intel编译器编译cp2k

本文详细介绍了在使用CP2K源码包版本2.6.1时,通过调整MKL版本(intelparallel composer xe 2015)、配置mpich、fftw、libint、libxc组件,以及修改arch/Linux-x86-64-intel.popt文件来解决编译过程中遇到的问题。包括如何正确设置环境变量、构建和安装各依赖组件,最终实现成功编译并提供详细的步骤和配置参数。

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编译cp2k记录


所遇到问题


MKL版本问题 
intel paralell composer xe 2011版本编译出错,在链接过程中某些函数缺失
而intel paralell composer xe 2013 MKL中不带 scalapack,直到安装2015版才解决这个问题




组件
cp2k 源码包 版本 2.6.1
svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/trunk cp2k
新版的makefile改动较大,但是仍然可以把旧版的makefile改过来用。



1、Inrel paralell composer xe 2015(composer_xe_2015.1.133) with MKL
source $(HOME)/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64


2、mpich ( http://www.mpich.org/)
export CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
tar -xvzf mpich-3.1.4.tar.gz 
./configure --prefix=$(HOME)/mpich --enable-fc --enable-f77 --enable-cxx --enable-fortran
make
make install 
vi ~/.bashrc
PATH=$(HOME)/mpich/bin:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=$(HOME)/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH

3、fftw
tar -xvzf fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=$(HOME)/fftw  --enable-debug --enable-mpi --enable-threads  --enable-openmp
make
make install


3、libint 
export CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
tar -xvzf libint-1.1.5.tar.gz
cd libint-1.1.5
./configure --prefix=$(HOME)/libint
make
make install


4、libxc
tar -xvzf libxc-2.0.2.tar.gz
cd libxc-2.0.2
./configure --prefix=$(HOME)/libxc
make
make install


vi arch/Linux-x86-64-intel.popt  注意修改$(home)的实际路径
---------
CC       = cc
CPP      =
FC       = mpif90
#FC       = mpifort 
LD       = mpif90
#LD       = mpifort
AR       = ar -r
MKLROOT = $(home)/intel/composerxe/mkl


DFLAGS   = -D__INTEL -D__FFTSG -D__parallel -D__BLACS -D__SCALAPACK -D__FFTMKL -D__FFTW3 -D__LIBINT -D__LIBXC2  -D__MKL
CPPFLAGS = -I$(home)/fftw/include -I$(home)/intel/composerxe/mkl/include \
           -I$(home)/libxc/include -I$(home)/libint/include -I$(MKLROOT)/include/fftw
#FCFLAGS  = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) $(CPPFLAGS) -O3 -xW -heap-arrays 64 -funroll-loops -fpp -free
FCFLAGS  = $(DFLAGS)  $(CPPFLAGS) -O2 -heap-arrays 64 -funroll-loops -fpp -free
#FCFLAGS2 = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) $(CPPFLAGS) -O1 -heap-arrays 64 -fpp -free
#LDFLAGS  = $(FCFLAGS) -i-static
LDFLAGS  = $(FCFLAGS)
LIBS = -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential  -lm -lstdc++ \
       -L$(home)/libxc/lib -lxc \
       -L$(home)/libint/lib -lderiv -lr12 -lint
  
#LIBS     = $(INTEL_LIB)/libscalapack.a \
#           $(INTEL_LIB)/libblacs_init.a \
#           $(INTEL_LIB)/libblacs.a \
#           $(INTEL_LIB)/libacml.a\
#           $(INTEL_LIB)/libacml_mv.a \
#           $(INTEL_LIB)/libfftw3.a


OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o




graphcon.o: graphcon.F
        $(FC) -c $(FCFLAGS) $<
-----------


cd cp2k/makefiles


make -j 8 ARCH=Linux-x86-64-intel VERSION=popt clean
make -j 8 ARCH=Linux-x86-64-intel VERSION=popt distclean
make -j 8 ARCH=Linux-x86-64-intel VERSION=popt
<think>好的,我需要回答用户关于如何编译CP2K的问题。用户提到了几个引用,我需要结合这些引用内容来提供准确的指导。首先,引用[2]详细描述了在Ubuntu 22.04下编译CP2K-2024.1的步骤,包括源码和第三方库的处理。引用[3]提到了在曙光超算平台上的尝试,特别是AMD GPU版本的编译问题和解决方法,比如使用HIP子程序。引用[1]则强调了掌握这些编译知识对使用CP2Q的重要性。 我需要先整理引用中的关键步骤。根据引用[2],用户需要下载源码和第三方库,解压后放入指定目录,建立build目录。可能还需要安装依赖项,如编译器、MPI库等。然后,配置编译选项,比如使用特定版本的GCC或Intel编译器,并行计算相关的设置。接下来是编译过程,可能需要执行make或类似的命令。最后是验证安装,运行测试案例确认编译成功。 另外,引用[3]提到AMD GPU编译的问题,用户可能需要处理DBCSR和HIP相关的配置。这里可能需要指导用户如何启用GPU支持,比如在编译时添加特定的选项,或者修改Makefile来包含HIP子程序。同时,要提醒用户注意可能遇到的段错误,建议检查依赖库的版本兼容性或者尝试社区推荐的解决方法。 用户可能需要分步骤的指导,包括环境准备、源码准备、配置、编译、验证等。同时,需要指出不同平台(如Ubuntu和曙光超算)的差异,尤其是在处理GPU支持时的不同步骤。还要强调常见问题,如第三方库的路径设置、编译选项的正确性,以及如何处理编译中的错误,比如段错误可能需要调试工具或查阅社区资源。 最后,根据用户提供的引用,需要正确标注引用来源,比如在提到源码准备时引用[2],在讨论GPU编译问题时引用[3],并在总结时引用[1]强调掌握编译的重要性。同时,生成的相关问题应围绕编译中的常见挑战、优化方法、不同平台的差异等,帮助用户进一步探索。</think>### CP2K编译指南 #### **1. 环境准备** - **系统要求**:推荐使用Linux系统(如Ubuntu 22.04)[^2]。 - **依赖安装**: - 安装基础编译工具:`gcc`, `g++`, `make`, `cmake`。 - 安装并行计算库:`MPI`(如OpenMPI或Intel MPI)[^1]。 - 安装数学库:`BLAS`, `LAPACK`, `ScaLAPACK`,推荐使用Intel MKL或OpenBLAS。 --- #### **2. 源码与第三方库准备** 1. **下载源码**: - 从[CP2K官网](https://www.cp2k.org/)下载最新源码(如`cp2k-2024.1.tar.gz`)[^2]。 2. **解压源码**: ```bash tar -zxvf cp2k-2024.1.tar.gz ``` 3. **第三方库处理**: - 将下载的第三方库(如`libint`, `libxc`, `ELPA`)放入`tools/toolchain/build`目录,若无此目录需手动创建。 --- #### **3. 编译配置** - **使用工具链脚本**: ```bash cd tools/toolchain ./install_cp2k_toolchain.sh --with-libint=yes --with-libxc=yes ``` 脚本会自动生成`arch`文件(如`Linux-x86-64-gfortran.popt`),需复制到`cp2k/arch`目录。 - **GPU支持(可选)**: - 若需编译AMD GPU版本,需启用`DBCSR`和`HIP`支持,在配置时添加`--with-gpu=hip`[^3]。 - 注意:AMD GPU编译可能因驱动或库版本问题导致段错误,需检查依赖项兼容性。 --- #### **4. 编译执行** 1. **进入源码目录**: ```bash cd cp2k/makefiles ``` 2. **选择编译版本**: - 优化版本:`make ARCH=Linux-x86-64 VERSION=popt -j8` - 调试版本:`make ARCH=Linux-x86-64 VERSION=psdb -j8` - `-j8`表示并行编译(根据CPU核心数调整)[^1]。 --- #### **5. 验证安装** - 运行测试案例: ```bash cd tests ./do_regtest.py ``` - 检查输出文件是否包含`OK`状态,确保编译成功[^1]。 --- #### **常见问题** 1. **第三方库路径错误**: 确保第三方库路径正确,并在工具链脚本中指定`--mpi-mode=no`(若无需MPI)。 2. **段错误(AMD GPU)**: 尝试更新HIP驱动或使用社区提供的补丁。 3. **依赖冲突**: 使用`conda`或虚拟环境隔离依赖库版本。 ---
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