使用AnnotationHub报错

原创已于 2024-01-05 09:50:33 修改 · 5.2k 阅读

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于 2024-01-04 15:06:11 首次发布

本文讲述了在遇到CannotconnecttoAnnotationHubserver错误时，如何在RStudio中更新R和RStudio版本，以及如何设置和使用AnnotationHub进行orgDb的安装和clusterProfiler富集分析的过程。

出现以下报错：

Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Using 'localHub=TRUE' If offline, please also see BiocManager vignette section on offline use...

更新一下我的R

这一步R是推荐在rgui里面操作，然后修改一下rstudio里面的路径

install.packages('installr')

library(installr)

updateR()

修改方法：打开Rstudio，点击工具栏中Tools—Global Options，点击Change；修改最新版本就可以了

2023-02-14|R|如何更新R及R.studio版本？ - 简书

再重新安装BiocManager

#如果提示版本不符合当前R包，可以根据提示更新到与R相应的版本，例如，

BiocManager::install(version="3.18")

我关闭重启了一下rstudio，可能不是必须的

启用AnnotationHUB

library(AnnotationHub)

#proxy <- httr::use_proxy("http://my_user:my_password@myproxy:8080")
## or
proxy <- httr::use_proxy(Sys.getenv('http_proxy'))
httr::set_config(proxy)
AnnotationHub::setAnnotationHubOption("PROXY", proxy)

hub <- AnnotationHub()