Calling sequence for creating and configuring a table view

博客围绕创建和配置表格视图的调用顺序展开,虽无具体内容,但可知核心聚焦于表格视图在创建与配置时的调用顺序这一信息技术相关要点。

table_view_setup.jpg

根据原作 https://pan.quark.cn/s/459657bcfd45 的源码改编 Classic-ML-Methods-Algo 引言 建立这个项目,是为了梳理和总结传统机器学习(Machine Learning)方法(methods)或者算法(algo),和各位同仁相互学习交流. 现在的深度学习本质上来自于传统的神经网络模型,很大程度上是传统机器学习的延续,同时也在不少时候需要结合传统方法来实现. 任何机器学习方法基本的流程结构都是通用的;使用的评价方法也基本通用;使用的一些数学知识也是通用的. 本文在梳理传统机器学习方法算法的同时也会顺便补充这些流程,数学上的知识以供参考. 机器学习 机器学习是人工智能(Artificial Intelligence)的一个分支,也是实现人工智能最重要的手段.区别于传统的基于规则(rule-based)的算法,机器学习可以从数据中获取知识,从而实现规定的任务[Ian Goodfellow and Yoshua Bengio and Aaron Courville的Deep Learning].这些知识可以分为四种: 总结(summarization) 预测(prediction) 估计(estimation) 假想验证(hypothesis testing) 机器学习主要关心的是预测[Varian在Big Data : New Tricks for Econometrics],预测的可以是连续性的输出变量,分类,聚类或者物品之间的有趣关联. 机器学习分类 根据数据配置(setting,是否有标签,可以是连续的也可以是离散的)和任务目标,我们可以将机器学习方法分为四种: 无监督(unsupervised) 训练数据没有给定...
m6A(N6 - 甲基腺苷)是真核生物mRNA中最常见的一种转录后修饰,m6A peak calling旨在识别RNA序列中发生m6A修饰的位点。 ### 原理 m6A peak calling的核心原理基于高通量测序数据,通过比较实验组(通常是经过特定处理以富集m6A修饰RNA的样本)和对照组(未进行富集或采用不同富集策略的样本)的测序信号差异,找出在实验组中显著富集的区域,这些区域即为潜在的m6A修饰位点。一般假设m6A修饰会导致RNA与抗体结合能力、酶切敏感性等发生变化,从而在测序数据中表现出独特的信号特征。 ### 方法 - **基于抗体富集的方法**:利用特异性识别m6A的抗体对RNA进行免疫沉淀,将含有m6A修饰的RNA片段富集出来,然后进行高通量测序。通过分析测序数据中reads的分布情况,确定m6A peak。例如MeRIP - seq(m6A RNA immunoprecipitation sequencing)技术,先将RNA片段化,然后用抗m6A抗体进行免疫沉淀,富集含有m6A的RNA片段,最后进行测序。 - **单碱基分辨率方法**:借助一些能够识别单碱基水平m6A修饰的技术,如miCLIP(m6A individual - nucleotide - resolution cross - linking and immunoprecipitation)。该方法通过紫外线交联使抗体与m6A修饰位点紧密结合,经过一系列处理后进行测序,测序时会在m6A修饰位点产生特征性的突变或截断信号,从而实现单碱基分辨率的m6A peak calling。 ### 工具 - **MACS2**:原本是用于ChIP - seq数据的peak calling工具,也可经过适当调整后用于m6A peak calling。它通过建模背景噪声,利用统计检验来识别显著富集的区域。其原理是基于泊松分布模型,计算每个区域的富集程度,当富集程度超过一定阈值时,将该区域判定为peak。 ```python # MACS2命令行示例 macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -f BAM -g hs -n m6A_peaks ``` - **exomePeak2**:专门为m6A peak calling设计的工具。它考虑了RNA转录本的结构信息,能够更准确地识别m6A peaks。该工具基于负二项分布模型,对实验组和对照组的测序数据进行建模,通过假设检验找出差异显著的区域作为m6A peaks。 ```R # exomePeak2 R语言代码示例 library(exomePeak2) bam_files <- c("treatment1.bam", "treatment2.bam", "control1.bam", "control2.bam") sample_type <- factor(c(rep("treatment", 2), rep("control", 2))) exome_analysis <- exomePeak2(bam_files = bam_files, sample_type = sample_type) peaks <- call_peaks(exome_analysis) ```
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