dianyueji9619-优快云博客

转载算法第一关

#1.两数之和给定一个整数数组 nums 和一个目标值 target，请你在该数组中找出和为目标值的那两个整数，并返回他们的数组下标。# 你可以假设每种输入只会对应一个答案。但是，你不能重复利用这个数组中同样的元素。# 示例: 给定 nums = [2, 7, 11, 15], target = 9 因为 nums[0] + nums[1] = 2 + 7 = 9 # 所以返回 ...

2019-02-26 20:29:00 204

转载别人处理二代测序的流程

做了基因组研究的summary,请各位大老帮忙看看，GCE评估180M(二倍体)，杂合率为0.0119/21kmer,用ALLPATH-LG的ErrorCorrectReads.pl进行评估83M(单倍体)，SNP率1/48,接着用canu进行组装，组装出165M的基因组，(1)直接进行FinisherSC和pilon进行升级，得150M基因组，用二代reads进行回帖，99.2%的回...

2018-09-03 17:25:00 613

转载 reportlab包使用指南

reportlab.canvas有这六个主要参数　　1、pagesize：设置纸张大小 #from reportlab.lib.pagesizes import letter, A4 导入常见的页面大小库　　　　　　　　　　　　　　　 #　　2、bottomup：确定（0,0）点是不是在左下角　　3、pageCompression：页面是否压缩　　4、ve...

2018-01-04 21:53:00 1003

转载 Python 文本(txt) 转换成 EXCEL(xls)

#!/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-#-------------------------------------------------------------------------------# Purpose: txt转换成Excel# Author: zhoujy# Created: ...

2017-09-29 09:31:00 979

转载 python 集合比较（交集、并集，差集）

python的set和其他语言类似, 是一个无序不重复元素集, 基本功能包括关系测试和消除重复元素. 集合对象还支持union(联合), intersection(交), difference(差)和sysmmetric difference(对称差集)等数学运算. sets 支持 x in set, len(set),和 for x in set。作为一个无序的集合，...

2017-09-28 09:46:00 198

转载 EBImage - - 给图片增加字符

EBImage中文文档英文版出处：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/EBImage/inst/doc/EBImage-introduction.htmlebimage提供通用的图像处理和分析功能。这允许使用R编程语言的这样的任务的自动化，并有利于在R环境中的信号处理，统计建模，机器学习和可视...

2017-09-13 22:37:00 307

转载安装第三方库出现 Python version 2.7 required, which was not found in the registry

安装第三方库出现 Python version 2.7 required, which was not found in the registry建立一个文件 register.py 内容如下. 然后执行该脚本.# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Sep 13 16:21:50 2017@author: admin...

2017-09-13 16:28:00 99

转载 Linux - - 杂记

1、linux怎么查看系统是32位还是64位　　先su -root　　方法一：getconf LONG_BIT　　方法二：uname -a #还有方法三不过不用那么多了敲了这两个命令 32 还是 64 一看便知2、top -u root #相当于win的任务管理器首页是查...

2017-08-22 22:48:00 112

转载 Bioconda安装与使用

1、 Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，就像APPstore、360软件管家一样。　　Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境　　1.下载和安装miniconda　　　　bioconda的使用首先需要安装miniconda　　　　　wget https://repo.cont...

2017-08-22 22:30:00 2086

转载 Perl语言入门--5--散列、hash

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　hash一、关联数组的形式　　%h=('a',1,'b',2); a是key 1是value b是key 2是value　　　　以%开头，()为空散列　　%h=('a'=>1,'b'=>2); 更明显一些用这个还可以省略引号但默认全部都是字符串当有数...

2017-08-16 14:04:00 206

转载 Perl语言入门--4--列表

1、列表也是数组的形式：(1,'a',2,3,4)　　元素可以是任意类型，变量，表达式2、空列表：()　　单元素列表:(2) 。与值2不同　　qw(1 $a str) 　　#qw是用空格作为分隔符，元素中不能有空格，否则视为两个元素，()可变为<>3、范围运算符：..4、数组：列表的存储形式：@a=(1,2,3)　　与$a是不同的变量...

2017-08-15 22:12:00 261

转载 Perl语言入门--3--perl的控制结构

表达式真假值总结: 表达式不一定是逻辑表达式，但一定要得出真假值　　假值：逻辑值为假　　　　　　值为0　　　　　　字符串为空　　　　　　列表为空　　　　　　undef　　　其他情况为真1、if {} elsif {} else {}2、unless ：　　与if条件含义相反。执行语句除非表达式为真。为真时退出，表达式是退出条件3、whi...

2017-08-15 10:58:00 132

转载 Python入门--19--else语句、with语句

1、else与while连用：x=input('请输出一个整数：')while x>0　　x=x-2　　print(x)else:　　print('x已经小于等于零了！')2、else与try连用：x=input('请随便输入：')try：　　print(int(x))except ValueError as reason:...

2017-08-05 17:25:00 91

转载 Python入门--18--异常与try，except语句

Python标准异常总结AssertionError断言语句（assert）失败AttributeError尝试访问未知的对象属性EOFError用户输入文件末尾标志EOF（Ctrl+d）FloatingPointError浮点计算错误GeneratorExitgenerator.cl...

2017-08-05 17:07:00 103

转载 Python入门--17--pickle

pickle模块，实际用途也很简单、单一，主要用于保存列表(list)，元祖(Tuple)，字典(dictionary)　　　　　　当然，一定是大的列表、字典什么的，成千上万行的字典、列表，才能凸显出它的用武之地实例import picklemy_list=['123','3.14','ee']　　　　　　　　　　#创建一个listpickle_file=open('my_p...

2017-08-05 16:21:00 112

转载 Python入门--16--模块

模块的定义：模块是一个包含所有你定义的函数和变量的文件，其后缀是.py。模块可以被别的程序引入，以使用该模块中的函数等功能比如import randomsecret=random.randint(1,10) #调用random模块中的randint函数，随机生成一个十以内的一个随机整数import os #OS：Operation System 插一句：i...

2017-08-05 15:30:00 87

转载 Python入门--15--文件读取、保存

先看文件读取，open1、文件打开模式：打开模式　　执行操作　'r' 　　　　以只读方式打开文件(默认) 'w'　　　以写入的方式打开文件,会覆盖已存在的文件　'x' 　　　　如果文件已经存在,使用此模式打开将引发异常　'b'　　　　以二进制模式打开文件　't'　　　　以文本模式打开(默认) '+' 可读写模式(可添加到其他模式中使用)...

2017-08-05 15:20:00 161

转载 R语言入门--画图（一）--ggplot2

先写一些需要用到的知识点，比如包、函数dplyr 很好用的包经常与ggplot2连用mutate：用于对数据框的列进行重新处理，或者用处理的结果添加新列数据清洗：1、na.omit() #去除数组当中的空值　　newdata<-na.omit(olddata)ggplot：1、...

2017-08-02 19:41:00 446

转载生物信息之转录组

转录组背景知识1、测序平台有哪些Roche 454illuminaABI2、有参无参有参是指我们研究的这个物种已经有比较完善的参考基因组了，这个时候只需要把RNA-cl数据比对到基因组，然后进行后续的组装、定量分析就好。但有些研究较少的物种或新物种是不存在参考基因组的，这时候就需要用到无参的、从头组装的方法。有参和无参使用的软件有较大的区别。（比如小...

2017-06-22 15:28:00 836

转载 R语言入门视频笔记--10--数据挖掘

这里来挖掘超市购物车数据。名词：1、挖掘数据集：购物篮数据2、挖掘目标：关联规则3、关联规则：牛奶=>鸡蛋[支持度=2%，置信度=60%]4、指出度：分析中的全部事务的2%同时购买了牛奶和鸡蛋5、置信度：购买牛奶的篮子同时也购买了鸡蛋6、最小支持阈值和最小置信阈值：由挖掘者或领域专家设定7、项集：由商品组成的集合8、k-项集：k个项组成的集...

2017-06-21 15:55:00 112

转载 R语言入门视频笔记--9--随机与数据描述分析

古典概型的样本总量是一定的，且每种可能的可能性是相同的，1、中位数：median(x)2、百分位数：quantile(x)或者quantile(x,probe=seq(0,1,0.2))　　#后面这个是设置参数，零到一的范围，每隔0.2算一次　　不知道叫啥的很方便的函数：fivenum(x,na.rm=TRUE)　　#输出五个数最大值、最小值、下四分位数、上四分位数、中...

2017-06-16 17:34:00 204

转载 python操作excel--生成图表

【问题】想要折腾Python中的Excel中的图标，Chart，Graph。【解决过程】1.参考：use python to generate graph in excel说是可以用pywin32的OLE automation去试试其代码：#!/usr/bin/python# -*- coding: utf-8 -*-"""Function...

2017-06-16 16:24:00 1017

转载 python--爬取http://www.kuaidaili.com/并保存为xls

代码如下：复制在python3上先试试吧^_^# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Mon Jun 12 13:27:59 2017@author: admin"""import urllib.requestimport osimport refrom bs4 import BeautifulSoup...

2017-06-13 20:40:00 390

转载 Python--进程

　　　　　　　　使用multiprocessing进行进程管理简单的创建进程import multiprocessingdef worker(num): """thread worker function""" print 'Worker:', num returnif __name__ == '__main__': job...

2017-06-13 09:52:00 93

转载 python爬虫--正则表达式

一、re.searchre.search(r'(fish)\1','fish') #这是匹配不上的，因为后面还有一个'\1'，表示括号里面的东西re.search(r'[\]','fish')　　　#会报错，反斜线不能直接放进中括号e=re.search(r'\w','fish:fish')　　print(e.group())#会得到fish　　　　　　　　　　　　...

2017-06-12 23:59:00 53

转载 Python爬虫--beautifulsoup 4 用法

Beautiful Soup将复杂HTML文档转换成一个复杂的树形结构,每个节点都是Python对象,所有对象可以归纳为4种:Tag,NavigableString,BeautifulSoup,Comment一、Tag:Tag对象与XML或HTML原生文档中的tag相同，Tag有很多方法和属性，最重要的是name和attributessoup = B...

2017-06-08 13:32:00 117

转载 R语言入门--画图（一）--需要注意的地方

一、注意‘\t’是‘\t’ 不是‘/t’ 写'/t'就错了就不是换行符了二、程序报错先检查有没有这个包转载于:https://www.cnblogs.com/modaidai/p/6953490.html...

2017-06-06 20:35:00 193

转载 R语言入门-画图（二）--heatmap

一、函数参数：pheatmap参数：treeheight_row　　　　#横有多长treeheight_col　　　　#竖有多长cluster_cols=FLASE　　　　　　#单一方向聚类，也就是只有一边有树状结构，默认是TRUEcolor=colorRampPalette(c("green","black","red"))(1000))　　　　#更改颜色，具体怎么...

2017-06-06 15:44:00 734

转载 Python入门--14--字典

基础知识：0、python对值没有要求，但对key有些要求，必须是非变量（变量，列表，字典）1、在列表中使用成员资格操作符，和在字典中使用成员资格操作符，后者会更快2、fromkeys这个函数会生成一个新的字典，如果以前存在就会直接覆盖3、字典拷贝：dict2=dict1.copy()4、一、创建一个字典dict1={'李宁':'一起皆有可能...

2017-05-27 17:27:00 80

转载 Python入门--13--爬虫一

URL的格式一般为（带方括号的是可选的）：protocol://hostname[:port]/path/[;parameters][?query]#fragmentURL由三部分组成：　　第一部分是协议：http　https ftp file ed2k　　第二部分是存放资源的放武器的域名系统或IP地址（有时候要包含端口号）　　　　各种传输协议都有默认的端...

2017-05-24 23:25:00 341

转载 Python入门--13--递归

什么是递归：有调用函数自身的行为有一个正确的返回条件设置递归的深度：import syssys.setrecursionlimit(10000)　　　　#可以递归一万次用普通的方法也就是非递归版本编写一个阶乘的程序：def jiecheng(n): result = n for i in range(1,n): resul...

2017-05-19 11:30:00 102

转载 Python入门--12--函数与变量

python只有函数没有过程函数有运行完了之后会有返回值、过程没有def back():　　return 1,'gg',2　　　　#会有返回值(1,'gg',2) #注意默认返回元祖一、全局和局部变量在函数里面想改变全局变量的值，需要加上：global XX列表或单一值二、内嵌函数def ee():　　print "123"　　def ww()　　...

2017-05-17 19:01:00 188

转载 Python入门--10--序列

一、与列表、元祖的相同与不同　　1、都可以通索引得到元素　　2、默认索引从0开始　　3、可以通过分片得到一个范围内的元素集合　　4、有很多共同的操作符二、1、list()这个函数用法　　a="we are famliy"　　a=list(a)　　会输出：['w', 'e', ' ', 'a', 'r', 'e', ' ', 'f', 'a', 'm',...

2017-05-17 12:46:00 77

转载 Python入门--9--格式化

字符串格式化符号含义符号说明 %c格式化字符及其ASCII码 %s格式化字符串 %d格式化整数 %o格式化无符号八进制数 %x格式化无符号十六进制数...

2017-05-16 15:56:00 205

转载 Python入门--番外--中文目录乱码问题

写Python的程序，读取含有中文目录下的文件，结果发现根本读取不了该中文目录下的文件，原因:通过调试发现：该文件的目录乱码,目录无法解析，自然导致无法读取文件内容解决方法:strPath = "E:\superBoard\pro_input\1.8有理数的减法\1.8有理数的减法.htm" #这里的strpath是你的中文路径名strPath = unicode(str...

2017-05-16 08:52:00 152

转载 Python入门--8--现在需要先学习可视化--包：easygui

一、安装、了解easygui下载地址：http://bbs.fishc.com/forum.php?mod=viewthread&tid=46069&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D403安装：下载后解压缩，cmd下进入压缩后的文件夹，并输入 python setup.py install说明文档：...

2017-05-11 21:25:00 161

转载 Python入门--8--字符串

一、创建、修改字符串str1='呆呆槑槑木木林林'str1[1]　　　　#输出呆str1[2]　　　　#输出' '，也就是空值str1=str[:5]+'插入乖呆 '+str1[5:]　　　　#修改字符串二、字符串函数str2=‘daixiaochou’str2.capitalize()　　　　#首字母变大写str3='SFFS'　　　　...

2017-05-11 12:49:00 99

转载 Python入门--7--元祖：列表的顽固亲戚

一、创建和访问一个元祖zheshiyige_yuanzu=(1,2,3,4,5,6)　　#创建一个元祖zheshiyige_yuanzu[1]　　　　　　　　#打印第二个元素zheshiyige_yuanzu[:5]　　　　　　　　#打印第一个元素到第五个元素　　亦可以：zheshiyige_yuanzu=1,2,3,4,5,6　　#也能创建但注意：zheshiyig...

2017-05-03 15:34:00 98

转载 Python入门--7--处理数据时学习到的东西

一、数据导入（这里使用的是pands包）import pands as pdwenjian = pd.read_csv('路径')二、数据变换print wenjian.head() #输出文件前五行print wenjian.tail()　　　#输出文件倒数五行print wenjian.columns 　　#输出列名print wenj...

2017-05-03 14:25:00 64

转载生物信息学常用的在线网站及数据库汇总

生物信息学常用的在线网站及数据库汇总汇总一下这两年发的常用的在线网站及数据库的介绍，小伙伴们可以收藏了！最新转录因子数据库及软件汇总齐全的生物信息学常用网站汇总必须要清楚的生物信息学数据库！人类癌症体细胞突变影响的数据库-COSMIC介绍蛋白质分析常用数据库及工具汇总OMIM介绍NCBI在线BLAST用法详解NCBI各数据库简介植物生物学...

2017-05-02 16:23:00 1550

空空如也

空空如也