 对生化反应网络进行建模、对这些动态系统进行精确的符号简化以及用于获取模型行为信息的定性分析工具。其主要结构如下所示：

graph LR
    classDef process fill:#E5F6FF,stroke:#73A6FF,stroke-width:2px;
    A[生化反应网络]:::process --> B(速率定律):::process
    A --> C(QSSA):::process
    B --> D(非线性 ODEs):::process
    C --> D
    D --> E(精确符号简化):::process
    E --> F(约化):::process
    E --> G(半整流):::process
    D --> H(定性分析工具):::process
    F --> I(信息):::process
    G --> I
    H --> I

2. 相关工作

目前有