如何将tiff转成金字塔格式tiff

因课题需要处理tiff格式的病理切片文件，在用openslide读取时发现tiff只有一个最大分辨率下的level dimension，不方便后续处理。

因此需要将tiff改成openslide支持的generic tiled tiff，具体步骤如下：

根据官方引导下载vips，博主用的MacOS，所以直接brew install vips就可以了嘿嘿

下载成功后在命令行输入

vips tiffsave input.tif output.tif —-compression jpeg —-tile —-pyramid

input.tif对应原tif文件的路径，output.tif对应生成文件的路径

为方便批量转换，简单写了个shell脚本

#!/bin/zsh

for FILE in $(ls ori_tif_dir)
do
	input_file="./ori_tif_dir/${FILE}"
	output_file="./new_tif_dir/${FILE}"
	# echo ${input_file}
	echo "${FILE} is processing..."
	vips tiffsave ${input_file} ${output_file} --compression jpeg --tile --pyramid
done

另：如果tiff本身就已经是金字塔格式，只想把它从opslide.imageslide改成opslide.openslide，则可以用如下命令（作者的终端默认的是zsh的shell࿰