批量下载gnomad数据的hg19版本文件

这篇博客介绍如何批量下载gnomAD数据的hg19版本文件,包括exomes和genomes的不同染色体站点文件,使用wget命令行工具进行下载,并提供了脚本示例。尽管网络速度有限,但通过脚本可以方便地管理和记录下载过程。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

 

cat list|xargs -i echo "wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/hg19/gnomAD/vcf/{} > {}.log 2>&1 &" |sh

(cat list |xargs -i echo "wget -c {} >> test.log 2>&1 &"|sh)

list 是鼠标复制后放到文件里,稍微处理,只保留文件名;祈祷我们的8M带宽的网速能再快一些。

gnomad.exomes.r2.0.2.sites.vcf.gz
gnomad.exomes.r2.0.2.sites.vcf.gz.tbi
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr1.vcf.gz
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr1.vcf.gz.tbi
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr2.vcf.gz
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr2.vcf.gz.tbi
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr3.vcf.gz
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr3.vcf.gz.tbi
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr4.vcf.gz
gnomad.genomes.r2.0.2.sites.chr4.

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