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RSS订阅转载 TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法
肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)计划是由美国国家癌症研究院（National Cancer Institute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年联合启动的项目，目前共计研究33种癌症类型。TCGA利用大规模测序为主...
2019-09-21 20:23:00
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转载 基于基因组测序数据鉴定单碱基变异的方法总结
单核苷酸多态性，英文single nucleotide polymorphism，缩写为SNP，读音为Snip。SNP主要是指在基因组水平上引起的单个碱基的变异，其在群体中的发生频率不小于1%，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入和缺失等。多态性示意图（图片来源：genome news network）突变（mutation）和多态性（polymorp...
2019-09-21 10:10:00
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转载 单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
自从2009年单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq，scRNA-seq）技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。单细胞测序流程(图片来...
2019-09-17 12:35:00
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转载 基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别，如何选择？
自从第一代测序技术Sanger测序发明以来，使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列。由于Sanger测序价格昂贵，测序通量低等劣势，2005年左右二代测序相继被开发出来，极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列，只需不到1000美元。测序可以在很多不同的层面开展，包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨...
2019-09-15 18:30:00
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转载 m6A甲基化及预测方法工具总结
DNA、RNA和蛋白三个层面的可逆修饰示意图（Fu et al. Nature Reviews Genetics, 2014）DNA和蛋白存在各种修饰，RNA也不例外，目前已知的RNA修饰已经超过上百种。RNA根据编码性可分为编码RNA（protein-coding RNA）和非编码RNA（noncoding RNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N...
2019-09-14 09:18:00
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转载 单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结
可变剪接（alternative splicing）,在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后，先产生初始RNA或称作RNA前体，然后再通过可变剪接方式，选择性的把不同的外显子进行重连，从而产生不同的剪接异构体（isoform）。这种方式，使得一个基因可产生多个不同的转录本，这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段，在不同的组织中有各自特异的表达和功能，从而极大地丰富...
2019-09-10 12:37:00
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转载 基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞。此外，细胞在受到外界刺激或扰动时，细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化，从而呈现...
2019-09-08 17:36:00
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转载 单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu)在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映...
2019-09-07 15:23:00
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转载 单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型的鉴定聚类方法总结
图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al.NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015）随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell subtype or cell subpopulations）的鉴定是单细胞测序技术...
2019-09-07 14:46:00
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转载 单细胞测序数据的差异表达分析方法总结
无论是传统的多细胞转录组测序（bulk RNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differential expression analysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法，可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调（up-regulated）和下调的基因（down-regulated），从而可进一步研究这些差异表达基因的功能，包括富集的通...
2019-09-07 14:42:00
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