ggplot2 添加圈和pca3d 小笔记

最新推荐文章于 2025-01-06 17:57:39 发布

细雨春风

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分类专栏：生物信息学

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本文展示了如何使用R语言的ggplot2包绘制椭圆轮廓图，以及如何利用pca3d包进行三维主成分分析可视化。通过实例操作，包括加载数据、创建图表和应用统计椭圆，以及安装和使用pca3d包对复杂数据集进行降维展示。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1 ellipse .

library("ggplot2")
mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)
head(mtcars)
ggplot(faithful,aes(waiting, eruptions)) + geom_point() + stat_ellipse()
p <- ggplot(faithful,aes(waiting, eruptions,color=eruptions > 3)) + geom_point()
p + stat_ellipse()
p + stat_ellipse(type="norm")

2. pca3d ，如果更美观的可以使用scatterplot3d
install.packages("pca3d")
library(pca3d)
data("metabo")
head(metabo)
metabo
pca <- prcomp(metabo[,-1], scale.=TRUE)
gr <- factor(metabo[,1])
pca
summary(gr)
pca3d(pca, group=gr)