NCBI-homologene数据库的初步探索

最新推荐文章于 2024-12-06 20:00:00 发布

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#big data #数据库

HomoloGene数据库提供物种间的同源基因数据，例如在build68中包含44233组同源基因，涉及21个物种。通过FTP地址可以下载数据，并通过HID去重得到基因组。其中，人类基因（TaxonomyID为9606）有19129个有对应同源基因。这个资源对于比较基因组学和进化研究非常有价值。

HomoloGene数据库就是用来查找物种间对应的同源基因

ftp地址:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/HomoloGene/build68/homologene.data

homologene.data存放着不同物种之间同源基因的对应关系

nohup wget -c 'ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/HomoloGene/build68/homologene.data' & #下载数据
echo -e "HID(HomoloGene_group_id)\tTaxonomyID\tGeneID\tGeneSymbol\tProtein_gi\tProtein_accession" |

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悦影科技

07-09

1787

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