vcf 提取SNP 以及INDEL

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#大数据

GATK

SNP

gatk SelectVariants -V in.vcf.gz -select-type SNP -O out.vcf.gz

INDEL

gatk SelectVariants -V in.vcf.gz -select-type INDEL -O out.vcf.gz

VCFTOOLS

SNP

vcftools --gzvcf in.vcf.gz --remove-indels --recode-INFO-all  --out out

INDEL

vcftools --gzvcf in.vcf.gz --keep-only-indels    --recode-INFO-all --out 

dospca
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2025.06.17【WGS】|多样品VCF文件中每个样品SNP数统计方法详解（含代码与注释）
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摘要：本文介绍了一种从合并后的VCF文件中统计每个样品SNP数目的方法。通过解析VCF文件中的GT字段，排除纯合参考（0/0）和缺失（./.）的基因型，准确计算各样本的SNP位点数。文中提供了完整的Python脚本，利用bcftools工具高效处理大规模VCF文件，并支持输出SNP统计结果。该方法适用于群体遗传学和RAD-seq等高通量测序数据分析的质控环节，还可扩展为统计杂合/纯合SNP等进阶需求。脚本使用简单，只需输入VCF文件即可生成样本-SNP数目的统计报表。
python 处理snp的vcf文件，统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近
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1、c处理vcf文件，初步统计snp位置 位置信息有5种 down_stream是gene下游2k以内，up_stream 是gene上游2k以内，gene_exon是snp在外显子内，gene_intron是gene在内含子内，uninfluncial是gene不在上诉所有区域 SnpType.py 内容： #这个脚本是用来看snp哪些是在基因中（分为exon和intron），哪些是在基因的上游、下游 #最终输出结果为：scaffold position 位置 geneid #输入文件1：snpeff结
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