Vscode开发工具自动编译.ts文件(TypeScript文件)

最新推荐文章于 2025-03-24 08:29:25 发布
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分类专栏： TypeScript VSCode 文章标签： typescript visual studio code
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版权

一、控制台中"tsc --init"命令生成tsconfig.json文件；

二、Vscode中：“任务”-“运行任务”-“tsc:监视-tsconfig.json”。

[scRNA-seq]单细胞转录因子分析——SCENIC实操示例
weixin_40594350的博客
08-14 4542
SCENIC实操示例
Single Cell——转录因子调控网络分析（SCENIC）
anyinglengtong的博客
01-04 8923
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。原作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证明了顺式调控网络分析能够有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。SCENIC在2017年首先发表于nature methods，2020年又将流程整理后发表于nature protocls。有R版和pyth
基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据
阅读文献，记录学习笔记
12-21 3802
推断基因调控网络（GRN）是生物学中的一项基本挑战，旨在揭示基因与其调控因子之间的复杂关系。破译这些网络对于理解驱动许多细胞过程和疾病的潜在调控串扰起着至关重要的作用。测序技术的最新进展促进了最先进的 GRN 推理方法的发展，这些方法利用匹配的单细胞多组学数据。通过采用不同的数学和统计方法，这些方法旨在重建更全面、更精确的基因调控网络。在这篇综述中，我们简要概述了GRN 推理方法中常用的统计和方法基础。然后，我们比较和对比单细胞匹配多组学数据的最新最先进的 GRN 推理方法，并讨论它们的假设、局限性和机会。
比R版本快几十倍| Pyscenic单细胞转录因子预测
最新发布
weixin_47195452的博客
03-24 868
基于第一步的初始调控网络，根据motif和TF的关系以及motif对基因调控潜能的排序来修剪初始调控网络，最终得到的每个TF及其潜在的直接targets gene称作一个。ing）是一个专门可以用于scRNA-seq数据转录因子推断的分析软件。，主要限速步骤是GENIE3计算共表达网络，几万个细胞算几周也是常有的事。的调控关系，从而揭示每个细胞的调控状态及细胞群的生物学特性，达到辅助推断细胞的状态和功能。的流程，虽然牺牲一波可视化结果，但是计算速度快了几十~上百倍。版本的SCENIC简直。
scenic：单细胞调控网络推理和聚类
阅读文献，记录学习笔记
12-22 3007
我们提出了scenery，一种用于从单细胞 rna-seq 数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法 (http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大脑的单细胞数据概要，我们证明顺式调控分析可用于指导转录因子和细胞状态的识别。scenic为驱动细胞异质性的机制提供了重要的生物学见解。细胞的转录状态产生于潜在的基因调控网络（GRN），其中有限数量的转录因子（TF）和辅因子相互调节及其下游靶基因。
SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)
weixin_41368414的博客
11-30 2038
点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！单细胞系列分析教程整理如下:Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 G...
用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程
阅读文献，记录学习笔记
12-23 3352
这个protocol解释了如何使用软件容器和Nextflow 管道对单细胞 RNA 测序数据执行快速 SCENIC 分析以及标准最佳实践步骤。SCENIC 重建调节子（即转录因子及其目标基因），评估单个细胞中这些发现的调节子的活性，并使用这些细胞活动模式来寻找有意义的细胞簇。在这里，我们展示了 SCENIC 的改进版本，具有多项进步。SCENIC 已经用进行了重构和重新实现，速度提高了十倍，并且已打包到容器中以方便使用。现在还可以使用表观基因组轨迹数据库以及基序来完善调节子。
SCENIC:SCENIC是一种R软件包，可从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型
05-03
风景 SCENIC（单细胞重组网络推断和聚类）是一种从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型的计算方法。 该方法的描述和一些使用示例可在《。 当前在R（此存储库）和Python中有SCENIC的实现。 如果您不太喜欢使用R，我们建议您检查一下SCENIC（其中包含Nextflow工作流程）和Python / Jupyter笔记本，以轻松运行SCENIC （强烈建议您批量运行SCENIC或更大的数据集）。 然后，可以在R，Python或SCope（Web界面）中浏览任何实现的输出。 有关在R运行SCENIC的更多详细信息和安装说明，请参阅以下教程： 这些示例的输出位于： : 常见问题： 消息 2021/03/26： 新教程可 教程 2020/06/26： 该SCENICprotocol包括Nextflow工作流程，并pySCENIC笔记本现在正式发布。 有关详细信息
SCENICprotocol:可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析
05-02
可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析 该存储库描述了如何对单细胞数据运行pySCENIC基因调控网络推断分析以及基本的“最佳实践”表达分析。 这包括： 独立的Jupyter笔记本电脑，用于交互式分析 ...
SCENIC: 推断单细胞RNA数据中的基因调控网络
SCENIC的全称是单细胞重组网络推断和聚类（Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering），它代表了一种先进的计算方法，被广泛应用于生物信息学和基因组学领域。 SCENIC的主要功能是从单细胞RNA测序...
寻找发育调控的关键因子-跨物种转录因子保守性分析 (二)：单细胞转录因子活性可视化与分析：SCENIC与Seurat结合实践
Jeriu的博客
12-16 681
相比其他博客，主要是多画了个网络图，rss可用于用于挑选节点。 在这篇博客中，我们将总结一段用于可视化分析的代码，主要涉及数据清理、包加载、提取和处理 loom regulon 信息、绘图等步骤。
探索单细胞基因调控网络的未来 —— SCENIC 开源项目介绍
gitblog_00048的博客
06-19 937
???? 探索单细胞基因调控网络的未来 —— SCENIC 开源项目介绍 SCENICprotocol A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis 项目地址: h...
SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
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悟道西方
11-29 1万+
在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ，我在这篇文章中发现了一个被汤神组 （就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验平台中开辟了单细胞转录组领域的人）反...
单细胞分析（21）——SCENIC 分析流程（singularity容器版）
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03-05 1114
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是一种基于单细胞 RNA 测序数据的调控网络分析方法，主要用于识别调控因子（TFs）及其靶基因（Regulons），并评估这些调控因子的活性。本流程适用于膀胱癌及其他免疫微环境相关的单细胞转录组研究，可用于探索 TF 在免疫细胞中的调控作用及潜在靶点。
10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic
weixin_53637133的博客
04-23 1164
10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic
SCS【25】单细胞细胞间通信第一部分细胞通讯可视化（CellChat）
weixin_41368414的博客
05-15 1649
桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取SCS【4】单细...
SCENIC+/scenicplus安装遇到的一些问题
qq_30614157的博客
04-30 733
Protocols里面不支持https协议，所以这个版本不行，试过重装，但是需要root权限，后来在我们服务器另一个节点里发现。如果你是非root用户在这里遇到困难，无法安装rust，可以联系你的管理员帮你升级curl版本。4.如果运气好不报错按照官方的流程就安装完毕了，但是我自己在安装的时候遇到不少问题。这样当前gcc就成了这个版本，这样就能安装annoy了，到这里就安装完了。. 于是我就想去下载这个rust，找到它的官网，安装命令如下。这个版本支持https，于是在这个节点下我安装好了rust。
Cell Research | 单细胞测序技术揭示派杰氏病的致病机制
悟道西方
06-02 559
5月26日，中国农业大学生物学院于政权教授课题组在知名学术期刊Cell Research发表题为“The Msi1-mTOR pathway drives the pathogenesi...
服务器安装 scenic plus python包
人间飞羽
03-27 1641
服务器安装 scenic plus python包
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