20、EBOCA与知识图谱中的因果规则挖掘

EBOCA与知识图谱中的因果规则挖掘

1. EBOCA简介

EBOCA是一个用于建模生物医学概念关联的证据和出处的本体，它由两个模块组成：
- EBOCA SEM - DISNET ：处理生物医学概念及其关联。
- EBOCA Evidences ：提供关联的证据、出处和元数据信息。

2. 药物 - 表型关联

在EBOCA SEM - DISNET中，药物（cco:Drug）和表型（Phenotype）之间通过三种关联类建立联系，这些关联类与交互的可能因果关系有关：
- 适应症（Indication） ：复用自ChEMBL类cco:DrugIndication，指药物的批准用途。
- 副作用（Side effect） ：指药物治疗导致患者表型变化的不良症状关联，数据来自SNOMED CT数据库（sct:662014003）。
- 药物 - 药物相互作用（Drug - drug interaction, DDI） ：复用类sio:SIO 001006来建模这些相互作用。DISNET中DDI的主要数据来源是DrugBank，但不允许重新分发，不过DISNET也包含TWOSIDES信息，该信息提供了DDI可能导致的潜在不良副作用。

下面是一个简单的表格总结这些关联：
| 关联类型 | 描述 | 数据来源 |
| ---- | ---- | ---- |
| 适应症 | 药物的批准用途 | ChEM