<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[crewkickse的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; crewkickse]]></copyright><item><title><![CDATA[使用linux命令行语句对一系列sequence进行反向互补]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135757299</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135757299</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Mon, 22 Jan 2024 20:11:00 +0800</pubDate><description><![CDATA[【代码】使用linux命令行语句对一系列sequence进行反向互补。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[如何在R studio中丝滑地切换不同R版本]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135701665</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135701665</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Fri, 19 Jan 2024 16:42:58 +0800</pubDate><description><![CDATA[【代码】如何在R studio中丝滑地切换不同R版本。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[AnnData.raw对象]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135538404</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/135538404</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Thu, 11 Jan 2024 20:37:52 +0800</pubDate><description><![CDATA[可以通过检查 AnnData 对象的数据矩阵中是否存在非零负值来判断它是否已经被对数化。如果数据矩阵中存在非零负值，那么可以推断 AnnData 对象已经进行了对数转换。1.如何判断Scanpy 的 AnnData 对象是否已经被对数化？]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[如何解决一直出于CG状态的作业？]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/132313107</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/132313107</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Wed, 16 Aug 2023 10:02:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[【代码】如何解决一直出于CG状态的作业？]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[记录一下莫名其妙登录不上网页端R stusio的经历]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/132219339</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/132219339</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Thu, 10 Aug 2023 21:54:36 +0800</pubDate><description><![CDATA[某天下午当我正在服务器运行R时，忽然R崩溃了，并且我关闭当前session后就再也登录不上去了，报错信息如下：在linux运行rstudio-server status显示active(running)，但在网页端打开rstudio server并且显示报错：Couldn't connect to R session on R studio server ,Unable to connect to service(1）。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[记录RcppTOML包安装-2023.07.13]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131696252</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131696252</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Thu, 13 Jul 2023 10:09:38 +0800</pubDate><description><![CDATA[【代码】记录RcppTOML包安装-2023.07.13。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[从SRA生成fastq文件中碰到的一些问题]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131531452</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131531452</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Tue, 04 Jul 2023 11:27:33 +0800</pubDate><description><![CDATA[在单细胞RNA测序中，通常使用双端测序技术，其中每个细胞的mRNA转录本被逆转录成cDNA，并通过Illumina测序仪进行两次测序，分别获得Read 1和Read 2的测序数据。Cell Ranger的输入是原始的双端测序的FASTQ文件，因此你应该使用`fastq-dump`命令生成的R1和R2文件，这两个文件包含了双端测序数据的配对读取（read）。通过生成这三个文件，可以保留并处理SRA文件中的所有测序数据，包括配对的读取（read）和未配对的读取（read），以便进一步的分析和处理。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[samtools各种flag的含义]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131513734</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131513734</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Mon, 03 Jul 2023 13:27:37 +0800</pubDate><description><![CDATA[所以在bam文件中的第二列，即flag列的值代表这条序列符合上述所有条件的值的和，所以根据这个flag我们可以确定这条序列究竟是read1 还是read2。256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的。8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上。上面的这几个标签都是2的n次方，这样的数列有一个特点，就是随机挑选其中的几个，它们的和是唯一的，比如。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[ATACseq数据处理-补充/修正]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131405651</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131405651</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Mon, 03 Jul 2023 13:19:51 +0800</pubDate><description><![CDATA[fastqer-dump获得双端fastq文件后。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[使用EBI下载SRA/fastq文件]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131258700</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/131258700</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Sat, 17 Jun 2023 13:00:30 +0800</pubDate><description><![CDATA[中搜索GSE号等信息（如：GSE154290），找到所需的项目，点击项目号进入看到Read files栏目，勾选所有需要下载的fastq文件，点击上面的Get download script可以获得项目对应wget命令的.sh脚本.在linux中输入命令如nohup bash 20230617-0453.sh & 即可后台下载。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[从SRA数据下载开始学习ATACseq数据分析]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/130982674</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/130982674</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Sat, 17 Jun 2023 11:25:19 +0800</pubDate><description><![CDATA[第2行储存的是序列信息，正常情况都是用ATCG四个字母表示，但是当测序仪无法准确分辨该位置的序列信息时，会以N来代指此处的序列信息；第4行存储的就是第2行每一个碱基的测序质量信息，其中的每一个符号所对应计算机的ASCII值是经过换算的phred值，而phred值等于33-10*logP，这里的P代表该位置测序发生错误的概率，简单来说，如果某个位置测得的序列十分可信，那么意味着该位置发生错误的概率极小，所以phred值就很大，即该值越大，说明测序的质量越好。明码标价之ATACseq｜生信菜鸟团。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[为linux添加环境变量]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/130981931</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/crewkickse/article/details/130981931</guid><author>crewkickse</author><pubDate>Thu, 01 Jun 2023 09:45:03 +0800</pubDate><description><![CDATA[export。]]></description><category></category></item></channel></rss>