3、蛋白质亚细胞定位预测方法概述

蛋白质亚细胞定位预测方法概述

1. 基于序列的方法

1.1 基于分选信号的方法

蛋白质合成后，会被运输到细胞内的细胞器或通过分泌途径分泌到细胞外。其运输信息存在于氨基酸序列的短片段中，即分选信号、信号肽或靶向序列。这些信号在蛋白质跨细胞膜转运后会被信号肽酶切割。

常见的蛋白质分选信号有：
| 亚细胞位置 | 信号名称 | 典型长度 |
| — | — | — |
| 叶绿体 | 叶绿体转运肽（cTP） | 40 - 70 |
| 细胞外 | 信号肽（SP） | 20 - 30 |
| 线粒体 | 线粒体转运肽（mTP） | 25 - 45 |
| 细胞核 | 细胞核定位信号（NLS），单部分 | 4 - 6 |
| 细胞核 | 细胞核定位信号（NLS），双部分 | 15 - 20 |

分选信号序列通常具有三段式结构：N端侧翼区域（n - 区域）、中央疏水区域（h - 区域）和C端侧翼区域（c - 区域）。预测分选信号的切割位点是关键步骤，可根据氨基酸的疏水性和电荷/极性等性质进行计算预测。

以下是氨基酸根据疏水性和极性/电荷的分类：
| 属性 | 分组 |
| — | — |
| 疏水性 | H1 = {A, F, I, L, M, V, W}
H2 = {C, G, H, P, S, T, Y}
H3 = {D, E, K, N, Q, R} |
| 极性/电荷 | C1 = {A, F, I, L, M, P, V, W}
C2 = {C, G, N, Q, S, T, Y}
C3 = {D, E