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RSS订阅转载 查看LINUX当前目录下的文件夹大小
查看LINUX当前目录下的文件夹大小 分类： LINUXFile参数实际上是一个目录，就要报告该目录内的所有文件。如果没有提供 File参数，du命令使用当前目录内的文件。如果File参数是一个目录，那么报告的块的数量就是分配到目录中文件以及分配到目录自身的块之和。指定-a标志，报告个体文件中块数量。不管是否使用了-a标志，由File参数指定的个体文件总是要列出。指
2013-10-24 14:36:52
939
转载 Python 的列表排序
Python 的列表排序分类： Python 2011-12-16 10:05 5158人阅读 评论(2)收藏 举报pythonlambdaimportlistpairblog Horin | horin153@msn.com Blog: http://blog.
2013-10-23 09:41:01
566
原创 REPRA初探
REPRA是今年出来的一种用于评估基因拼接质量的通用工具。在读了一天手册之后，进行了一点实验。对于小的基因组，使用short和long insert reads就可以了。实验用的是Staphylococcus aureus，这个基因组感觉不大。genome.fa只有2.4M。reads文件每个120多M。用reapr smaltmap assembly.fa long_1.fq long_
2013-10-15 21:20:03
976
翻译 通过动态规划来精确计算概率值
对于一个允许以特定概率进行插入、缺失和替换的测序过程模型，我们可以精确计算概率pr=Pr【r|A】，即给定一个拼接A观察到read r的概率。总体上，我们 想要得到一个read align到一个拼接所有位置的概率之和。可能的alignment的数目是read 长度的指数函数，大部分的alignment的概率极小，然而一些alignment的概率等同于或者接近于最优值。比方，当把ACG对齐到AC
2013-10-15 20:57:17
1450
翻译 SMALT手册
SMALT 是能有效地把DNA sequencing reads对齐到基因reference序列上的支持pair的基因对齐工具。它结合了短词哈希和动态规划方法。它支持大多数的测序平台包括paired-end reads。一 摘要smalt TASK 【options】【index seqfil-a【seqfil-b】】可用任务：smalt index【index选择】索
2013-10-14 23:54:33
1506
翻译 基于de novo似然方法（2）
方法：概率评估的理论基础：在本节中，我们对拼接质量的概率模型和测序过程的模型进行形式化，测序过程模型允许我们计算一个reads集合的任意一个特定拼接的似然度。我们证实我们的概率打分方法是正确的，因为真实的基因序列的得分最高。拼接的似然度：让A 表示一个给定的拼接是真实的基因拼接，让R表示观察到一系列reads的事件，我们在下文中将使用相同的符号表示拼接的序列和观察到这个拼接
2013-10-14 21:00:31
866
翻译 基于de no似然方法
概要：背景：基因拼接器使得近来的基因学革命成为可能，拼接器把测序机器得到的DNA片段“read”拼成完整或者近乎完整的基因序列。虽然这个领域已经被研究多年，大量的拼接工具涌现，评估和比较拼得基因序列的质量仍然依赖于不一定得得到的相互独立的标准，如手动拼接的基因，或者独立得到的mapping data。获得黄金标准的代价高昂，而且只覆盖了基因的一小部分，这限制了将其用于新产生的基因。因此我们介绍
2013-10-14 20:58:04
716
转载 使用CPAN安装Perl模块
使用CPAN安装Perl模块2009-11-26 22:42 5911人阅读 评论(1)收藏 举报perlinstallerinternetmicrosoftgraphvizmakefile Perl到了第五版增加了模块的概念，用来提供面向对象编程的能力。这是Perl语言发展史上 的一个里程碑。此后，广大自由软件爱好者开发了大量功能强大、构思精巧的Perl模
2013-10-14 15:00:26
726
转载 Matlab:如何添加工具箱
Matlab:如何添加工具箱 2012-07-13 14:31:39| 分类：Matlab | 标签：如何添加matlab工具箱 |字号 订阅举例：添加somtoolbox工具箱1. 下载：http://www.cis.hut.fi/projects/somtoolbox/download/2. 解压后有一个somtoolbox文件夹。3
2013-10-13 19:05:31
1610
转载 出现Python.h：No such file or directory错误的解决方案
安装tinyos后，出现Python.h：No such file or directory错误的解决方案好久没碰tinyos了，刚刚又去重装了一遍tinyos2.1.0，结果进入Blink后，编译有错误（貌似上学期刚开始用的时候碰到的就是这个问题，因为师兄建议用虚拟播放器打开Xubuntos，后来就没去研究了），错误显示是这样的：既然下午翘课，就准备跟编译错误斗一斗，^_^，先百
2013-10-13 15:01:43
6184
转载 ubuntu中apt-get的默认安装路径
ubuntu中apt-get的默认安装路径(2012-09-18 09:35:49)转载▼标签：杂谈分类：linux/ubuntuapt-get 下载后，软件所在路径是什么？？/var/cache/apt/archivesubuntu 默认的PATH为PATH=/home/brightman/bin:/
2013-10-13 14:39:48
533
转载 ubantu无法更新
How To Fix “Problem with MergeList /var/lib/apt/lists” Error In Ubuntu 11.04 2011-10-04 01:37:30| 分类：CS男必备 |字号 订阅While using the package manager or trying to install applications t
2013-10-12 15:52:14
583
转载 RNA-Seq
RNA-SeqFrom Wikipedia, the free encyclopediaJump to: navigation, searchRNA-seq (RNA Sequencing), also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing"[1] ("WTSS"), is a technology that util
2013-10-10 22:08:17
2783
转载 List of sequence alignment software
List of sequence alignment softwareFrom Wikipedia, the free encyclopedia (Redirected from Sequence alignment software)Jump to: navigation, searchThis list of sequence alignment software
2013-10-10 22:02:19
2762
转载 测序数据分析之专家指南（上）[心得点评]
摘要： 目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此，一些专家分享了他们的经验。免费索取：免费索取：Millipore抑制剂技术手册> >>分享到： 测序确实是越来越快，
2013-10-10 21:02:48
2662
转载 Ubantu 环境变量设置 JAVA环境变量
Ubantu 环境变量设置 JAVA环境变量2011-03-12 10:27 466人阅读 评论(1)收藏 举报javapathshellbashjdkvim目录(?)[+]一、简介/etc/profile在登录时,操作系统定制用户环境时使用的第一个文件,此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行./
2013-10-10 12:35:17
619
转载 Ubuntu下Matlab 2010a安装笔记
Ubuntu下Matlab 2010a安装笔记1.首先下载matalb 2010 Unix版本的ISO镜像文件，下载地址：http://www.linuxidc.com/Linux/2011-03/33836.htm将下载的安装文件放到某个目录，如 /matlab2010,目录下有2个文件如下图：2.建立安装目录，如/software/matlabroot@lxgis:
2013-10-10 12:25:38
958
转载 解决/lib/libc.so.6: not found
解决/lib/libc.so.6: not found 2011-10-24 09:13:26| 分类：UBUNTU |字号 订阅For 64 bit:sudo ln -s /lib64/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so /lib64/libc.so.6 For 32 bit:sudo ln
2013-10-10 12:19:30
2211
转载 VIM设置，自动换行
vim自动对齐注：如果是用vim编写代码，建议开启vim的文件类型自动检测功能，这样编写代码换行时就会自动换行对齐，就不用在vimrc文件中加如下的两句代码了。开启文件类型自动检测的方式是在vimrc文件中添加下面这句：filetype plugin indent on只要在 /etc/vimrc中加上这两句就行了set autoindent set smartindent
2013-10-08 13:58:25
3981
转载 linux下matlab安装
matlab for linux(下载与安装)分类： 图像处理 2012-03-25 11:39 14609人阅读 评论(28)收藏 举报matlablinuxunix图像处理ubuntu=摘要=在ubuntu下面学也有好一大段时间了,这个学期有图像处理课程.需要用到matlab这个矩形实验系统...在windows下面有一个matlab7..但是我想在
2013-10-08 13:55:59
719
转载 computer vision
CMU Computer Vision(16720) HW3 Template Tracking and Action ClassificationLucas-Kanade Tracking. frame 20
2013-09-26 20:43:27
2022
转载 添加新的头文件
Linux C语言头文件搜索路径 本文介绍在linux中头文件的搜索路径，也就是说你通过include指定的头文件，linux下的gcc编译器它是怎么找到它的呢。在此之前，先了解一个基本概念。 头文件是一种文本文件，使用文本编辑器将代码编写好之后，以扩展名.h保存就行了。头文件中一般放一些重复使用的代码，例如函数声明、变量声明、常数定义、宏的定义等等。当使用＃include语句
2013-09-26 17:39:57
646
转载 BOOST（1）
namespace boost {template > class basic_format {public: typedef std::basic_string string_t; typedef typename string_t::size_type size_type; basic_format(const charT* str); basic_forma
2013-09-26 16:47:07
477
转载 linux下增加库文件
库文件在连接（静态库和共享库）和运行（仅限于使用共享库的程序）时被使用，其搜索路径是在系统中进行设置的。一般linux 系统把 /lib 和 /usr/lib 两个目录作为默认的库搜索路径，所以使用这两个目录中的库时不需要进行设置搜索路径即可直接使用。对于处于默认库搜索路径之外的库，需要将库的位置添加到库的搜索路径之中。设置库文件的搜索路径有下列两种方式，可任选其一使用：在环境变量
2013-09-26 16:26:40
526
转载 linux下增加库文件
库文件在连接（静态库和共享库）和运行（仅限于使用共享库的程序）时被使用，其搜索路径是在系统中进行设置的。一般linux 系统把 /lib 和 /usr/lib 两个目录作为默认的库搜索路径，所以使用这两个目录中的库时不需要进行设置搜索路径即可直接使用。对于处于默认库搜索路径之外的库，需要将库的位置添加到库的搜索路径之中。设置库文件的搜索路径有下列两种方式，可任选其一使用：在环境变量
2013-09-26 16:26:21
487
转载 Matlab在微积分中的应用
转载：Matlab在微积分中的应用 2006-12-14 11:19:38| 分类： FYI:你知我知 | 标签：微积分 matlab |字号 订阅 命令1 极限函数 limit格式 limit(F,x,a) %计算符号表达式F=F(x)的极限值，当x→a时。limit(F,a) %用命令findsym(F)确定F中的自变量
2013-09-19 23:57:46
1169
转载 matlab成批画图
引用 matlab成批画图 2007-04-29 15:21:47| 分类：默认分类 | 标签：matlab |字号 订阅 引用damao 的matlab成批画图 实验采集了几百组数据，一个个画有点麻烦，今天编了个成批画图的程序，并能保存！源程序如下：function plot_xt_psd24% 生成批图
2013-09-19 23:56:47
673
转载 非程序员的数据可视化
转载：非程序员的数据可视化之路 http://www.civn.cn/p/12334.html2013年03月26日 ? 数据可视化 ? 共 2310字 ? 暂无评论 我们注意到，这个博客的字里行间常常透露出可视化如何被大肆宣传以及这种趋势正在不断扩大。这是好消息！很有趣，并且——成功！但是，当越来越多人加入到wild bunch，我们不得不照顾那些并不具备我们所拥有的技能的人
2013-09-19 23:54:13
913
转载 gephi
备忘：gephi中导出社区分类数据的方法！ 2013-07-25 22:51:00| 分类：默认分类 |字号 订阅软件gephi中导出社区分类数据的方法首先导入网络，在统计栏目计算好modularity参数及图形；然后导出相关数据。具体方法为下图所示：菜单：window/Data Table/Nodes/Modularity Class 选择 E
2013-09-19 22:49:25
1527
转载 Cytoscape
[参考] http://bioinformatics.dxy.cn/bbs/topic/19532835?tpg=13&age=0 想对网络节点涂上不同的颜色，老师说手动涂，70多个节点, 情何以堪？我觉得软件的设计者，肯定考虑到这样的情况，一定有办法的，于是就去查找资料，做试验，终于成功了，其实很简单。Cytoscape里面，利用File --> Import -->Networ
2013-09-19 22:28:29
2284
原创 memmove
#include#include#includetypedef struct Nameval Nameval;struct Nameval{ char *name; int value;};struct NVtab{ int nval; int max; Nameval *nameval;}nvtab;enum{NVINIT=1,NVGR
2013-09-19 13:20:37
478
原创 gorwable array
#include#includetypedef struct Nameval Nameval;struct Nameval{ char *name; int value;};struct NVtab{ int nval; int max; Nameval *nameval;}nvtab;enum{NVINIT=1,NVGROW=2};in
2013-09-19 11:26:41
433
原创 bsort
#include#include#include#define NELEMS(array) (sizeof(array)/sizeof(array[0]))typedef struct Nameval Nameval;struct Nameval{char *name;int value;};Nameval htmlchars[]={ "aelig", 0x00c6,
2013-09-18 23:06:38
1261
原创 qsort
#include#include#includeconst int N =5;int scmp(const void *p1,const void *p2){ char *v1; char *v2; v1=*(char**)p1; v2=*(char**)p2; return strcmp(v1,v2);}int icmp(const void
2013-09-18 22:46:28
459
原创 searching
#include#include#define NELEMS(array) (sizeof(array)/sizeof(array[0]))typedef struct Nameval Nameval;struct Nameval{char *name;int value;};Nameval htmlchars[]={ "aelig", 0x00c6, "aac
2013-09-18 20:38:11
464
原创 多种方式实现文件读
#include#include#include#includeusing namespace std;int m[500000];int main(int argc,char *argv[]){ freopen("aaa.txt","r",stdin); int i,j; int n; int d; d=sqrt(500000.0);
2013-09-13 17:38:15
381
原创 拓扑排序
#include#include#include#include#includeusing namespace std;class vertex{ public: int indegree; vector next; // List adj; int topnum; int f;
2013-08-25 15:51:22
465
原创 perl
2.[8]写一个程序,要求用户在不同的行中输入一些字符串,将此字符串打印出来,规则是:每一条占 20 个字符宽度,右对齐。 为了确保正确的输出,在开头打印出一串数字作为比较(帮助调试)。注意,不要犯 19 个字符宽度的错误。例如,如果输入,hello, good-bye,则输出为:123456789012345678901234567890123456789012345678901
2013-08-23 14:02:12
458
原创 cat
#!/usr/bin/perl -wwhile(<>){ chomp; unshift @file,$_; }print "@file\n";写一个程序,类似于 cat,但保持输出的顺序关系。(某些系统的名字可能是 tac。)如果运行此程序:./tac fred barneybetty, 输出将是文件 betty 的内容,从最后一行到第一行,然后是 b
2013-08-23 13:42:23
547
原创 decision tree
#include#include#includeusing namespace std;int main(){ const int K=2;//输出空间 const int M=15;//training points nums const int N=4;//可能的特征向量的数目 int array[M][N+1]={0,0,0,0,0,0,0,0,1,
2013-08-22 21:01:00
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