<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[最会设计的科研狗]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; dreadlesss]]></copyright><item><title><![CDATA[RDKit|使用MolDraw2DCairo模块绘制分子]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/107419783</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/107419783</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 17 Jul 2020 23:07:44 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、绘制png：MolDraw2DCairo二、绘制svg：MolDraw2DSVG三、绘制png设置(svg设置类似)
一、绘制png：MolDraw2DCairo
先导入所要用到的库和MolDraw2DCairo模块。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import Image


首先，创建一个Cairo drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[案例研究|它凭借AI刷新了药物先导物设计的最快记录！]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106892851</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106892851</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sun, 21 Jun 2020 23:30:37 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、案例简介二、团队背景三、靶点与抑制剂四、分子设计过程五、专利分析
一、案例简介
Insilico Medicine公司使用AI技术，在短短46天内设计并筛选出了一个DDR1受体抑制剂，这个化合物在小鼠体内具有较好的药代动力学性质，有望继续改造并用于治疗纤维化相关的疾病。该结果于2019年9月2日发表在nature biotechnology上。
Nature biotechnology杂志最新影响因子IF为31.864分。尽管近几年IF有所下滑，但是仍然在生物技术领域的杂志中稳居前3，年刊文量也]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106448681</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106448681</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sat, 30 May 2020 22:53:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数
一、分子指纹计算
本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。环境搭建、数据表准备不再赘述，可以参考这篇文章。在上述工作基础上，继续进行指纹计算、建立索引。操作之前先看看在postgresql中支持的指纹函数：

layered_fp(mol)：另一种rdkit原创指纹，官方文档的解释是它一种子结构指纹，与rdkit拓扑子图的生成步骤一致，但根据子图生成指纹向量的过程有所不同。在子结构指纹类别中，l]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106440582</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106440582</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sat, 30 May 2020 16:26:56 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询1.smiles子结构搜索2.smarts子结构搜索3.立体信息的结构搜索4.带取代基的结构搜索
一、环境搭建
本文以windows为例进行操作和演示。假设都已经安装好了postgresql，下面依次进行用户切换、启动服务端、创建数据库、导入数据、连接数据库、加载插件、函数测试。在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作可以参考这篇文章。

在cmd中切换到postgres用户

runas /user:postgres cm]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106369003</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106369003</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Wed, 27 May 2020 11:23:36 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动二、操作使用1.cmd操作2.python操作
一、环境配置
PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以postgresql作为案例进行演示。本文介绍带rdkit插件的postgresql在windows系统上的环境配置，以及在python环境下的基本操作。
1.windows下的安装与初始化

直接在cmd下使用conda安装

C:\Users\Administrator&gt; conda]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子修改与编辑]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106314126</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106314126</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sun, 24 May 2020 15:35:53 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、初级篇1.氢原子显示与隐藏2.芳香键与kekule式转换二、高级篇1.Atom和Bond对象的编辑功能2.RWMol类的编辑功能
一、初级篇
1.氢原子显示与隐藏
正常情况下，分子在rdkit中存储时，氢以隐式氢的形式存储，即不会在图片中显示出来。当需要加入氢原子时，例如要生成和优化立体结构，可以通过函数加上氢原子。

加氢：AddHs()
去氢：RemoveHs()

&gt;&gt;&gt; from rdkit import Chem
&gt;&gt;&gt; m = Chem.MolFr]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子基础操作与药效团查找]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106306472</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106306472</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sat, 23 May 2020 21:46:25 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录分子基础操作与药效团查找1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找
分子基础操作与药效团查找
1.原子操作
在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。

对原子进行遍历：m.GetAtoms()
获取原子索引：GetIdx()
获取原子序号：GetAtomicNum()
获取原子符号：GetSymbol()
获取原子连接数（受H是否隐藏影响）：GetDegree()
获取原子总连接数（与H是否隐藏无关）：GetTotalDegree()
]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106288604</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106288604</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 22 May 2020 23:18:44 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录Recap和BRICS对分子拆解与合成1.Recap拆解2.BRICS拆解3.BRICS合成
Recap和BRICS对分子拆解与合成
1.Recap拆解
另一个与化学反应相关的功能是Recap，Recap可以模仿实验室中的正向合成过程来进行逆向操作，对分子进行一系列的转换与分解，最终得到一组合理的分子片段。Recap可以对拆解过程进行追踪，并形成类似树的数据结构。原始分子记为根节点（root），被拆解的分子记为父节点（parent），拆解得到的分子记为子节点(children)，某节点下的所有分支节]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|在化学反应中对原子进行保护]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106287574</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106287574</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 22 May 2020 17:40:05 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录在化学反应中保护原子1.rxn文件创建反应2.保护目标原子
在化学反应中保护原子
本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。有时在使用rxn文件时，很难准确表达或全面考虑到每个细节，导致不需要的原子发生反应，并产生副产物。而rdkit也提供了保护原子的操作，避免不需要的原子参与到反应中。还是以形成酰胺键为例。
1.rxn文件创建反应

通过rxn文件创建一个反应模式：ReactionFromRxnFile()
检查一下该反应：ReactionToImage()
]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|化学反应操作与处理]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106270269</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106270269</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 22 May 2020 00:24:58 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理
化学反应
Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，将匹配上的结构按反应模式进行合成。
1.SMARTS创建反应

从SMARTS创建一个反应模式：Chem.ReactionFromSmarts()
下面这个反应表示一个羧基，与至少带有一个氢的氮原子反应，形成酰胺
定义反应物：reactants
进行一个反应：RunReactants(reacta]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|骨架分解与侧链分离]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106257709</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106257709</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Thu, 21 May 2020 15:04:17 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework二、侧链分离1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore
一、骨架分解
1.Murcko Scaffold
Murcko骨架由Murcko等人设计并用药物的形状、结构分析。他们将药物分子拆解成四种单元：环系结构（ring system）、接头（linker）、骨架（scaffold）、侧链（side chain），其中scaffold又由ring system和linker组成；scaff]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子片段、片段指纹与指纹重要性分析]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106242143</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106242143</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Wed, 20 May 2020 18:59:51 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、分子片段生成二、片段指纹生成三、指纹重要性分析
一、分子片段生成
分子片段（Molecular Fragments）是一组相连的原子，并可能包含有相关官能团。在rdkit中提供了一系列用于分析、操作分子片段的工具。说起来比较抽象，操作起来也比较抽象。

获取官能团库：RDConfig.RDDataDir目录下的’FunctionalGroups.txt’
根据官能团库实例化一个参数器：FragmentCatalog.FragCatParams()

&gt;&gt;&gt; import os
]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|化学特征、药效团提取与2D药效团指纹计算]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106204852</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106204852</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Tue, 19 May 2020 00:34:38 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、化学特征和药效团提取二、化学特征文件介绍1.化学特征（chemical features）2.FDef文件语法三、2D药效团指纹1.编码原理2.参数设置3.生成2D药效团指纹4.修改FDef设置5.Gobbi 2D药效团指纹
一、化学特征和药效团提取
Rdkit中有一系列基于SMARTS定义的化学特征。要对分子进行化学特征分析和计算时，需要先导入一个特征库，创建一个特征工厂，并通过特征工厂计算化学特征。先来操作一下，原理及介绍在第二部分。

获取特征库：RDConfig.RDDataDir目录下]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子描述符计算与可视化]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106163464</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106163464</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Sat, 16 May 2020 19:10:53 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、描述符计算模块1.rdkit.Chem.Lipinski模块2.rdkit.Chem.Descriptors模块3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块二、原子描述符可视化1.原子partial charge可视化2.原子logP可视化
一、描述符计算模块
1.rdkit.Chem.Lipinski模块
rdkit中提供了许多描述符的计算方法，可用于分子筛选、成药性评估等。以lipinski类药的相关规则为例，可以通过rdkit.Chem.Lipi]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106129597</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106129597</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 15 May 2020 22:48:22 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、分子指纹提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan Fingerprints (Circular Fingerprints)二、相似性比较
一、分子指纹提取
1.Topological Fingerprints
也叫RDKit topological fingerprint。该算法受Daylight fingerprint启发而产生,它会计算所有介于minPath和maxPath]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|最大公共子结构搜索与参数介绍]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106087873</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/106087873</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Wed, 13 May 2020 00:38:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录最大公共子结构1.搜索方法2.bondCompare参数3.atomCompare参数4.maximizeBonds参数5.matchValences参数6.ringMatchesRingOnly参数7.completeRingsOnly参数8.timeout参数
最大公共子结构
rdkit中提供了在多个分子间查找最大公共子结构（Maximum Common Substructure, MCS）的功能。该功能可以应用在相同骨架搜索、分子库分析、寻找药效团等场景中。
1.搜索方法

FindMCS(m]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|摩根分子指纹计算、提取与可视化]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105976113</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105976113</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Thu, 07 May 2020 17:27:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、摩根分子指纹计算1.简介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects4.FCFPs5.更多泛化二、摩根分子指纹提取1.提取方法一2.提取方法二三、指纹可视化
一、摩根分子指纹计算
1.简介
摩根分子指纹（Morgan Fingerprints），是一种圆形指纹，也属于拓扑型指纹，是通过对标准的摩根算法进行改造后得到。可以大致等同于扩展连通性指纹（Extended...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|分子子结构的删除、替换与切割]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105826379</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105826379</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Tue, 28 Apr 2020 23:00:27 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录分子子结构操作1.删除子结构2.替换子结构3.切掉侧链4.切掉母核
分子子结构操作
RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。更复杂的操作可以看Chemical Reactions中相关的功能。
1.删除子结构

先初始化一下
定义一个苯丙氨酸分子，要把苯甲基删掉，变成甘氨酸

&gt;&gt;&gt; from rdkit import Ch...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[化学信息学|SMARTS规则速查表]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105739826</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105739826</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 24 Apr 2020 21:17:32 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、SMARTS简介二、原子属性三、键属性四、逻辑操作符五、递归SMARTS六、组合匹配七、反应SMARTS
一、SMARTS简介


是什么
SMARTS（SMiles ARbitrary Target Specification）是一种用于描述分子模式和属性的语言。SMILES所有的符号和属性在SMARTS中同样适用，因此它也是SMILES的延伸。此外，SMARTS还包括了逻辑操作符和...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[RDKit|搜索子结构时对侧链进行条件限制]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105720170</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/dreadlesss/article/details/105720170</guid><author>dreadlesss</author><pubDate>Fri, 24 Apr 2020 00:11:05 +0800</pubDate><description><![CDATA[文章目录一、简单子结构搜索1. 初始化2. 获取所有匹配的结构3. 查看匹配的结构二、带条件的子结构搜索1. 定义条件2. 对侧链设置条件3. 使用条件进行筛选4. 其他条件举例
一、简单子结构搜索
1. 初始化

m表示待搜索的原始分子
p表示带侧链的四元环结构

&gt;&gt;&gt; from rdkit import Chem
&gt;&gt;&gt; from rdkit.Chem i...]]></description><category></category></item></channel></rss>