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3Dslicer配准学习记录

220817-金坛MR数据导入Monaco报错解决记录

itk-snap无法读取金马扬名导出的MR，santeDICOM Viewer可以。下面代码使用matlab借助CT的头文件重新MRpatient_path = 'C:\Users\MrXie\Desktop\ART-CMR148167';patient_outpath = [patient_path, '_out'];if ~exist(patient_outpath, 'dir') mkdir(patient_outpath)endnames = dir(patient_path);

金马扬名导出CT的seriesID不是一致的，所以一个患者CT导入itk-snap会被分成一个，如下进行更改seriesID。MR这钟方法不可行，需借助notebook++.patient_path = 'C:\Users\MrXie\Desktop\CMR148167-CCT374784';patient_outpath = [patient_path, '_out'];if ~exist(patient_outpath, 'dir') mkdir(patient_outpath)end

Matlab读取mhd文件并转为dcm，做此记录，后续再进行更改。clc; clear; close allid = fopen('CT_FCN/CT_predicted_3.raw');imgs = fread(id,'int16');%以'short'数据类型打开，因为本人存储的raw数据是以short保存的imgsize = size(imgs);%读出的图像的size为n*1大小rows = 320;%根据mhd文件的图像大小设定clos =192;nums = imgsize(1)/

引文：放疗中常用通过率，一种是使用matrixx软件(比较平面)，ArcCheck软件(比较探头所在平面)，另一种是使用代码，这里仍然来自Niubi高，做此记录，不然下次就找不到了。gamma2.mfunction [Ir,r] = gamma2(img,I,ra,dta,ps)%绝对剂量伽马分析；img为参考剂量分布图，I为计算剂量分布，Ir为gamma因子分布，r为通过率,ps为pixelspacingmaximg=double(max(img(:))); %小数除以整数会得到错误结果[sx,

引文：前阵子林老师使用双能CT，导出文件Monaco导入报错，但在软件上可以正常读出，原因是方向[1,0,0,0,1,0]改动了，变成[0.999,0,0.01,0,0.99,0.01]这样。直接改回成[1,0,0,0,1,0]仍不能导入monaco，于是借尸还魂，使用替他头文件写入。PS：先用ImageJ检测dcm顺序与图像顺序是否统一，不然需要做resort操作。我另一篇文章写过。clc; clear all ; close all;%%for j = 1:5 path = ['G:\0

引言Matlab图像处理中，有时需要获得鼠标在图像中点击的坐标值，以下是调用代码。代码如下：function [x,y]=get_cursor_value(image,title_name)% img=dicomread(image); fig=figure; imshow(image,[]) title(title_name); title(title_name,'Interpreter','none') set(gcf,'position',[0,

引言默写情况下，dcm文件导出后虽然名字为1001.dcm，1002.dcm，…，但是并非连续的，1002.dcm可能是第10层，为了后续后处理，前期可以将dcm文件序号和层数对应上代码如下：clc;clear;close all;%%patients = dir('data_czey/Y*');for ii = 1:numel(patients) % 遍历病人 patientname = patients(ii).name; disp(['----------------

记录Matlab读取StrctrSets.dcm文件（轮廓dcm)，但这里读取的是坐标信息，还需要与原始CT dicom结合，将坐标转化为矩阵，这里没有尝试了。参考：How to display DICOM RT structureclc;clear; close all;info=dicominfo('Y201040_StrctrSets.dcm');% contour = dicomContours(info); % R2020b新版中有，2016b无% contour.ROIsstruc

放射科的CT大多数是5 mm，有时需要插值成1 mm，这里是医工所的曹老师写的代码，在此做个记录，学习一下。clear;clc;%程序功能：读取dicom文件，并将其插值为1mmfolderPath = 'Y180521\';outFolderPath = 'out\';folderInfo = dir(folderPath);fileNum = size(folderInfo,1)-2;outFileNum = 0;fileIndex = [];instanceNumber = [];

在二维CT dicom去除床板时，当手臂与身体分开时，手臂也会消失，这里代码来至niubi Gao，做此记录。function [img3d]=read3DCT(rootdir)%读取CT或者CBCT到三维矩阵if rootdir(end)~='\' rootdir=[rootdir,'\'];endiname=dir(rootdir);n=length(iname)-2;y(n)=0;for i=1:n filename=[rootdir,iname(i+2).name];

处理医学图像程序收集记录,后续继续更新https://github.com/ChoiDM/Medical-Data-Analysis-using-Python

医学影像重采样利用simpleITK:import SimpleITK as sitk"""resample"""def resampleVolume(outspacing,vol): """ 将体数据重采样的指定的spacing大小\n paras： outpacing：指定的spacing，例如[1,1,1] vol：sitk读取的image信息，这里是体数据\n return：重采样后的数据 """ outsize = [0

用UltraEdit打开，E07F表示数据开始（选择向下搜索），下图是一个CT的dcm，配合ImageJ观察dcm是big endian，就是30 F8其实表示F8 3030 F8表示-3024（-2000）FF 0F表示3071（4095）一般的先加上1024，先判断是否为负数，是的话用Matlab进行dec2bin（2^16-20）（原本应该负数取绝对值，然后取反加一），正数则直接生...