10、甘蔗转录组中早期结瘤素的鉴定与表达分析

甘蔗转录组中早期结瘤素的鉴定与表达分析

1. 研究方法与流程

在本次研究中，使用了来自豆科植物的NIN、ENOD8、NORK、CCS52A、ENOD40、DMI3和Annexin的种子序列进行注释。具体流程如下：
1. 利用这些种子序列在SUCEST数据库中鉴定甘蔗候选序列。
2. 确认这些候选序列的身份。
3. 对序列进行特征描述。
4. 进行差异表达谱分析。
5. 开展系统发育分析。

在比对过程中处理空位，生成一个截断值为50（即更简约树的50%）的共识树。

2. 甘蔗直系同源基因的鉴定

在SUCEST数据库中鉴定出了129个候选簇（来自1476个读段），e值范围从0.0到e - 10。以下是各基因的具体情况：
| 基因 | 鉴定簇数量 | e值范围 | 特征描述 | 相似物种 |
| — | — | — | — | — |
| Annexin | 9 | 高达4e - 83 | 两个簇中发现搜索的Annexin结构域，结构保守 | 单子叶植物（玉米、水稻）和双子叶植物（拟南芥、鹰嘴豆） |
| DMI3 | 25 | 8e - 65到e - 10 | 7个簇具有完整的S TKc结构域 | 单子叶植物（玉米、水稻）和双子叶植物（葫芦科、蔷薇科、豆科、十字花科） |
| CCS52A | 12 | 2e - 130到3e - 11 | 三个甘蔗近缘种中发现WD40保守结构域 | 水稻、日本百脉根、拟南芥 |
| NIN | 5 | 7e - 147到8e - 23 | 两个簇具有完整的RWP - RK结构域，一个不完整，两个无结构域 | 水稻、日本百脉根 |