入坑 Python 后强烈推荐的一套工具库

pip安装onnx报错:AssertionError: Could not find “cmake“ executable! 操作系统:Unbutu18.04 pip版本:pip 20.3.1 cmake版本: cmake version 3.19.1 按照github上onnx的【安装文档】,首先尝试了pip安装onnx方法,但报错: AssertionError: Could not find "cmake" executable! 错误信息是找不到cmake的可执行文件,但是我已经安装了cmake。网上有人说是onnx版本的问题,但我试了很多版本总是报这个错。没办法,换方法,源码安装! 去看安装的源码,发现c. 阅读详情

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文 | Brendan Maginnis  译 | EarlGrey 

推荐 | 编程派公众号(ID:codingpy) 

原文:https://sourcery.ai/blog/python-best-practices/

在开始一个新的Python项目时,很容易不做规划直接进入编码环节。花费少量时间,用最好的工具设置项目,将节省大量时间并带来更快乐的编码体验。

在理想的世界中,所有开发人员使用的依赖库都是相同的,代码将被完美地格式化,禁止常见错误,并且测试将涵盖所有内容。此外,每次提交代码时都会确保符合这些要求。

在本文中,我将介绍如何设置一个这样的理想项目。你可以跟随我的步骤操作,也可以直接开始安装pipx和pipenv,然后生成新项目。

让我们创建一个新的项目目录:

mkdir best_practices
cd best_practices

Python命令行工具与pipx

Pipx是一个方便的实用程序,允许快速安装python命令行工具。我们将用它来安装 pipenv 和 cookiecutter 。

python3 -m pip install --user pipx
python3 -m pipx ensurepath

使用 pipenv 进行依赖管理

Pipenv自动为您的项目创建和管理virtualenv,以及在安装/卸载软件包时从Pipfile添加/删除软件包。它还生成了非常重要的Pipfile.lock文件,用于生成确定性构建。

知道你和你的同事正在使用相同的库版本,可以极大提升信心。Pipenv 可以实现这个点,因此在过去一年多里得到了大量开发者的青睐

pipx install pipenv

使用 black 和 isort 进行代码格式化

Black是代码格式化工具:

Black是不妥协的Python代码格式化程序。通过使用它,意味着您同意放弃对手动格式化细节的控制。作为回报,Black 为你提供速度和确定性,并且无需处理 pycodestyle 的繁琐提示。你将有更多的时间,来处理更重要的事情。

无论是什么项目,Black 格式化后的代码看起来都是一样的。习惯之后,你不会再注意到格式的问题,可以专注于内容。

Black产生的代码差异最小,可以加速代码审查。

isort则用来处理 import 的排序:

isort是可以按字母顺序对 import 进行排序,并自动分成多个部分。

让我们使用pipenv安装它们为开发依赖库,这样就不会让部署版本变得更复杂:

pipenv install black isort --dev

Black 和 isort 的默认选项之间有冲突,因此我们将覆盖 isort 的选项配置,使用 Black 的配置。创建一个 setup.cfg文件并添加此配置:

[isort]
multi_line_output=3
include_trailing_comma=True
force_grid_wrap=0
use_parentheses=True
line_length=88

我们可以这样运行这些工具:

pipenv run black
pipenv run isort

用flake8强化风格

Flake8确保我们的代码遵循PEP8的约定。使用pipenv安装:

pipenv install flake8 --dev

就像isort一样,它需要一些配置才能与 Black 配合使用。将此配置添加到 setup.cfg:

[flake8]
ignore = E203,E266,E501,W503
max-line-length = 88
max-complexity = 18
select = B,C,E,F,W,T4

现在我们可以使用 pipenv run flake8运行flake8。

使用 mypy 检查静态类型

Mypy是Python的一个可选静态类型检查器,旨在结合动态(或“鸭子”)类型和静态类型的好处。Mypy将Python的表现力和便利性与强大的类型系统和编译时类型检查相结合。Mypy对标准Python程序进行类型检查,使用 Python VM 运行 mypy 基本没有运行时的开销。

在Python中使用类型需要慢慢习惯,但好处是巨大的。mypy 官网这样写道:

  • 静态类型可以使程序更容易理解和维护

  • 静态类型可以帮助您更早地发现错误,并减少测试和调试

  • 静态类型可以帮助您在代码投入生产之前找到难以发现的错误

    pipenv install mypy --dev

默认情况下,Mypy将递归检查所有类型注释的导入,这会导致库不包含这些注释时出错。我们需要将mypy配置为仅在我们的代码上运行,并忽略没有类型注释的导入的任何错误。我们假设代码存在于以下配置的 best_practices包中。将如下配置添加到 setup.cfg:

[mypy]
files=best_practices,test
ignore_missing_imports=true

现在我们可以运行mypy:

pipenv run mypy

mypy 的速查表:https://mypy.readthedocs.io/en/latest/cheatsheetpy3.html

使用pytest和pytest-cov进行测试

使用pytest编写测试非常容易,并且消除编写测试的阻力,意味着我们会编写更多的测试!

pipenv install pytest pytest-cov --dev

以下是pytest网站的一个简单示例:

# content of test_sample.py
def inc(x):
    return x + 1
def test_answer():
    assert inc(3) == 5

执行示例:

$ pipenv run pytest
=========================== test session starts ============================
platform linux -- Python 3.x.y, pytest-5.x.y, py-1.x.y, pluggy-0.x.y
cachedir: $PYTHON_PREFIX/.pytest_cache
rootdir: $REGENDOC_TMPDIR
collected 1 item
test_sample.py F                                                     [100%]
================================= FAILURES =================================
_______________________________ test_answer ________________________________
    def test_answer():
>       assert inc(3) == 5
E       assert 4 == 5
E        +  where 4 = inc(3)
test_sample.py:6: AssertionError
========================= 1 failed in 0.12 seconds =========================

所有的测试都应该放在 test目录中,所以将这个配置添加到 setup.cfg:

[tool:pytest]
testpaths=test

我们还想检查测试覆盖了多少代码。创建一个新文件 .coveragerc,用来返回应用程序代码的覆盖率统计信息,我们再次假设代码位于 best_practices模块中:

[run]
source = best_practices
[report]
exclude_lines =
    # Have to re-enable the standard pragma
    pragma: no cover
    # Don't complain about missing debug-only code:
    def __repr__
    if self\.debug
    # Don't complain if tests don't hit defensive assertion code:
    raise AssertionError
    raise NotImplementedError
    # Don't complain if non-runnable code isn't run:
    if 0:
    if __name__ == .__main__.:

我们现在可以运行测试并报告覆盖率

pipenv run pytest --cov --cov-fail-under=100

如果对应用程序代码的测试覆盖率低于100%,则会失败。

pre-commit 的 Git 钩子

Git钩子允许您在任何时候提交或推送时运行脚本。这就可以支持我们在每次提交/推送时,自动运行所有的格式化和测试。pre-commit可以帮助我们轻松配置这些钩子:

在提交代码审查之前,Git钩子脚本可以帮助识别简单问题。每次提交时运行钩子,自动指出代码中的问题,例如缺少分号,尾随空格和调试语句。在代码审查之前指出这些问题,可以让代码审查者专注于代码架构的变化,而不是浪费时间检查格式问题。

在这里,我们配置在提交Python 文件修改时,执行上述所有检查,并且仅在推送时运行pytest覆盖率测试,因为耗时可能较长。创建一个新文件 .pre-commit-config.yaml:

repos:
- repo: local
  hooks:
  - id: isort
    name: isort
    stages: [commit]
    language: system
    entry: pipenv run isort
    types: [python]
  - id: black
    name: black
    stages: [commit]
    language: system
    entry: pipenv run black
    types: [python]
  - id: flake8
    name: flake8
    stages: [commit]
    language: system
    entry: pipenv run flake8
    types: [python]
    exclude: setup.py
  - id: mypy
    name: mypy
    stages: [commit]
    language: system
    entry: pipenv run mypy
    types: [python]
    pass_filenames: false
  - id: pytest
    name: pytest
    stages: [commit]
    language: system
    entry: pipenv run pytest
    types: [python]
  - id: pytest-cov
    name: pytest
    stages: [push]
    language: system
    entry: pipenv run pytest --cov --cov-fail-under=100
    types: [python]
    pass_filenames: false

如果你需要跳过这些钩子,你可以运行 git commit--no-verify或 git push--no-verify

使用cookiecutter生成项目

我们已经看到了理想项目都使用了哪些工具,可以将其固化为一个模板,只需要1个命令 即可生成新项目:

pipx run cookiecutter gh:sourceryai/python-best-practices-cookiecutter

填写项目名称和仓库名称,即可使用模板为你生成项目。

要完成设置,请按照下列步骤操作:

# Enter project directory
cd <repo_name>
# Initialise git repo
git init
# Install dependencies
pipenv install --dev
# Setup pre-commit and pre-push hooks
pipenv run pre-commit install -t pre-commit
pipenv run pre-commit install -t pre-push

模板项目包含一个非常简单的Python文件和测试来试用这些工具。一旦你对代码感到满意,你就可以做第一个 git commit,这时所有的钩子都会运行。

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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