生信分析—R语言报错

使用R语言进行gsva分析是遇到报错，如何解决？

运行gsva代码后提示报错，如下：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘gsva’ for signature ‘"data.frame", "list"’

说明输入的数据类型是“data.frame”和"list"，而gsva函数要求输入的是"matrix array”和"list"，数据格式不正确出现报错。

解决方法如下：

exp.anno.z3 <- as.matrix(exp.anno.z2)
kegg2 <- gsva(exp.anno.z3, h.kegg_list, kcdf="Gaussian",method = "gsva")

运行后显示

kegg2 <- gsva(exp.anno.z4, h.kegg_list, kcdf="Gaussian",method = "gsva")
Estimating GSVA scores for 186 gene sets.
Estimating ECDFs with Gaussian kernels
  |======================================| 100%

100%进度条提示gsva分析完成。