文献管理

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算起来从05年读研开始到现在也快三年的时间了。在这段时间里，实验做得不是很多，文献 倒是读了不少。原因呢，可能是老板也发现了我这个人属于那种眼高手低的人，干脆就让我做个文献阅读器了。从研一到现在每当老板脑子里出来一个想法，出来几 个关键词，好了，下一步的工作就是交给我查阅和整理文献了。大家有空可以看看我发在论坛里的几个ppt，关于光催化、无铅压电陶瓷，微波介质陶瓷，纳米 ZnO，此外关于Raman光谱、多铁性材料。。。算起来前前后后看过——当然只能说看过，因为大部分都只是走马观花，没有精读——的文献应该不下三四百 篇了。我估计每个方向单拿出来写个中文综述都差不多够了，可惜中文要版面费，想来老板也不会给出 

说了这么多废话，进入正题吧。有人也许会问，你是怎么看文献的，特别是一个以前没有接触的陌生领域。我的方法是，先看中文综述，然后是中文博士论文，而后 是英文综述，最后是英文期刊文献。这样做的好处是，通过中文综述，你可以首先了解这行的基本名词，基本参量和常用的制备、表征方法。

我觉得这点很重要，因为如果直接英文上手的话，一些基本名词如果简单的想当然的翻译，往往会将你引入误区或造成歧义。同时中文综述里要包含了大量的英文参考文献，这就为后续的查找文献打下一个基础。

中文博士论文，特别是最近几年的，其第一章前言或是绪论所包含的信息量往往大于一篇综述的。因为它会更加详细的介绍该领域的背景以及相关理论知识，同时里面往往会提到国内外在本领域做得比较好的几个科研小组的相关研究方向。通过阅读就可以更清楚理清一个脉络。

英文综述，特别是那种invited paper 或是发表在高if期刊上的，往往都是本领域的牛人们写的。对此要精读，要分析其文章的构架，特别要关于作者对各个方向的优缺点的评价以及对缺点的改进和展 望。通过精读一篇好的英文综述，所获得的不只是对本领域现在发展状况的了解，同时也可以学会很多地道的英文表达。


最后就是针对自己的课题查找阅读相关英文文献了。现在各大学图书馆里面的数据库都比较全，即使没有也可以通过网络上多种手段获取文献了。所以说文献的获取不是问题，问题在于查什么样的文献和怎么具体阅读整理文献。根据我的体会，我觉得有以下四类英文文献是我们所需要的：

1.本领域核心期刊的文献。不同的研究方向有不同的核心期刊，这里也不能一概唯if论了。比如说陶瓷类的核心期刊美陶的if也不过1.5几，但上面的文章 特别是feature artical还是值得仔细阅读的。当然，首先你要了解所研究的核心期刊有哪些，这个就要靠学长、老板或者网上战友的互相帮助了。

2.本领域牛人或者主要课题组的文献。每个领域都有几个所谓的领军人物，他们所从事的方向往往代表目前的发展主流。因此阅读这些组里的文献就可以把握目前 的研究重点。这里有人可能要问，我怎么知道谁是牛人呢？这里我个人有两个小方法。第一是在ISI检索本领域的关键词，不要太多，这样你会查到很多文献，而 后利用ISI的refine功能，就可以看到哪位作者发表的论文数量比较多，原则上一般发表论文数量较多的人和课题组就是这行里比较主要的了。还有一个方 法，就是首先要了解本领域有哪些比较规模大型的国际会议，而后登陆会议主办者的网站一般都能看到关于会议的invited speaker的名字，做为邀请报告的报告人一般来说都是在该行有头有脸的人物了，呵呵

3.高引用次数的文章。一般来说高引用次数（如果不是靠自引堆上去的话）文章都是比较经典的文章，要么思路比较好，要么材料性能比较好，同时其文笔应该也不赖的话。多读这样的文章，体会作者对文章结构的把握和图表分析的处理，相信可以从中领悟很多东西的。

4.最后就是当你有了一定背景知识，开始做实验并准备写论文的时候需要看的文献了。我个人的经验是，首先要明确一点，你所做的实验想解决什么问题？是对原 有材料的改进还是创造一种新的材料或者是新的制备方法，还是采用新的表征手段或是计算方法。明确这一点后，就可以有的放矢查找你需要的文献了。而且往往当 你找到一篇与你研究方向相近的文章后，通过ISI的反查，你可以找到引用它的文献和它引用的文献，从而建立一个文献树，更多的获取信息量。


此外，我想提到的一点就是关于文献的整理。很多时候大家下文献都是很盲目，抱着一种先下来再说的思想。往往下来的文献不少，但只是空占者磁盘空间。不经过整理归类的文献就不是自己的文献，那根据什么来分类呢？

我有一个比较简单实用的方法，适用于那些拥有大量未读文献的。就是只关心三点：文章的前言的最后一部分（一般这部分都是提出作者为什么要进行这项工作，依 据和方法），文章中的图表（提出采用的表征方法以及性能变化）和结论（是否实现了既定目标以及是否需要改进）。当然，如果全部精读相信工作量也不小。我的 看法是尽可能用50个字左右来归纳文章，说白了就是文章的目的（如改进某个性能或提出某种方法）＋表征手段（如XRD，IR，TEM等）＋主要结论（如产 物的性能）。当你按照这个方法归纳整理几十篇文献后，自然会有一个大致的了解，而后再根据你的笔记将文献分类整理，当你在写论文需要解释引用时再回头精 读，我觉得这样会提高效率不少。具体管理方法可以看我的另一个帖子http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=990354 

说起来也有点惭愧，暑假中因为文章的作者地址问题跟老板闹掰了（具体的细节我是不想谈了，很郁闷就是了），加上自己对老板的学术态度实在不是很认同和老板马上就要调走的事实，想来想去决定了一件对我的科研生活非常重要的事——换导师，换课题。

于是，从无机非金属的微波介质陶瓷领域来到相对陌生的高分子的生物医用材料（我本科的专业是高分子，所有对于一些基本概念和理论心里还是有一些概念；加上 女友的方向就是生物医用材料，平时的熏陶也了解了这个领域的一些皮毛，至少知道了是做什么：））。我相信一般人都会感到不可理解，毕竟我放弃了三年的基础 由于我是硕博连读生，没有硕士学位。和已经取得的一些成果（我已经以第一作者和论文写作者身份发表了6篇文章，还有一篇正在小修，其中有三篇发表在陶瓷领 域里较高档次的杂志：美陶，相对于本专业的其他同学，我的成果已经够提前毕业的条件了），来到一个新的实验室，开始新的课题。不过既然已经选择了放弃和重 新开始，就得坚持走下去——哪怕是咬着牙。

好了，废话不说，开始本文的主题，文献阅读。
我之前在论坛里发了一个帖子：我的文献阅读、分类、整理经验http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=844614 ，里面谈了一些我对文献阅读、整理的一些看法。现在我换了新的课题，自然还是要从文献开始，了解新的陌生的领域，并试图从中找出与自己实验室条件相契合的方向，为自己开始的新课题做好基础准备。

首先是文献的搜索。这是比较的关键一步，毕竟面对浩如烟海的文献，如何提取其中（哪怕是粗略提取）属于自己想要的东西也是一个很重要的技巧。关于文献的搜 索，论坛里面有很多相关的帖子介绍经验，这里我只说说我自己的。首先是关键词的确定，然后在中国期刊网中和ISI中输入最主要的关键词，首先选择综述类的 论文，也就是ISI中review类的论文。这里也有个技巧，reivew最好选取最近几年发表的，因为发表时间越近里面包含的文献越新，更有利于从中了 解该领域发展的动态。同时也可以利用ISI的排序功能，按照引用次数选取本领域的经典文献——一般引用率高的文献都是比较好的。这里有人说，这样搜索有些 盲目，特别是英语基础不好，专业词汇还不太熟的时候面对文献很难下手。这时，我建议在中国期刊网中的博士论文里搜索看是否有相关的博士论文发表，因为一般 博士论文的前言都是对该领域的评述，对于一些名校博士其前言的信息量甚至超过了普通期刊的综述。一般看过之后都会加深对课题的理解（同时，当课题深入后， 还可以借鉴他们的研究手段，测试表征方法）。

看过一部分中英文综述之后，应该静下心来理清一些思路。最好能自己作出一个小结来描述一下当前领域的发展。当然不是要求看过综述就写综述，这里说的是要锻 炼自己的归纳总结能力，根据别人的大综述提炼出自己的小综述。不要小看这个二次总结的过程，从中可以对研究领域有进一步的了解，也能更加明确自己的方向。

科研的开始就是一个把书读厚，再读薄，最后再读厚的过程。看综述就是一个读厚的过程，因为这时是来者不拒，大量知识一起囤积，不管多少先混个脸熟。等到了 一定基础，就该细化方向，抓住重点了——也就是结合实验室条件和老板的课题，选择属于自己的契合点了。这个时候，关键词就变多了，在ISI上搜索的文章数 也会大量减小。这里我还是推荐要重点关注三方面的文章：1.引用次数高的文章（一般来说这都是领域里的经典文献，也就是我们写论文时前言里面必须要引用的 那些）2.本领域核心期刊的相关新文献（一般这些文献反映了领域内的最新进展）3.本领域核心小组的系列文献（可以借鉴牛人们是如何将课题做深做细的）。 对于如何确定自己研究领域的核心期刊和核心小组，可以看看论坛里面的相关帖子（我在http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=844614 里面也有所介绍）或者与虫友、学长、老师们交流。

精读上述文献就是又一个读厚的过程。关于文献的阅读顺序和重点，我个人有很多自己的体会（杂七杂八地过去三年半看了四五个不同领域的共计将近600多篇文献，多少也悟出了一些道理）。

首先是通过题目和摘要进行初步筛选，判断文章的内容是否相关。这种能力一般是需要首先阅读了一些文献后得到的经验体会。而后关注前言和结论。前言一般都是 一个小综述，作者会在其中交代研究的背景，尚存在的问题和自己研究的创新点。很多时候，会从前言的引用文献中得到很多你想要的文献（文献反查），而且在阅 读的过程中会进一步加深对领域的发展的理解以及牛人们如何说服审稿人自己工作重要性的语言技巧（写作的技巧有时候比漂亮实验数据更能打动审稿人，这也就是 为什么同样的数据牛人们可以发到Science, Nature而我们只能发到xx大学学报的原因了）。阅读结论部分可以快速得到文章的目的和结果，从中可以知道作者做了些什么，得到哪些重要成果。这里我 得出了一点经验，就是abstract和conclusion的区别，摘要一般写的是用了哪些方法表征，得到了哪些趋势；而结论写得则是表征得到的结果以 及实验的总结。所以看结论要比摘要得到的信息量更大。

在读完前言和结论后，大概对文章基本内容也有了初步了解，对作者工作是否与自己课题相关也应该有了初步印象并作出了判断是否要继续精读。如果需要，我的看 法是先看表和图。因为这是比较直观形象的数据，有些文章还会给出反应和实验现象的示意图，这可以将文字立体化。通过对图表的分析，得到自己想要的东西。这 里我认为文献没有必要面面俱到的精读，只需要把握自己所需要的那一部分就够了。因为太多的细节都一一细品反而浪费了时间，失去了重点。比如一篇长文章做了 很多表征，但我认为需要重点关注的是现在实验室或学校里具备的表征方法和本课题必须要做的表征方法。因为有的表征仪器并不是所有实验室都能有的（如果对这 些数据纠缠不休的话实在对自己的课题意义不大）。这里还要补充一句，我认为表征可以分为两类：基本表征和性能表征。基本表征包括XRD（无机非），IR和 NMR（高分子），XPS（表面），这类表征很重要，因为它们表征了实验是否合成了预期的产物或者反应是否完全；但另一方面，这类表征并不是需要重点关注 的。因为我们知道，出现在论文里面的这些表征数据肯定是正面的（要是反面的不就说明实验失败了吗：）），所以对于了解实验工作的重点意义不是很大（当然不 是说表征没有意义）。而性能表征才是应该关注的重点，举例来说，对于我以前做的微波介质陶瓷，三个性能参数（Er，Qf和Tf）的数据就是衡量材料好坏的 标准，对于其他领域也有各自关注的性能参数变化——而这正是论文的精髓所在。像我现在的课题方向是温敏高分子，所以我重点关注的就是水接触角、动力学曲线 和温度变化曲线这方面的数据。至于SPR，QCM等高级表征仪器，由于实验室条件有限，因此这方面数据我都暂时放到一边，做好记号以后需要时再精读。而 XPS，NMR的数据我一般都是忽略不看的。

读文献能读出很多乐趣，很多东西在你没有读之前都是你不曾想过的。我现在还没有开始新课题的实验，但根据我以前的经验，我觉得最好在开始实验后结合实验来 阅读文献，这样一方面可以解释很多实验出现的问题，另一方面可以使文献的阅读更有针对性。最后提一点，就是读文献一定要记好笔记，并定期做小结。因为如果 不记笔记光靠自己的记忆力是很难保持很久的（当然，如果像钱钟书那样的过目不忘的牛人除外），当你在写文献需要引用文献而回头再找时就会发现什么叫茫茫然 了。而光做笔记不进行小结，到了最后得到的也许是个精简版的文献库，等需要某篇文献时还是找不到。这里我推荐用Endnote进行文献管理，最好是XI版 或更新的。我现在每看过一篇文献，都在Endnote的note栏里简要的写下文章的重点，得到哪些对我有用的东西，并标记F（代表finish）。而当 文献看到10-15篇时，我就根据文献的类型在word里进行一个小结（因为我都是根据一个专题方向集中看论文的），由于word和endnote的联用 功能，我可以在做小结时将文献作为参考插到word中，这样方便日后的查找。（这里可以参看我的另一个帖子http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=990354 ）对于文章中一些比较好的示意图（特别是彩图）或重要数据，我一般都将其粘到一个专门的ppt里，并标好来源，这样也方便了日后的做报告。

就先写这么多，忙了一个多小时，3000多个字。可能思路有些不是很清楚，但我觉得大致表达了我对文献收集、阅读和整理的一些经验。希望能对虫友有所帮助。如果觉得好的话，希望得到大家的五星评价：）

PS：补充一点，文献摘要的阅读有时要比全文更加重要。因为文献浩如烟海，如果不经 过标题，摘要的一次过滤筛选，很难获得真正对你有价值的东西。其次，我目前选择下载文献（获得全文信息）比较倾向于经典综述和与课题密切相关的研究论文中 的参考文献。因为这些文献之所有被引用，本身就说明了其学术价值。同时比较自己和引用作者对同一篇文献所得到的不同体会，更能加深对文献内容的理解。

 

以前发了两个关于如何阅读文献的帖子http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=844614，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=983371 得到了很多虫友的好评（期间包括和版主MM一点小误会），这次我想同大家分享一下我的文献管理经验。

相信大家做科研看的大都是英文论文，因此我向大家推荐的文献管理软件是Endnote。其他如noteexpress等我也用过，不过从个人使用上感觉， 后者更适合管理中文文献，而前者在管理英文文献上更胜一筹。毕竟endnote和著名的ISI检索系统（就是SCi）是一家公司的产品，因此其与ISI的 联机检索是最好的了。而且现在很多数据库如SD，ACS，Wiley等都与endnote建立了citation的关联，在下载文献的同时可以直接将题目 导入到endnote里面，比手工输入方便的多：）

好了，现在进入正题。工欲善其事，必先利其器。相信这个道理大家都会认同。面对浩如烟海的文献，如果没有一个好的管理工具，相信仅凭个人的记忆来进行分类 管理是相当地困难。我看过以前论坛里有人发帖说是按照文献类型进行分类，而后用文件夹管理。说实话，我开始也是用的这个方法，但弊端也很快就出来了。首先 是找文献的过程非常麻烦，一层层文件夹点下去头都大了；其次，很难建立一个完善的分类标准，换句话说就是很难判断文献的唯一属性。举个例子，有的人喜欢按 照专题分类，有的人喜欢按照实验小组分类，同样研究材料，有人喜欢按照原料分类，有人喜欢按照表征分类，有人喜欢按照反应分类。。。那么，面对多重标准， 一篇文献到底应该放在哪个文件夹呢？（千万不要说CtrlC+V，每个文件夹放一个 ）。所以，我最后还是把这些麻烦的工作交给了endnote，毕竟电脑比人脑耐心而且不会出错。

下面说说具体的方法。首先是已有文献的管理。如果大家电脑里面已经有了很多pdf论文，那么先请小费点时间到ISI上把这些文献查找出来，然后将这些文献 导入到endnote中。就是界面下方的save to Endnote Refman那个按钮。这里建议大家先把选中的文献放到marked list里面最后集中导入（这样快一些），同时导入时别忘了选中导入abstract（具体用途见后文）。等文献都导入到endnote之后，再将每个 pdf文档作为附件放到相应的题录中。对于那些ISI上检索不到的论文（很多学校ISI检索年限有限，像我的学校98年之前都查不到：（），只好靠手工一 点一点敲进去了。这里虽然费点事，但可以为以后的阅读和论文写作节约很多时间的。

而后是文献的检索。还是在ISI上检索，如果学校里面有SD，ACS等大数据库的也可以在里面检索（不过个人觉得还是在ISI上检索全面一点）。至于要检 索哪些论文可以参考一下我以前的帖子，这里不再罗唆了。还是同上面一样，检索后导入endnote，然后有条件下全文的可以下载全文作为附件。

这时，你应该拥有了一个包含很多题录的endnote的library了。下面要做的就是文献的分类整理。这里面推荐实用endnote XI以后的版本，因为里面增加了一个非常非常实用的功能：group群组管理。就像QQ的群一样，大家可以按照自己的标准建立group（最多可以建50 个，相信对于大多数人应该够用了），而后把文献分门别类的拖入各自的group中。这里的方便之处在于同一个题录可以归属于多个group（在group 下面的题录相当于是链接），这样，就可以建立“双重”乃至“多重”标准对文献分类了。像我就按照研究小组，衬底材料，合成方法等建立了多个group。

文献分类好了，但如果不经过阅读做笔记，那还是属于电脑的，只有经过个人的消化，才能转化为自己的知识。这时，我的方法是在endnote里进行阅读作笔 记。从Endnote里面阅读文献的摘要，初步判断文献的相关度和重要程度。而后在下面note档里面用简短的语言作些描述和评价。然后最好在note前 面作上一个表面看过的标记（我是用@符号表示看过,*表示重要，需要阅读全文），因为时间长了很难记住哪些是重点。这里面就涉及到一个文献筛选的问题—— 就是如何通过摘要判断文献的重要性。我觉得这还是很需要个人的实践的，文献读得越多，对文献的理解越深，判断力也会越强。简单的说，就是依靠你课题重点关 注的关键词和你实验中出现的问题以及论文写作时discussion中需要解释的现象这三方面来寻找关注的论文。

当文献都已经做完笔记之后，大致可以判断出哪些可以略读，哪些需要精读了。那么精读那些重点文献吧。我个人建议还是用word做个较为详细的笔记比较好。 把文献中经典的句子，重要的数据和讨论记到word里面，有助于日后的论文写作。这时，endnote的作用又可以体现出来了，就是它与word的关联作 用。可以将文献作为reference插入到word里面，免得日后再找文献时不知道引用出处。

大致先写这么多，以后我再想到什么继续补充进来。希望对大家能有所帮助，觉得好的话就不要吝惜给我几颗星星吧：）

PS:回答一下一些虫友提的问题，补充一下我现在所知道的一些数据库文献的endnote导入方法
SD:在检索到文献后的页面上方出现export citation，点击后进入导入页面
ACS和Wiley：在检索文献后点击abstract进入摘要界面，然后点击Download Citation 进入导入界面