Git：科学写作中的版本控制Version control in Scientific writing

ethmery — Sun, 16 Jan 2022 11:36:08 +0800

概述此部分讨论科学写作中的版本控制问题。思路除非涉及到极大的文件（~GB），否则所有科学写作材料均放在同一个文件夹中 (pack and go) 在任意时刻，同一文件仅有一个版本在文件夹中节省存储空间避免出现名字冗长而根本不知所云的文件副本牢记版本控制的基本单位是文件群，而不是单个文件将文件夹作为版本库，使用版本控制工具进行管理通过切换文件夹版本，实现切换文件版本的任务流程下载安装Git 打开Git Bash 设置科学写作文件夹为工作区使用pwd、cd、ls命令跳转到目

Git：撤销文件修改，文件误删与文件恢复

ethmery — Thu, 08 Jul 2021 17:25:51 +0800

撤销文件修改 git checkout -- ：版本内撤销文件修改分3种情况讨论文件目前仅在工作区，不在暂存区，该命令将使文件退回目前HEAD指针指向的版本对应的文件状态文件已通过git add 添加到暂存区，该命令将使文件退回其刚刚添加到暂存区后的状态若文件已通过git commit -m 提交为一个版本，则必须通过git reset --hard [[Git学习笔记#版本回退|回退

Git：日志与版本检查，标签，版本回退

ethmery — Tue, 06 Jul 2021 14:55:46 +0800

检查日志及不同版本快照 git log：检查版本库日志，每一条形如下；按Q可退出 commit (HEAD->master) Author: Date: commit Author: Date:

Git：基本概念，安装与提交文件

ethmery — Tue, 06 Jul 2021 14:54:55 +0800

安装 Git安装：从官方网站上下载安装，使用默认选项即可设置此机器的用户名和邮箱 $ git config --global user.name "Your Name" $ git config --global user.email "email@example.com" 创建版本库创建版本库所在文件夹选择合适的地址创建一个文件夹作为版本库语法和Linux一样，mkdir是新建文件夹，cd是进入特定文件夹，pwd是呈现当前地址，ls是列举当前文件夹下所有对象，不赘述 Git仓库 (

R语言笔记-帮助文档-ggplot函数

ethmery — Mon, 18 Jan 2021 18:33:59 +0800

文章目录描述基本语法``data````mapping````environment``细节描述该函数定义了一个ggplot对象。包含两层基本内容：源数据源数据中各项指标到图形特征的映射（美学元素aesthetics）在ggplot中定义的美学元素将会应用于后续所有叠加于其上的图层中，除非图层中特别声明并进行覆盖基本语法 ggplot( data=NULL, mapping=aes(), ..., environment=parent.frame() ) data 声明了

R语言笔记-ggplot2-用于计数的条形图

ethmery — Fri, 15 Jan 2021 16:26:21 +0800

文章目录基础条形图：``geom_bar``条形高度表示计数：``stat="count"``条形高度表示特定函数值：``stat="identity"``复合条形图堆叠计数条形图：``fill=堆叠分类变量``分立计数条形图：``position="dodge"``堆叠比例条形图：``position="fill"`` 基础条形图：geom_bar 条形高度表示计数：stat="count" geom_bar()的参数stat声明了条形高度的含义。 stat="count"，高度表示计数，默认配置，无需特

R语言笔记-日期和时间数据

ethmery — Wed, 13 Jan 2021 21:22:57 +0800

文章目录日期和时间类POSIXct和POSIXlt类Date类日期和字符串的相互转换字符串转为日期：``strptime()``日期的格式化：``strftime()``日期和时间数据的运算加数值求两个日期/时间之间的差值：``difftime()``生成规律时间序列：``seq()`` 日期和时间类 POSIXct和POSIXlt类 POSIXct：存储了以世界标准时 (UTC)为准的从1970年开始计时的秒数计数返回当前日期和时间：Sys.time() POSIXct：适用于存储和计算时间 POSI

R语言笔记-ggplot2-散点图和拟合曲线图

ethmery — Wed, 13 Jan 2021 20:22:39 +0800

文章目录概述散点图：``geom_point()``简单散点图带分组的散点图声明≥3个连续变量特征的散点图拟合曲线图：``geom_smooth()``同时呈现分组散点图与整体拟合图：``stat_smooth()``根据分类变量取值分别作图：``facet_grid()`` 概述 ggplot函数 data：定义待可视化的源数据 mapping：定义数据到图形的映射 aes：美学元素，定义图形的呈现细节 geom开头的一系列函数：指定图形元素主题 (theme)：主题提供了一套绘图风格，在

postgreSQL笔记-语句速查（自用）

ethmery — Fri, 25 Dec 2020 16:36:33 +0800

文章目录说明参考材料数据库、表格、数据的建立、删除、修改数据库表格行（数据/个案）列（字段）索引约束个案选取：``SELECT``多表查询：``JOIN``视图：``VIEW``日期和时间数据空值：``NULL`` 说明从大型数据库提取数据并进行分析是非常具体的工作。考虑到同时进行的临床及其他科研工作的繁重性，顺序遍历教程（即便入门教程）并手打、测试所有代码，既无必要，也耗时间。因此建立该速查，仅用于极为扼要地记录语句用途、应用时的重要说明。参考材料 W3school sql教程数据库、表格

postgreSQL笔记-约束

ethmery — Tue, 15 Dec 2020 23:36:31 +0800

文章目录概述``NOT NULL`` 概述约束 (constraints)：对加入表的数据特征的某些限定。约束既可以在创建数据表时声明 (CREATE TABLE)，也可在创建之后予以声明 (ALTER TABLE)。 NOT NULL 代表该字段不接受空值。如果不对该字段赋值，则无法插入/更新记录。 ...

postgreSQL笔记-创建数据库，创建表格，插入、更改与删除数据

ethmery — Tue, 15 Dec 2020 18:07:36 +0800

文章目录创建数据库：``CREATE DATABASE``创建数据表：``CREATE TABLE``数据类型插入数据：``INSERT ... INTO``示例更改数据：``UPDATE``删除数据删除符合特定条件数据：``DELETE FROM ... WHERE ...``清空表格内容：``DELETE * FROM ...`` 创建数据库：CREATE DATABASE 语法：CREATE DATABASE 数据库名; 创建数据表：CREATE TABLE 语法： CREATE TABLE 数据表名

postgreSQL笔记-JOIN

ethmery — Tue, 15 Dec 2020 16:39:34 +0800

文章目录概述提取交集：``INNER JOIN``其他几种提取方式对``LEFT/RIGHT JOIN``的理解概述 JOIN语句用于从不同表中通过公共的列提取数据。将该特殊的公共列称为公共键。提取交集：INNER JOIN 表1 INNER JOIN 表2：代表提取表1、表2中公共键均有取值的所有个案。语法： SELECT 表1.欲提取的列1,表1.欲提取的列2,... 表2.欲提取的列1,表2.欲提取的列2,... FROM 表1 INNER JOIN 表2 ON 表1.公共键名=表2.公共键名

postgreSQL笔记-SELECT

ethmery — Tue, 01 Dec 2020 09:56:10 +0800

文章目录选取所有内容选取特定列选取所有内容 SELECT * FROM 表名选取特定列 SELECT 列名 FROM 表名如果存在多个列，列之间以,隔开。

MIMIC探索-抽取患者的处方信息

ethmery — Mon, 02 Nov 2020 23:07:10 +0800

文章目录``prescriptions``表介绍 prescriptions表介绍该表涵盖了患者住院、住ICU期间处方的信息。重要字段有： row_id, subject_id, hadm_id, icustay_id：标识符，分别为行标识、患者标识、住院标识、住ICU标识 startdate, enddate：开始和结束使用药物的时间 drug_type, drug：药物类型和药物名称 ...

NACCTBI数据分析日志：2020-10-27

ethmery — Tue, 27 Oct 2020 21:41:52 +0800

将3个sheet进行重命名：clin, T1, ACBR T1$has_clinical<-在T1中反查是否有clin中的NACCID，是1否0 =IF(COUNTIF(TBI_clinical_data!$A$2:$A$1428,A2)>0,1,0) T1中819行均为1 T1$MRI_name_2<-将MRI_name中的.zip去掉 =LEFT(C2,LEN(C2)-4) 如此与ACBR*中名称保持一致便于检索 ACBR*$has_T1<-在ACBR*中反查是否有

R语言笔记-变量间相关性评价

ethmery — Fri, 23 Oct 2020 23:23:08 +0800

文章目录连续变量间相关性计算Pearson、Spearman、Kendall相关系数：``cor(,method="")``相关系数的假设检验与置信区间检验一个相关系数：``cor.test()``检验相关矩阵下的所有相关系数：``corr.test()``偏相关：``pcor()``与``pcor.test()``分类变量间相关性独立分类变量相关性：``assocstats()``配对列联表相关性（一致性）：``kap()`` 示例数据：MASS包中的birthwt数据集。首先将数据集中的分类变量因子

R语言笔记-用tableStack汇总双变量分析结果

ethmery — Thu, 22 Oct 2020 22:25:29 +0800

文章目录预处理``tableStack()``用法以紧凑形式呈现：``name.test=FALSE``呈现所有变量的基本信息：``by="none"``呈现多分类变量水平下的结果将输出结果导出到csv文件示例数据：MASS包中的birthwt数据集。预处理将分类变量因子化，具体参考这里为每个变量设置标签：语法为attr(数据框名,"var.labels")<-c(按变量顺序排列的标签名) > attr(birthwt,"var.labels")<-c("low birth w

R语言笔记-连续型变量组间差异比较

ethmery — Thu, 22 Oct 2020 21:50:31 +0800

文章目录独立样本t检验方差齐性检验（两组）：``var.test()``独立样本t检验：``t.test()``非独立样本t检验单因素方差分析 (ANOVA)正态性检验：``tapply(,shapiro.test)``方差齐性检验（多组）Bartlett检验：``bartlett.test()``Levene检验：``leveneTest()``建立单因素ANOVA模型：``aov()``事后检验TukeyHSD检验：``TukeyHSD()``其他校正方法：``pairwise.t.test()``

R语言笔记-分类变量列联表和独立性检验

ethmery — Wed, 21 Oct 2020 22:06:46 +0800

文章目录频数表与列联表的生成一维频数表二维列联表多维列联表独立性检验χ2\chi^2χ2检验相对危险度 (relative risk, RR)与比值比 (odds ratio, OR)分层情形下的独立性检验：Mantel-Haenszel检验配对列联表的一致性检验：McNemar检验示例数据：MASS包中的birthwt数据集。首先将数据集中的分类变量因子化，具体参考这里。频数表与列联表的生成一维频数表仅展现1个分类变量频数统计语法：table(数据框名$变量名) > table(bi

R语言笔记-数值型变量的描述统计

ethmery — Wed, 21 Oct 2020 16:55:11 +0800

文章目录不分亚组的描述统计使用向量操作计算单个变量的描述统计量计算汇总了多个变量的数据框的描述统计量：``sapply()````psych``包：``describe()``分亚组的描述统计``aggregate()````epiDisplay``包：``summ()````psych``包：``describeBy()`` 不分亚组的描述统计以MASS包中的数据集birthwt为示例。使用向量操作计算单个变量的描述统计量单个变量统计函数计算的基本语法：统计函数(数据框$变量名) 关于基本统计函数

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