<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[deepgener的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; deepgener]]></copyright><item><title><![CDATA[一个基于宏基因组或扩增子序列预测代谢组的工具 - melonnpan]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/100073066</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/100073066</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 26 Aug 2019 10:53:58 +0800</pubDate><description><![CDATA[一个基于宏基因组或扩增子序列预测代谢组的工具 - Melonnpan
摘要

菌群代谢组学，特别是在人类肠道中的代谢组学，开始提供一条新的途径来鉴定疾病中的功能和破坏的生态。然而，这些数据的成本很高，很难大规模获得，而扩增子或鸟枪法宏基因组测序数据对于成千上万的人群来说是现成的。在这里，描述了一个计算方法，以预测新的微生物群落中潜在的不可观察的代谢产物，给予一个模型上训练的配对代谢组和宏基因组。还...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Python 入门---PyCharm中如何创建一个工程项目]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/99345098</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/99345098</guid><author>deepgener</author><pubDate>Tue, 13 Aug 2019 20:09:29 +0800</pubDate><description><![CDATA[Python 语言的入门
Life is shot, you need Python.


Python 里面的一些小常识

Python的解释器如今有多个语言实现，我们常用的是CPython（官方版本的C语言实现），其他还有Jython（可以运行在Java平台）、IronPython（可以运行在.NET和Mono平台）、PyPy（Python实现的，支持JIT即时编译）
Python目前有两个版...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[脑肠轴必读综述 | 肠道菌群是如何影响人的情绪疾病呢？（一）]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88648111</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88648111</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 18 Mar 2019 19:35:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[脑肠轴必读综述 |  肠道菌群是如何影响人的情绪疾病呢？（一）
导语
我们先来了解下肠道微生物这个复杂的生态系统的潜力和发展。长期以来，物理学家们一直在寻求一种关于万事万物的理论，一种单一的、假设的、包罗万象的框架，用以解释和联系宇宙的所有物理方面，医学上可能在肠道微生物组中找到了自己的终极理论。

人与微生物组-万物进化的新理论
其实人可以看做一个超级生物体，人肠道中大约有10万亿个细菌存在，数...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Deepgener生信教程《生信中的统计基础》——抽样分布②]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88257854</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88257854</guid><author>deepgener</author><pubDate>Wed, 06 Mar 2019 21:34:41 +0800</pubDate><description><![CDATA[Deepgener生信教程《生信中的统计基础》——抽样分布②
介绍：

本次课程接着上一次课程接着介绍单个样本方差的抽样分布以及两个样本的抽样分布。统计学的核心是用样本推断总体，用样本的特点去概括总体的特点。本文对χ2\chi ^2χ2分布简要做一个概述，并依据χ2\chi ^2χ2分布得出样本方差的抽样分布，分析方法如下图所示。然后从一个样本推广至两个样本进行抽样分布分析。


1. χ2\ch...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[SCIENCE ADVANCES | 精神分裂症患者肠道微生物组调节小鼠谷氨酸-谷氨酰胺-GABA循环和精神分裂症相关行为]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88203006</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88203006</guid><author>deepgener</author><pubDate>Tue, 05 Mar 2019 20:46:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[精神分裂症患者肠道微生物组调节小鼠谷氨酸-谷氨酰胺-GABA循环和精神分裂症相关行为.

文献导读

很多研究表明，MGB（菌群-肠-脑）轴的紊乱可能与 SCZ（精神分裂症）的发生有关。为了解决肠脑轴的发育与精神分裂症有关，本文采用16S rRNA的方法来比较 SCZ 患者和健康对照(HCs)的肠道微生物群落，以评估微生物微生态失调是否与精神分裂症发作或精神分裂症症状的严重程度有关。然后，将SCZ...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Deepgener生信教程《生信中的统计基础》——抽样分布（1）]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88132589</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/88132589</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 04 Mar 2019 19:08:47 +0800</pubDate><description><![CDATA[Deepgener生信教程《生信中的统计基础》——抽样分布（1）
教程概述

作为本系列教程的第一次课，先说一下本系列教程的大致内容和对读者的一些要求。本系列课程以统计学的核心——“用样本推断总体”为主线，以抽样分布，统计推断，方差分析，回归分析为主要内容了解统计学的生信应用。为了减少读者的阅读困难，读者可先回顾一下概率论以及概率分布相关知识。每次教程我都会对该次内容做一个总的介绍，在教程中如果有...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Gut | 微生物胆盐水解酶在粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染中的作用]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/87809287</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/87809287</guid><author>deepgener</author><pubDate>Wed, 20 Feb 2019 17:33:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[微生物胆盐水解酶在粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染中的作用

文献导读

粪菌移植 (FMT) 可有效治疗复发性艰难梭菌感染 (rCDI)，但其使用存在缺陷，且它的作用机制仍未明。
已经有研究表明，某些胆汁酸影响艰难梭菌的萌发，rCDI与胆汁酸代谢异常之间存在相关性，但其机制尚不清楚。本篇文章证明了肠道菌群来源的胆盐水解酶 (BSHs) 的缺失可以通过扰乱肠道胆汁代谢而倾向于发生CDI，并且BSH ...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Cell | 共生菌群通过γδ T细胞促进肺癌的发展]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/87642436</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/87642436</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 18 Feb 2019 20:08:14 +0800</pubDate><description><![CDATA[共生菌群通过γδ T细胞促进肺癌的发展

重点

 肺癌发生与局部的紊乱和炎症有关
 去除共生菌群抑制肺腺癌的发展
 微生物群驱使肺癌中Vγ6+Vδ1+ T细胞的增殖和活化
 γδ T细胞促进中性粒细胞浸润和肿瘤细胞增殖

文献导读

肺癌与慢性炎症联系紧密,但导致炎症的原因和具体的免疫介质尚未完全阐述清楚。肺是一种许多细菌群体定居的粘膜组织，通常肺癌病人的肺部感染与临床结果有关。作者证明局部微生...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Nature 综述 | 肠道微生物组相互作用的规则]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86716473</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86716473</guid><author>deepgener</author><pubDate>Thu, 31 Jan 2019 17:28:42 +0800</pubDate><description><![CDATA[
肠道微生物组相互作用的规则


文献导读

在人类中，生态位特异性胃肠道微生物组影响益生菌微生物的定植成功。使用预扰动自体粪菌移植可以使抗微生物扰动后的微生物组合成功最容易。

文献信息

英文标题：Rules of engagement in the gut micro biome
中文标题：肠道微生物组相互作用的规则
作者信息：Elze Rackaityte(第一作者）Susan V. Ly...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Microbiome | 基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶 (BSH) 基因的分类特征和种群模式]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86694133</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86694133</guid><author>deepgener</author><pubDate>Tue, 29 Jan 2019 18:56:26 +0800</pubDate><description><![CDATA[基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶 (BSH) 基因的分类特征和种群模式

文献导读

BA （胆汁酸）由肝细胞中的胆固醇合成，之后进一步与氨基酸甘氨酸或牛磺酸结合形成胆盐并转移至肠道。此外，去结合的胆汁酸充当信号分子促进GLP-1的分泌，激活多种受体和影响不同的代谢物过程导致各种疾病。鉴于肠道微生物群在胆汁酸代谢中的重要作用，且胆盐水解酶（BSH）在胆汁酸介导的信号通路中也发挥重要作用，如...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[胆碱：一种对公众健康来说的必需营养素]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86682388</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86682388</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 28 Jan 2019 20:31:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[胆碱：一种对公众健康来说的必需营养素


文献导读

早在1998年，胆碱被美国国家医学院（IMO）认为是一种必需的营养素，但是由于遗传多态性，胆碱的膳食需求量存在着显著的差异。胆碱对人体代谢起着广泛的作用，从细胞结构到神经递质的合成，因此胆碱的缺乏目前被认为会对肝脏疾病，动脉粥样硬化和某些神经性疾病有影响。胆碱存在于各种各样的食物中，蛋黄是美国饮食里最主要的来源。各个年龄阶段的人群对胆碱的摄入都...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Mucosal Immunology | 胃肠道内的NADPH氧化酶类和活性氧信号通路]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86650911</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86650911</guid><author>deepgener</author><pubDate>Fri, 25 Jan 2019 19:20:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[
胃肠道内的NADPH氧化酶类和活性氧信号通路

导读

活性氧类(Reactive oxygen species, ROS)，起初被分类为是一种有氧代谢产生的毒性副产物，被称为是一把双刃剑。当考虑到宿主防御和氧化还原信号以及受到炎症和退行性疾病的威胁时，ROS被认为是必不可少的。NOX/DUOX NADPH氧化酶类是产生ROS的唯一来源，因为其表达的广泛性和调控的复杂性使得ROS可以在细胞内和细...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[用各种分子生物法分析婴幼儿肠道微生物]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86630507</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86630507</guid><author>deepgener</author><pubDate>Thu, 24 Jan 2019 17:28:49 +0800</pubDate><description><![CDATA[
用各种分子生物法分析婴幼儿肠道微生物



中文标题：用各种分子生物法分析婴幼儿肠道微生物
日文标题：各種分子生物学的手法による乳幼児腸内細菌叢の解析
作者信息：中山二郎 (九州大学教授）
通信作者：園元謙二
通信地址：九州大学大学院农学研究院生物机能科学部门

背景和目的
许多研究表明益生菌可以改善或预防过敏性疾病。然而，在没有益生菌干预的情况下，研究过敏人群和非过敏人群细菌组成差异的研究并不...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[肺肠轴——看不见的Crosstalk]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86615904</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86615904</guid><author>deepgener</author><pubDate>Wed, 23 Jan 2019 19:01:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[
肺肠轴——看不见的Crosstalk
文献导读

肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为&amp;quot;被遗忘的器官&amp;quot;。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像&amp;quot;肠脑轴&amp;quot;，&amp;quot;肠肝轴&amp;quot;和&amp;quot;肺肠轴&amp;q]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86600383</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86600383</guid><author>deepgener</author><pubDate>Tue, 22 Jan 2019 19:53:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染

文献导读

与16S rRNA测序相比，使用鸟枪法宏基因组测序不仅可以更加深入地了解样本中微生物的分类和功能，也可以避免PCR扩增带来的偏差。然而，对于来源于真核宿主的样本来说，宿主DNA的污染不可避免。因此，使用鸟枪法进行微生物宏基因组测序时，测序深度往往会受到很大影响。如果能在测序之前去除样本中的宿主DNA，使用鸟枪法对...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Lancet Diabetes Endocrinol | 低碳水化合物饮食对2型糖尿病患者受用吗？]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86582495</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86582495</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 21 Jan 2019 18:53:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[Lancet Diabetes Endocrinol | 低碳水化合物饮食对2型糖尿病患者受用吗？

文章导读

低碳水化合物饮食作为2型糖尿病管理的策略，长期以来一直为科学界和大众所关注，但该话题仍存在很大争议。主要表现在低碳水化合物定义的差异是常见的混淆因素，就如低碳水化合物饮食处方的范围可以从生酮饮食（一般每天 &amp;amp;lt;50g 碳水化合物）到食物中可含有自碳水化合物的 45 %能量。此外，包...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Science | 使用细胞热移位测定法鉴定嘌呤核苷磷酸化酶作为奎宁的靶标]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86514500</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86514500</guid><author>deepgener</author><pubDate>Thu, 17 Jan 2019 18:29:01 +0800</pubDate><description><![CDATA[使用细胞热移位测定法鉴定嘌呤核苷磷酸化酶作为奎宁的靶标
文献导读：
细胞热转变分析实验（CETSA）最初是为了帮助抗癌药物靶向研究而开发出来的方法，它是第一种广泛应用无标签方法来研究药物靶向完整细胞的方法。
这项技术是根据热展开蛋白在细胞中迅速沉淀后通过监测heat challenge后剩余的可溶性蛋白来测量融化曲线的。这与使用纯化蛋白的经典热转移实验类似，配体结合通常导致蛋白稳定和熔融温度（tm...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[肝肠轴——看不见的Crosstalk]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86483193</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86483193</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 14 Jan 2019 20:10:15 +0800</pubDate><description><![CDATA[
肝肠轴——看不见的Crosstalk
文献导读

肠道菌群是指存在于宿主肠道内的微生物，它参与了宿主多种重要的生理作用，如影响机体的营养代谢、调节机体免疫系统的发育与成熟及抗菌作用，因此肠道菌群又被人称之为&amp;quot;被遗忘的器官&amp;quot;。随着科学技术的发展，人们逐渐意识到到肠道菌群与全身各个系统的疾病的发生发展都存在着密切的关联，从而提出一些像&amp;quot;肠脑轴&amp;quot;和&amp;quot;肠肝轴&amp;quot;等名词。

背景介绍
肠道微生物组]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[你知道细菌定植的策略吗？]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86252496</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/86252496</guid><author>deepgener</author><pubDate>Thu, 10 Jan 2019 20:10:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[
肠球菌如何在哺乳动物肠道中定植


导读
肠道菌可以定植在哺乳动物的胃肠道(GIT)中，通常与宿主健康关联。但是肠球菌也会引起宿主的一些疾病。另外，肠球菌因为其固有的和可获得的抗生素抗性，所以在用抗生素治疗期间也可以进行增殖，导致其传播产生疾病。认识到能够在GIT中定植是肠球菌感染的先决条件，引起了研究人员利用肠球菌来研究生态位定植的机制的兴趣。本综述讨论了最近研究的一些主要发现，用于了解肠球菌...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[笔记分享 | 免疫组化染色Protocol]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/85998469</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/deepgener/article/details/85998469</guid><author>deepgener</author><pubDate>Mon, 07 Jan 2019 15:00:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[组织脱蜡和组织清洗

组织切片样本通过脱蜡处理（这里的脱蜡和HE脱蜡一样，脱至70%酒精溶液时停止，然后在流水中冲洗10 min)。
10 min冲洗之后把切片放进クン酸水溶液中浸泡，クン酸用多少根据你的切片组织位置来判定（关键是要把组织全部浸泡到）。
把步骤2中浸有切片组织的クン酸放在Micro wave 内加热直至クン酸溶液沸腾为止（600W的电磁炉一般3分钟即可），沸腾之后马上开始计时并且进...]]></description><category></category></item></channel></rss>