Three.js中加载PDB格式化学分子结构文件

最新推荐文章于 2025-03-08 15:52:37 发布

dwenzhao

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本文介绍了如何利用WebGL库three.js加载PDB格式文件，展示化学分子的立体结构。PDB是蛋白质数据库的格式，用于描述生物大分子和小分子的结构。three.js提供了PDBLoader来解析文件中的原子类型和坐标，但需要注意文件的规范性和完整性，包括ATOM/HETATM标识、原子类型、坐标以及CONNECT部分的化学键信息。正确解析PDB文件后，three.js能创建3D模型并通过浏览器展示。

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WebGL的three.js库，可以加载pdb文件，以显示化学分子的立体结构。那么什么是PDB格式哪？

PDB是Protein Data Bank的缩写，原意为“蛋白质数据库”，是一种描述生物大分子的数据格式。其实，PDB也可以描述一些小分子，比如水分子、甲烷等，可以通过读取这种分子的PDB文件使用3D方式显示出来，使分子结构更直观和容易理解。比如，three.js库中就有读取PDB文件的库，把其中描述的分子结构中的原子及化学键使用球体和杆来表示，在浏览器中显示一个立体模型。

不过，网上现成的常见分子的PDB文件比较少，曾经搜到一个网站，但下载的文件很多并不能正常加载和显示，更多的是只有分离的原子，而不能显示化学键。后来，找到一些资料，发现主要是PDB文件不够规范或不够完整，所以加载时出现问题。所以首先要搞清楚PDB文件的格式。下面是很简单的一种--水分子的PDB文件：

ATOM 1 O OSP3 1 2.013 0.831 0.000 1.00 0.00 
ATOM 2 H OSP3 1 2.941 0.844 0.246 1.00 0.00 
ATOM 3 H OSP3 1 1.750 -0.068 -0.210 1.00 0.00 
TER 
CONECT 1 2 3
CONECT 2 1 0