批量转换dcm2niix

1. 安装dcm2niix，以下脚本另存为batch_dcm2niix.sh。

#!/bin/bash

# 定义输入 DICOM 主目录
input_dir="/home/fmri/FSL_test/raw1"

# 定义输出 NIfTI 主目录
output_dir="/home/fmri/FSL_test/raw1_output"

# 确保输出文件夹存在，如果不存在则创建
if [ ! -d "$output_dir" ] ; then
    mkdir -p "$output_dir"
fi

# 遍历输入目录下的所有子目录
for sub_dir in "$input_dir"/*; do
    if [ -d "$sub_dir" ] ; then
        # 获取子目录名
        sub_dir_name=$(basename "$sub_dir")
        
        # 创建对应的输出子目录
        output_sub_dir="$output_dir/$sub_dir_name"
        mkdir -p "$output_sub_dir"
        
        # 执行 dcm2niix 转换\home\fmri\FSL_test\raw1\sp001
        dcm2niix -f "$sub_dir_name"_REST  -z y -o "$output_sub_dir" "/home/fmri/FSL_test/raw1/"$sub_dir_name"/REST" 
    fi
done

2.

chmod +x batch_dcm2niix.sh
./batch_dcm2niix.sh