shell数值操作(四则运算，浮点数，科学计数法）---awk,bc

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原创最新推荐文章于 2026-09-29 11:13:55 发布 9.5k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

BAM转BigWig实战指南：从基因组数据到可视化信号的高效转换在基因组数据分析中，序列比对文件（BAM）是存储测序数据比对结果的基础格式。为了进行高效的基因组区域可视化、信号强度分析和跨样本比较，需要将BAM文件转换为支持快速随机访问的压缩索引格式。BigWig格式正是为解决这一问题而设计，它采用行程长度编码（RLE）和索引技术，大幅压缩文件体积，并允许在常数时间内查询任意基因组区间的信号密度。这一转换在基因组浏览器（如UCSC Genome Browser）和下游分析工具（如deepTools）中具有重要价值。本文聚焦于**BAM文件**到**BigWig文件**的阅读详情

两个文件对应行的数值进行数值计算

#!/bin/bash
#use awk to handle Scientific notation
#use bc to handle float

for loop in 1
do
     d=`ls ./performance.v1/${loop}thread/*.ori `

      for f in $d
      do
         echo $f
         line=`cat $f | wc -l`

        rm ${f}-minus
#       for ((i=1;i<=$line;i++))
           for i in `seq $line`
         do
          file1=` awk '{ if(NR=='"$i"') print $2}' ${f} `

#NR代表行号
          echo $file1
     file2=` awk '{ if(NR=='"$i"') print $2}' ${f/v1/v2/} `
#     字符串替换 ${f/v1/v2/} `

echo $file2

if echo $file1 | grep "E"
then
result=`echo "$file1 $file2" | awk '{print "%f",$1-$2}'`

# awk可以对科学计数法进行计算
echo $result>>${f}-minus
echo "result"

else

result=` echo "$file1 - $file2" | /home/xuanji/bc-1.06/bc/bc`

#bc可以处理浮点数
          echo $result
          echo "result"
        echo $result >>${f}-minus

fi
          done
      done
done

2 参考代码：

shell脚本，一行一行比较两个文本文件。 shell脚本，对一行一行读取文本文件得到的那一行数据进行字符串

2012-11-12 15:58 提问者： ShiJingCai075 | 浏览次数：376次

以逗号分割。
比如文本文件的数据：
group1，table1，name，1
group2，table1，name，2

我来帮他解答

满意回答

2012-11-12 18:28

没明白你的意思，就写了一个判断两个文件对应行是不是相同。在线的话就追问我。
line=`cat file1|wc -l`
for ((i=1;i<=$line;i++));do
  file1=`awk 'NR="'$i'"{print $0}'` file1
  file2=`awk 'NR="'$i'"{print $0}'` file2
  if [ $file1 == $file2 ];then
    echo line $i looks same!
  else
    echo line $i looks different!
  fi
done

追问

对读取的一行一行的文件内容以逗号分割，我现在已经做出来了，比如这种：
fileGroupId=`echo $line | awk -F ',' '{ print $1; }'`
columnName=`echo $line | awk -F ',' '{ print $7; }'
##然后比较。
if [[ $fileGroupId != $groupParam ]]; then

网址：http://zhidao.baidu.com/question/496930297.html

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