poj 1080-Human Gene Functions

最新推荐文章于 2020-04-23 23:12:59 发布

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本文介绍了一种用于比较两条DNA序列相似度的算法实现。该算法通过动态规划的方法，计算出两个序列间的最大匹配得分，考虑了碱基配对得分、错配扣分及空位罚分等多种情况。

#include <iostream>
#include <string>
using namespace std;
int max(int x,int y,int z);
int geta(char x,char y);
int t[202][202];
int main(){
int casenum;
//freopen("in.txt","r",stdin);
cin>>casenum;
while(casenum--){
int na;
int nb;
string a,b;
cin>>na;
cin>>a;
cin>>nb;
cin>>b;
t[0][0]=0;
for(int i=1;i<=na;i++){
t[i][0]=t[i-1][0]+geta(a[i-1],'-');
}
for(int j=1;j<=nb;j++){
t[0][j]=t[0][j-1]+geta('-',b.at(j-1));
}
for(int i=1;i<=na;i++){
for(int j=1;j<=nb;j++){
t[i][j]=max(t[i-1][j-1]+geta(a[i-1],b[j-1]),
t[i][j-1]+geta('-',b[j-1]),
t[i-1][j]+geta(a[i-1],'-'));
}
}
//cout<<"na:"<<na<<" nb:"<<nb<<endl;
//cout<<"a:"<<a<<" b:"<<b<<endl;
//for(int i=0;i<=na;i++){
// for(int j=0;j<=nb;j++){
// //cout<<t[i][j]<<"\t";
// }
//cout<<endl;
//}
cout<<t[na][nb]<<endl;
}
return 0;
}
int max(int x,int y,int z){
int temp;
temp=x>y?x:y;
temp=temp>z?temp:z;
return temp;
}
int geta(char x,char y){
if(x=='A'){
if(y=='A'){
return 5;
}
else if(y=='C'){
return -1;
}
else if(y=='G'){
return -2;
}
else if(y=='T'){
return -1;
}
else if(y=='-'){
return -3;
}
}
else if(x=='C'){
if(y=='A'){
return -1;
}
else if(y=='C'){
return 5;
}
else if(y=='G'){
return -3;
}
else if(y=='T'){
return -2;
}
else if(y=='-'){
return -4;
}
}
else if(x=='G'){
if(y=='A'){
return -2;
}
else if(y=='C'){
return -3;
}
else if(y=='G'){
return 5;
}
else if(y=='T'){
return -2;
}
else if(y=='-'){
return -2;
}
}
else if(x=='T'){
if(y=='A'){
return -1;
}
else if(y=='C'){
return -2;
}
else if(y=='G'){
return -2;
}
else if(y=='T'){
return 5;
}
else if(y=='-'){
return -1;
}
}
else if(x=='-'){
if(y=='A'){
return -3;
}
else if(y=='C'){
return -4;
}
else if(y=='G'){
return -2;
}
else if(y=='T'){
return -1;
}
else if(y=='-'){
return 0;
}
}
return 0;
}